В 739–741 гг. арабы снова совершают походы в Фергану, и хуттальцам, скрывавшимся в ней, приходится бежать в Уструшану. По китайским источникам, в 739 г. во главе Ферганы становится тюркский князь Арслан Тархан, который, по-видимому, и организует сопротивление арабам. Упорные сражения ферганцев с арабами в общей сложности продолжались более 100 лет. Остается неясным, когда была окончательно устранена местная династия. В конце VI–VII в. арабы изгоняют из Ферганы князя тюрок-карлуков (Арслана Тархана?). Но еще в IX в. при Саманиде Нух бен Асаде, последнем из наместников, отдельные области Ферганы (Касан и Урест) отказались принимать ислам, так что арабам снова пришлось усмирять непокорных ферганцев.

Сформировалась на базе культуры предшествующего периода. Традиции античной культуры продолжают жить в строительном деле и архитектуре, в погребальных сооружениях и погребальном обряде. Лучше всего они видны в керамическом производстве в IV–V вв. н. э. В быту ферганцы продолжают использовать красноангобированную гончарную посуду, украшенную процарапанным орнаментом, характерную для более раннего времени.

Но вместе с тем именно в этот период намечаются изменения во всех областях жизни ферганцев. В середине I тысячелетия н. э. в Средней Азии начинают складываться феодальные отношения. Этот сложный процесс сопровождался коренной перестройкой всей экономической и социальной структуры области. Он повлек за собой прекращение существования многих крупных городов, запустение целых оазисов, сокращение орошаемых земель. Именно в этот период затухает жизнь в одном из крупнейших городов Ферганы — Мархаматском городище. IV–V века были конечной датой жизни большинства поселений в Керкидонском оазисе. Исключением является поселение Чунтепе, где жизнь продолжалась до конца XII в. Сокращается число поселений в Исфаринской долине и в долине р. Ходжа-Бакырган, происходят качественные перемены в характере расселения.

Изменение облика земледельческих оазисов отмечал еще А.Н. Бернштам. «После ликвидации жизни усадеб кушанского и даваньского времени на смену им в сельскохозяйственных районах предгорья приходят сильно укрепленные за́мки и крепости, которые играют двоякую роль: с одной стороны, они являются резиденцией феодального владыки, а с другой, — будучи крепостью, форпостом, защищают оазис от внешних вторжений. В долине на месте кушанских за́мков возникают города как центры оазисов. Вокруг них располагаются усадьбы и за́мки земледельцев». Причину изменения типа расселения А.Н. Бернштам видел в смене общественных отношений (Бернштам, 1952, с. 248).

Начало формирования феодального города в Фергане, видимо, относится к середине I тысячелетия н. э. Город являлся административным и экономическим центром небольшой окрути, объединяя земледельческие поселения, располагавшиеся в непосредственной близости от него. По данным китайских хроник, в Фергане было шесть городов-оазисов (а всего в области около тысячи городов), которые представляли собой самостоятельные феодальные владения.

О большой раздробленности страны свидетельствует Сюань Цзян, посетивший Среднюю Азию в 30-е годы VII в. Он писал, что уже много десятков лет страна не имеет верховного правителя, а правители множества мелких владений ведут постоянную борьбу друг с другом. Политическая раздробленность способствовала экономической разобщенности.

Позднее арабские географы ал Истахри, ибн Хаукаль и ал Мукаддаси, описывая Фергану, отмечали в ней наличие трех округов: Нижняя и Верхняя Несья — на юге долины, Вагизийский — на севере и Миян-и-Рудан — на востоке. Позднее об отдельных округах писал Бабур. Арабские географы в числе других округов и городов упоминают также округ Ходженд, в то время не входивший в Фергану, особый округ Куба, где не было других городов, и горный округ Авал. Это деление на округа характерно для Ферганы и было вызвано, видимо, ее природными условиями.

