Такыровидные почвы и такыры занимают значительные площади в низовьях Амударьи, Сырдарьи, Мургаба и Теджена. Содержание гумуса в такыровидных почвах колеблется от 0,4 до 1 %, в такырных — от 0,3 до 0,8 %. Значительные площади этих почв засолены.

Песчаные пустынные почвы распространены на древнедельтовых равнинах рек Амударьи, Кашкадарьи, Сурхандарьи и в некоторых районах Каракумов. По сути, это закрепленные пески со слаборазвитым профилем. Содержание гумуса колеблется от 0,3 до 0,6, иногда до 1 %.

Лугово-такырные и такырно-луговые почвы развиты в умеренно влажных понижениях, в местах, где такыры граничат с лугами. В основном они встречаются в низовьях Амударьи в Каракалпакии, в долинах рек Кашкадарьи, Сурхандарьи и в некоторых районах Кызылкумов. Содержание гумуса колеблется от 0,7 до 1,5 и даже до 3 %. Грунтовые воды залегают здесь на глубине 3–5 м. Почвы этого типа местами засолены.

Луговые и болотно-луговые пойменно-аллювиальные почвы распространены по долинам рек. Содержание гумуса в них изменяется от 0,6 до 2 %. На водораздельных участках оно падает до 0,7–0,9 %.

Почвенный покров предгорных и горных районов Средней Азии характеризуется четко выраженной вертикальной зональностью: в районах низкогорий — в основном сероземы, в среднегорьях — коричневые и бурые почвы, в высокогорьях — лугово-степные светло-бурые и пустынные (на Памире). В целом почвы этих районов отличаются большим содержанием гумуса, хорошей структурой и плодородием.

Сероземы в основном распространены на предгорных равнинах, сложенных суглинками. Они протягиваются причудливой полосой у подножия горных систем Средней Азии от Ашхабада до Алма-Аты, отделяя песчаные пустыни, серо-бурые и такырные почвы равнин от собственно горной территории, и образуют особый пояс в предгорной зоне. Содержание гумуса в них колеблется от 1 до 1,5 %.

На речных террасах развиты гидроморфные лугово-сероземные почвы. Они характеризуются повышенным содержанием гумуса (2,5–3 иногда до 4–5 %).

Коричневые горно-лесные и горно-степные почвы обычно располагаются в горах на высотах от 1200–1600 до 2500–3000 м. В среднегорной полосе Северного и Центрального Тянь-Шаня развиты плодородные каштановые и черноземные почвы. В целом почвенные условия Средней Азии благоприятны для развития орошаемого земледелия. Почвы предгорий и горных территорий более плодородны, чем почвы равнин.

Водные ресурсы Средней Азии слагаются из поверхностных и подземных вод. Это крупные и мелкие реки, временные потоки (саи), ручьи. На равнинах речная сеть развита слабо; в горных районах с высотой она становится гуще. Здесь насчитывается 10–12 тыс. рек, которые, сливаясь, питают основные водные артерии. Горные реки отличаются большой скоростью течения, огромным количеством взвешенных и влекомых по дну продуктов эрозии и разрушения горных пород. Многие реки, начинаясь высоко в горах, не доходят до крупных водоемов, иссякая в песках на равнинах. Это реки Зеравшан, Теджен, Мургаб, Сарысу и др. Большинство рек относится к бассейну Аральского моря, часть — к озерам Иссык-Куль и Балхаш, некоторые реки принадлежат к бессточному бассейну р. Тарим.

Основную массу стока дают талые воды снегов (сезонных и «вечных»), а также ледники, дожди, подземные воды. Суммарный сток рек Средней Азии, по некоторым оценкам, изменяется в пределах 136,06-140 км³/год. В том числе по Амударье и Сырдарье 100–110 км³/год. Но большая часть воды Аральского бассейна разбирается на орошение.

Реки Средней Азии по источникам питания и режиму стока можно подразделить на ряд типов.

Самая крупная по водоносности река Средней Азии — Амударья образуется слиянием рек Пянджа и Вахша. В горах Таджикистана эта река имеет притоки только на протяжении первых 176 км, а потом она течет 1270 км по равнине, теряя воду на испарение и фильтрацию. Общий сток с горной области составляет 2500 м³/с.

