Несмотря на то что исследования погребальных памятников ведутся не одно десятилетие, в науке нет пока единого мнения относительно происхождения оставившего их населения. Одни исследователи связывают могильники с пришлым населением (А.Н. Бернштам, Ю.А. Заднепровский), другие — с местным (Б.А. Литвинский, С.С. Сорокин). Б.А. Литвинский полагает, что это население не было кочевым, вело полукочевой, а в ряде случаев оседлый образ жизни.
Особенностью топографии области является чрезвычайно близкое расположение погребальных памятников и часто синхронных им поселений земледельцев. Сходство материалов из поселений и могильников свидетельствует о тесных контактах населения, оставившего могильники, с жителями поселений. Исследователи неоднократно отмечали это сходство. В свое время о сходстве материалов из Ширинсайского могильника и расположенного поблизости поселения Мунчактепе писал В.Ф. Гайдукевич. Он отметил синхронность этих памятников и высказал предположение, что они являются единым историко-культурным комплексом (Гайдукевич, 1952). Позже об этом сходстве писали С.С. Сорокин и Б.А. Литвинский. Первый объяснял сходство керамики из могильников и с поселений импортом посуды из городских центров в кочевую среду. Б.А. Литвинский считает, что между населением, оставившим поселения, и населением, оставившим могильники, существовала органическая связь.
Многообразие памятников и широкий хронологический диапазон добытых материалов позволяют проследить динамику развития погребального обряда.
Наиболее многочисленны курганные могильники. Они, как правило, располагаются на высоких террасах рек или плато, в стороне от возделываемых земель. Могильники представляют собой огромные курганные поля, насчитывающие 200 и более курганов. Так, в Карабулаке около 900 курганов, а в Тураташе — 1500. Могильники в долине р. Ходжа-Бакырган также представлены большим количеством курганов: в Кайрагаче около 300 курганов, а в Бешкентском могильнике — 150. Так же многочисленны могильники долины Исфары.
Такие могильники возникли не в одночасье, а формировались на протяжении длительного времени — нескольких десятилетий, а может быть, столетий. Это свидетельствует об устойчивости традиции совершать захоронения в одном месте, а это, в свою очередь, связано с малой подвижностью населения, оставившего могильники, а также с длительным пребыванием этого населения на одной и той же территории.
В могильниках выделяются большие курганы, вокруг которых группируются курганы меньших размеров. Предполагается наличие на могильнике культового места. Это могли быть открытые площадки или специальные сооружения, где совершались поминальные церемонии. Такие сооружения известны в могильниках Западной Сибири и в сарматских могильниках Южного Приуралья.
Ю.А. Заднепровский, много занимавшийся погребальными сооружениями, первым предложил схему географического районирования ферганских погребений (Заднепровский, 1960, с. 113–128). Впоследствии к этой теме Ю.А. Заднепровский обращался неоднократно. В одной из последних работ он отмечает некоторую закономерность в расположении могил разного типа на территории Ферганы (Заднепровский, 1995). Этот автор считает, что в одних и тех же районах и могильниках присутствуют могилы разного типа. Но количественное соотношение могил разного типа в различных районах разное.
Ю.А. Заднепровский выделяет восемь географических районов в Фергане, в которых, как он полагает, прослеживается определенная закономерность в процентном соотношении разных типов захоронений. Для юго-западной Ферганы (район I по Заднепровскому) наиболее характерны захоронения в катакомбах. Подбои и грунтовые могилы здесь единичны, в то время как в междуречье Ляйляка-Соха (район II) и на северных склонах Алайского хребта (район IV) преобладают захоронения в подбоях и грунтовых могилах, часто перекрытых деревом. Катакомбы здесь присутствуют, но в значительно меньшем количестве.
