Таким образом, дружеские отношения между этими людьми сложились задолго до участия Клешнина в расследовании угличских событий.

Кроме того, некоторые исследователи указывают на близость А. П. Клешнина и к царю Федору. Так, А. В. Антонов указывает на то, что имеется свидетельство о том, что А. П. Клешнин был дядькой Федора Иоанновича, когда тот был еще царевичем.

После воцарения последнего А. П. Клешнин довольно быстро пошел вверх по карьерной лестнице. Став в ноябре 1585 г. думным дворянином, к апрелю 1586 г. он уже имеет чин окольничего. В ноябре 1585 г. А. П. Клешнин участвует в «шведском» походе, в апреле 1586 г. присутствует на приеме польского посла, 5 сентября того же года он сопровождает царя Федора Иоанновича на молебен в Чудов монастырь, где затем вместе Б. Ф. Годуновым и Ф. Н. Романовым разделяет царскую трапезу, в апреле-июне 1589 г. вместе с И. В. Годуновым ведет переговоры с имперским послом Н. Варкочем, в феврале 1590 г. во время осады Ругодива вместе с И. И. Сабуровым руководит нарядом.

После участия в следственной комиссии Андрей Клешнин продолжил службу, в ходе которой неоднократно отправлялся в военные походы и участвовал в посольских приемах.

Унаследовав по смерти отца Сатино с пустошами в Боровском уезде, а также сельцо Сидорово в Вяземском стане Московского уезда, за время своей службы Клешнин многократно увеличил свои земельные владения. Большинство из них находилось в Московском уезде. Кроме того, земельные владения А. П. Клешнина располагались в Зубцовском, Старицком, Бельском, Рязанском, Можайском и Тверском уездах.

Когда исследователи говорят о связи А. П. Клешнина с семейством Нагих, прежде всего указывают на замужество его дочери Марии за Григорием Федоровичем Нагим, родным братом царицы Марии, но по сведениям А. В. Антонова случилось это уже после смерти Клешнина – в 1604/1605 г.

А вот за несколько лет до угличских событий Клешнин действительно выкупил у Варвары Григорьевой Нагой, которая была замужем за князем Фёдором Долгоруковым, село Ведерниково с деревнями в Бельском уезде – крупную вотчину размером в 400 четвертей.51

От духовных властей официальным представителем в Углич был назначен митрополит Крутицкий Геласий. В числе участников следственной группы Геласий не фигурирует – его имя упоминается в материалах дела лишь в связи с подачей Марией Нагой челобитной, которую Геласий представил Освященному собору 02 июня 1591 года.

Скорее всего, миссия Геласия, представлявшего Патриарха, в данном деле состояла в отпевании и погребении тела царевича.

Ранее имя Геласия упоминается в докладе от 23 января 1589 года царю Федору Иоанновичу от цареградского патриарха Иеремия и всего священного Российского собора об избранных кандидатах на патриаршество всея России, а уже 26 января того же года Геласий участвовал в торжественном посвящении первого патриарха Иова. Тогда он подписывался как епископ Сарский и Подонский.

Ни для кого не секрет, что Борис Годунов сыграл весьма активную роль в решении патриаршего достоинства главе Московской митрополии. Когда в 1588 году в Москву прибыл Вселенский Патриарх Иеремия, именно с Годуновым у него состоялся разговор о патриаршестве. И сначала Годунов вообще предложил Иеремии, оставаясь Вселенским Патриархом, стать ещё и главой Русской Церкви, но с кафедрой во Владимире (потому как московская занята митрополитом). В результате добро было получено, в январе 1589 года в России учреждено патриаршество.

Чин митрополита Геласий получил в мае того же 1589 года. В уложенной грамоте об утверждении патриаршего престола, четырех митрополитов, шести архиепископов и восьми епископов указывается на утверждение в том числе митрополита близ Москвы на Крутицах (в современном Таганском районе Москвы), коим и стал Геласий. Подпись Геласия на грамоте отображена как «Смиреныи Геласий, Божиею милостию митрополит Сарскы и Подонскый».