Режим Амударьи исключительно благоприятен для поливного земледелия, так как период максимального подъема полностью совпадает с периодом вегетации культурной растительности. Начало вегетационного периода относится к марту, в 20-х числах которого начинается первый паводок, называемый в Хорезме «паводок зеленого камыша». Второй паводок («паводок белорыбицы») приходится на середину апреля. Третий проходит в середине мая. Самый продолжительный — четвертый паводок, связанный с таянием ледников в верховьях Вахша. Он начинается во второй половине июня и кончается в начале августа. Расход воды осенью достигает минимума.

Вторая после Амударьи по объему стока, но первая по протяженности река — Сырдарья, впадающая также в Аральское море, образуется слиянием рек Нарына и Карадарьи. Ее длина свыше 2200 км. Почти 300 км река течет по Ферганской долине, принимая большое число притоков, стекающих с гор. После выхода из Ферганы Сырдарья принимает ряд рек (Архангаран, Чирчик, Келес, Арысь). Вместе с Нарыном длина реки до впадения в Арал достигает 2790 км.

Весенний паводок на Сырдарье проходит в марте-апреле, формируясь от таяния снегов в предгорьях. Второй — самый значительный — достигает максимума в июле.

В своем низовье Сырдарья течет по пологому возвышению из собственных наносов, из-за чего даже при небольшом поднятии уровня реки воды переливаются через береговые валы, затопляя обширные пространства. Стихийные разливы реки, особенно значительные в прошлом, происходят как в летнее половодье, так и зимой во время заторов льда.

Наиболее многоводный приток Сырдарьи — р. Чирчик начинается в горах Западного Тянь-Шаня двумя реками — Чаткалом и Аскемом. Чирчик имеет длину 161 км, а средний многолетний расход по выходе из гор 224 м³/с. Он орошает Ташкентский оазис.

В южных горах Тянь-Шаня в зоне ледников начинается р. Зеравшан. Ее длина 877 км. В верховьях река течет почти 300 км по узкому ущелью. Течение воды быстрое и бурное. Ниже Пенджикента река не принимает ни одного притока и заканчивается ниже г. Каракуля в соленом пересыхающем озере Денгизкуль. Когда-то воды реки достигали Амударьи.

Ежегодно Зеравшан несет в среднем 4,5 млн т наносов в виде разнообразных мелких и средних твердых частиц. Мутность воды увеличивается в нижней части, где приходится очищать каналы дважды в год. По своему химическому составу зеравшанская вода лучше вод Амударьи и Сырдарьи. Земли в бассейне р. Зеравшан засоляются гораздо медленнее, чем на Амударье или Сырдарье.

Река Или в бассейне оз. Балхаш имеет длину в пределах Казахстана 802 км. Она протекает по широкой долине и образует при впадении в озеро обширную дельту. Объем среднегодового стока у с. Илийского 464 м³/с. Имеет паводки в мае и июне.

Из крупных рек следует отметить р. Чу. Ее протяженность свыше 1000 км. Еще недавно Чу была связана поверхностным стоком с Сырдарьей, теперь же, теряя свою воду на испарение, заканчивается в понижении оз. Ащиколь, куда доносит свои воды и пустынная река Сарысу, берущая начало в низкогорьях Центрально-Казахстанского мелкосопочника. Сарысу — немноговодная река длиной около 800 км, имеет половодье весной.

На западе равнинной части Средней Азии протекают только две значительные реки — Мургаб и Теджен. Мургаб имеет общую длину свыше 780 км, но в пределах республики его длина составляет около 350 км. Средний расход реки у Тахта-Базара 52 м³/с. Теджен, так же как и Мургаб, берет начало в Афганистане, но режим этих рек однороден: они получают максимум воды весной от таяния снегов в горах и обильных дождей, но летом в них воды очень мало.

Подземные воды — важная составляющая приходной части водного баланса Средней Азии. Для сельского хозяйства их значение очень велико, так как здесь имеются обширные области, где подземные воды являются единственным источником водоснабжения.

Суммарная величина естественных запасов пресных и слабоминерализованных подземных вод в горных районах, по оценкам, равна 39,4 км³/год. Общая величина динамических запасов подземных вод на равнинах составляет около 15 км³/год.