В восточных же районах (район VI) преобладают захоронения в грунтовых могилах. В районах VII и VIII на севере Ферганы присутствуют катакомбы и склепы и захоронения в наземных каменных сооружениях — мугхона, или курумы. Эта схема Ю.А. Заднепровского отражает современный уровень изученности погребальных сооружений Ферганы. В настоящее время наиболее полно изучены могильники юго-западных и южных предгорий области, где вскрыты сотни курганов с могилами разного типа. Но даже в этом сравнительно хорошо изученном районе нет ни одного полностью раскопанного могильника, кроме двух частично разрушенных могильников в Ташравате (юго-западные предгорья Ферганы). В одном из них открыты 65 курганов, в другом — четыре. В первом два подбоя, остальные — катакомбы двух типов; во втором — один подбой и три катакомбы. Степень изученности Восточной Ферганы такова, что судить о наличии или преобладании каких-либо могильных сооружений просто невозможно. Кроме того, при проведении такой работы следует учитывать время бытования разных типов могильных сооружений. Ведь вполне вероятно, — что они существовали в разное время.
Захоронения в грунтовых ямах — наиболее ранний и традиционный способ погребения. Могилы разной глубины (от 1 м и глубже). В плане могильная яма овальная или прямоугольная. Иногда стенки обложены камнем. В могильнике Оутсай в Карабулаке и в исфаринских курганах могилу закрывают деревянные плахи (Литвинский, 1972; Заднепровский, 1995; Горбунова, 1981). На полу ямы часто встречаются камышовые циновки.
Захоронения в подбоях бытуют долго и распространены широко. Они имеют узкую входную яму, вытянутую с севера на юг или с востока на запад. Подбой располагается вдоль длинной стены входной ямы. В этой же стене находится входная ниша. Ориентировка погребенных различна.
Значительное место в могильниках принадлежит катакомбам. В некоторых могильниках, таких, как Кайрагач на юго-западе Ферганы и Гурмирон в северной ее части, захоронения совершены исключительно в катакомбах. Они имеют разные конструкции, что позволило выделить два их типа.
Тип I — кенкольский — включает глубокие катакомбы Т-образной формы с длинным дромосом трапециевидной формы и обширной камерой. Дромос вытянут в направлении север-юг с небольшим отклонением к востоку или западу. В северной части он расширен. Вход в катакомбу находится в северной стене дромоса. Вдоль длинных стен дромоса тянутся заплечики треугольной формы. На стене, противоположной входу в катакомбу, вырублены ступеньки. Пол наклонно понижается к входу в катакомбу. В одних случаях он плавно переходит в камеру, в других случаях при переходе из дромоса в камеру имеется ступенька. Вход в катакомбу заложен крупными хорошо окатанными камнями. Катакомбы этого типа ранние. Они относятся к первым векам н. э. В них, помимо керамической посуды, присутствуют предметы вооружения — железные трехлопастные наконечники стрел, костяные обкладки лука, кинжалы, мечи. Очень мало украшений. Видимо, значительная часть этих курганов принадлежала воинам.
Тип II — хангизский — представлен сооружениями с коротким и неглубоким дромосом, вытянутым с севера на юг, вход находится в южной стене дромоса. Камеры обширные, с высоким сводом. Вход в камеру заложен крупной речной галькой, иногда сырцовым кирпичом. В катакомбах этого типа часты множественные разновременные захоронения, от двух до трех-четырех. При погребении каждого последующего предыдущего сдвигали к задней стенке. Погребенных часто клали на камышовую циновку и такой же циновкой укрывали сверху (табл. 54, 1-10). Наличие множественных захоронений свидетельствует о малой подвижности населения, оставившего эти сооружения. В катакомбах этого типа богатый инвентарь. Помимо глиняных сосудов, в них много украшений (бусы, серьги, перстни, браслеты) и алебастровые фигурки, сопровождавшие женщин.
Каждый из этих типов могильных сооружений не составляет обособленного кладбища. Как показали раскопки, могилы разных типов расположены вперемежку, что дало возможность Б.А. Литвинскому высказать предположение о синхронности погребений разного типа в одном могильнике.