Таким образом, как ни крути, но из вышеизложенного следует вывод о том, что все члены следственной комиссии каждый в свое время были обязаны своим положением и Борису Годунову, и царю Федору Иоанновичу, и должны были держаться за свои места.

Следственная комиссия прибыла на место происшествия во вторник, 19 мая 1591 года. За время расследования трагических событий следователями были установлены следующие обстоятельства.

15 мая 1591 года после обедни царевич Дмитрий отправился на задний двор, где занялся со своими сверстниками игрой в тычку. Его мать в это время в компании Андрея Александровича Нагого обедала во дворце.

Товарищами Дмитрия по игре были жильцы-дворовые ребята Петрушка Колобов, Баженка Тучков, Ивашка Красенский и Гришка Козловский. За ними присматривали отправившиеся вместе с царевичем кормилица Арина Тучкова, постельница Мария Колобова и мамка Василиса Волохова. Внезапно у Дмитрия случился приступ эпилепсии, во время которого царевич упал на землю. По свидетельству одних очевидцев, во время приступа юный отрок поколол себе ножом шею, других – упал на нож («набрушился», как указывается в материалах дела).

Некто, присутствовавший при случившемся (или ставший случайным очевидцем данного события на заднем дворе) начинает громко кричать о происходившем.

Петрушка Колобов кинулся во дворец, чтобы сообщить о случившемся царице. Кормилица в это время бросилась к царевичу, взяла его на руки, и у нее на руках тот скончался.

Кто-то начинает громко кричать о случившемся.

На крики вскоре прибежала Мария Нагая, мать Дмитрия. Увидев бездыханное тело сына, она тут же объявила, что царевич убит. Убийцами Мария Федоровна назвала Данилу Битяговского, племянника его Никиту Качалова и сына Василисы Волоховой Осипа.

В это время бывший на звоннице Спасо-Преображенского собора сторож Максимка Кузнецов ударил в набат, послуживший своего рода сигналом сбора к месту происшествия. Вскоре к собору начинает подходить народ.

На звон колокола прибежал и пономарь, вдовый поп Федот Афанасьев по прозвищу Огурец. У собора он встретился со стряпчим Кормового дворца Субботой Протопоповым, который, сославшись на приказ царицы велел Огурцу «сильно звонити».

Тем временем гнев царицы был перекинут на Василису Волохову: отколошматив ее поленом, Мария Нагая сорвала с ее головы платок и растрепала Василисе волосы.

Вскоре на место случившегося прибежал Андрей Александрович Нагой, который отнес тело Дмитрия в церковь Спаса. По словам самого Нагого, он был при нем «безотступно», дабы никто тело царевича не украл. Однако Нагой где-то успел услышать, что царевич зарезан, но «того не видали, кто зарезал».

Услышав набат, жители города, думая, что случился пожар, бросились на царицын двор. На шум прибежали братья царицы Михаил и Григорий Нагие. Мария Нагая передала последнему «эстафету» по избиению Волоховой, которую Григорий принял и продолжил начатое дело.

По словам некоторых допрошенных позже свидетелей Михаил был сильно пьян. Именно он и отдал приказ «звонить во все колокола».

В это же время Мария Нагая на пару со своим братом Михаилом продолжали подливать масла в огонь. Собравшейся толпе они кричали о том, что царевича зарезали Михаил и Данила Битяговские, Осип Волохов, Никита Качалов и дьяк Никита Третьяков (ранее его имя не фигурировало в числе «убийц»).

В свою очередь Волохова просит царицу дать праведный сыск, указывая на то, что сын ее Осип на дворе не бывал. Один из прибежавших на место случившегося, увидев, что Волохова осталась без платка, снял свою шапку и положил ее на голову Василисе, за что на месте был убит посадскими людьми.

Дьяк Михаил Битяговский, обедавший в это время дома со своим сыном и с попом Богданом, духовным отцом Григория Федоровича Нагого, услышав колокольный звон, отправил своих людей узнать о случившемся. Те вскоре вернулись и сообщили о самоубийстве царевича, указав в качестве источника новости сытника Кирилла Моховикова.