А.Н. Бернштам подчеркивал, что для Ферганы на протяжении тысячелетия (IV в. до н. э. — IV в. н. э.) основным типом расселения были отдельно стоящие усадьбы и городища, причем количество усадеб особенно возрастает в кушанский период. Этот процесс А.Н. Бернштам склонен связывать с распадом родо-общинных отношений (Бернштам, 1952, с. 218). Земледельческое население в этот период осваивает всю долину и прилегающие предгорья. Наиболее распространенным типом являлись стоящие отдельно или группой дома (первый тип поселений по Н.Г. Горбуновой), но встречаются также и укрепленные поселения (второй тип). Городов было мало, и они, по мнению Н.Г. Горбуновой, сосредоточены в восточной, наиболее густо заселенной части долины. Поселения, как правило, располагались группами по веерам горных рек при выходе их в долину (Горбунова, 1973, с. 133).

На основании анализа и сопоставления письменных и археологических данных Ю.А. Заднепровский пришел к выводу, что численность населения Ферганы в кушанский период составляла 500–600 тыс. человек. Основная часть его жила в деревнях. Городское население составляло не более 1/4 всех жителей Ферганы (Заднепровский, 1973, с. 19).

В конце V–VI в. н. э. во всех областях Средней Азии намечается подъем экономической жизни. В регионах наиболее экономически развитых этот процесс начался раньше и протекал более быстрыми темпами. Есть все основания говорить о начале экономического и культурного подъема в Фергане уже в V в.

Период V–VIII вв. н. э. во всей Средней Азии характеризуется изменением всех форм материальной культуры: расселения, типа жилищ, топографии городов и др. С.П. Толстов видел причину этих перемен в коренных изменениях социально-экономического строя (Толстов, 1948). К этому же мнению пришли впоследствии М.М. Дьяконов (Дьяконов, 1953, с. 292), Е.А. Давидович и Б.А. Литвинский (Давидович, Литвинский, 1955, с. 159), А.М. Мандельштам (Мандельштам, 1964, с. 53) и В.М. Массон (Массон В., 1968, с. 100).

В Фергане, как и в других областях Средней Азии, в IV–V вв. начинает складываться раннефеодальный город как ремесленный и торговый центр. Пример Пенджикента показал, что процесс формирования феодального города в этом регионе начался задолго до арабского нашествия.

В равнинной части Ферганы выросли большие города, развивавшиеся, как правило, на месте городов предшествующего периода. Крупнейшими городами области были Куба, Ахсыкет, Андижан, Ош.

Куба уже в VI–VII вв. имела четкое деление на три части: цитадель в северо-западном углу, шахристан и обширные предместья. Город имел трое ворот: одни в восточной стене около шахристана и двое в западной около угловых башен. Жилые и хозяйственные постройки группировались в кварталы. Дома располагались вокруг площадей и вдоль улиц.

Крупный жилой комплекс открыт к северу от шахристана, его дома сгруппированы в шесть кварталов, объединенных общей внешней стеной. Дома состоят из нескольких комнат. Жилые комнаты отгорожены от хозяйственных и входных. Небольшие помещения перекрыты сводами, полы и стены покрыты алебастром.

К северо-востоку от жилого комплекса находился буддийский храм. Он представлял собой прямоугольную в плане постройку. В северной его части располагались квадратной формы святилище и прямоугольный храм. Постройка возведена на стилобате, высота которого 3,6 м.

Внутри святилища и храма находились квадратные платформы, на которые вели лесенки, а вдоль стен пристроены суфы. В.А. Булатова считает, что возвышения служили местом, где совершались жертвоприношения. К храму примыкал прямоугольный двор, у входа в который по обеим его сторонам располагались комнаты (табл. 75, 1, 2). В храме в арочных нишах стояли глиняные статуи. От них сохранились лишь фрагменты: головы, кисти рук. Главная статуя находилась на платформе. Она изображала Будду, восседавшего на троне в виде льва. На четырех выступах постамента размещалась свита. Лицо Будды застывшее, отрешенное. По периметру храма развертывалась сюжетная композиция, изображавшая историю обращения и искушения Будды (табл. 75, 3–6, 8-10), так как на ней были и благостные боги, и демоны из воинства Мары (Булатова, 1972).