Андрей Щелкалов, думный дьяк посольского приказа, как уже отмечалось не любил английских купцов, не считал нужным предоставлять им монополию на торговлю через русский север в ущерб голландцам и немцам. Союз с Англией Щелкалов считал невозможным в виду уже чисто географической разобщенности двух стран и указывал царю на Габсбургов как естественных союзников в борьбе с Оттоманской империей, которая угрожала обоим государствам. Горсей утверждал потом, что голландцы ежегодно платили Щелкалову пять тысяч рублей.

Возвращение Горсея в Россию было многообещающим. Все поручения Годунова были успешно выполнены, королева тоже осталась довольна. В Москве Горсея ожидало качественно новое положение фаворита русского неофициального правителя. «Я выехал из Англии, хорошо снаряженный, с девятью добрыми купеческими кораблями, и благополучно прибыл в бухту св. Николая, затем добрался до Москвы, проехав 1200 миль, и явился к лорду-правителю, теперь сделавшемуся князем провинции Вага. Он радостно встретил меня и после длинной беседы повел задним ходом к царю, который, казалось, был рад моему возвращению, потчевал (pochivated) меня, развлекал, а затем отпустил. На следующий день князь-правитель прислал за мной и рассказал мне много странных происшествий и перемен, случившихся за время моего отсутствия в Москве. Я был огорчен, услышав о заговорах родственников царицы, матери царевича Дмитрия (Charivwich Demetrius) и отдельных князей, объединенных с ним [Борисом Годуновым] в регентстве (comission)100 по воле старого царя, которых он, зная теперь свою силу и власть, не мог признавать как соперников. «Ты услышишь многое, но верь только тому, что я скажу тебе» [сказал мне князь-правитель]. С другой стороны, я слышал большой ропот от многих знатных людей. Обе стороны скрывали свою вражду, с большой осторожностью, осмотрительностью и дипломатией взвешивая свои возможности, это, однако, не могло хорошо кончиться ни для одной из этих сторон». Как представляется, Уолсингем и королева были немедленно проинформированы о начинающемся соперничестве различных придворных группировок.

Переписка Елизаветы и Годунова в этот период омрачилась в связи с тем, что главный агент Московской компании Роберт Пикок в своей деятельности выходил за рамки чисто торговых операций. В одном из писем Годунов жаловался на то, что Пикок без дозволения отправляет гонцов в Вильну и в Варшаву «как бы лазутчиками» в то время, как война с Польшей не окончена. Купцы Московской компании, пользуясь льготным положением, платят по сравнению с другими иностранными компаниями половинную пошлину и при этом требуют вообще запретить другим иностранным купцам пользоваться северным маршрутом, открытым англичанами, сами привозят на своих кораблях купцов, которых выдают за англичан, торгуют не английскими товарами, да еще в розницу. В январе 1586 года царь Федор Иоаннович урезал английские привилегии. По новой грамоте Московской компании было запрещено выдавать за английские товары иного происхождения, а также вести розничную торговлю на территории английских подворий в Москве и других русских городах. Федор Иоаннович и его опекун Годунов явно не собирались оставаться «ласкателями» англичан, у них были самостоятельные планы.

Годунову стали также известны «проделки» самого Горсея. В 1587 году Горсей был отправлен вновь послом в Лондон. В письмах, которые он вез с собой королеве, содержались серьезные претензии в отношении его недобросовестной «коммерческой» деятельности, а также просьба никогда больше не направлять его в Россию. Его присутствие в Москве стало обременительным. Горсея в открытую называли шпионом, а его влияние при дворе настолько ослабло, что вопреки его хвастливым утверждениям о том, что в 1587 году ему удалось добиться восстановления привилегий Московской компании, положение английских купцов напротив ухудшилось.

Горсей тем не менее в том же 1587 году попытался тайно вернуться в Москву. На этот раз его путь пролегал сушей через Европу, где он совершил несколько остановок, в том числе в Варшаве и Вильне. По его утверждениям, в Варшаве, где его пребывание затянулось, он передал письма Елизаветы королю Сигизмунду I и решал коммерческие споры с польскими купцами, которые задолжали своим английским контрагентам. В Вильне, как он сам признался, у него не было поручений от королевы, но тем не менее он встретился с великим князем Радзивиллом. «Он принял меня, – записал позднее Горсей, – с почетом и пышностью, говорил, что хотя мне ничего не поручено передать ему от королевы Англии, но он столь высоко ценит, почитает и восхищается ее добродетелями, заслугами, что примет меня как ее посланника…».

Чем конкретно занимался Горсей в Варшаве и Вильне доподлинно неизвестно, но следует иметь в виду, что в обеих столицах концентрировались оппозиционные русскому царю силы. Неудивительно, что в Смоленске его арестовали. Он попытался въехать в Россию под чужой фамилией, что само по себе было серьезным преступлением, однако его узнали, задержали и препроводили в Москву и поселили под надзором, а по сути, под арестом в доме суздальского епископа.

Горсей в своих воспоминаниях о завершающем этапе своей деятельности в России очень схематичен и концентрируется главным образом на торговых операциях. Можно понять, что в этот период он действовал в обход Московской компании, что было явным нарушением корпоративных правил, и в итоге закончилось, затеянным против него судебным процессом в Лондоне. Но Горсей ничем не рисковал, он явно рассчитывал на поддержку лорда-казначея Уильяма Сесила и Френсиса Уолсингема. Он не обманулся в своих ожиданиях. Суд его оправдал. Следует полагать, что ему зачли его достижения на другом, неторговом поприще.

Судя по воспоминаниям Горсея, он подробно информировал Уолсингема о политической борьбе, развернувшейся в России после смерти Ивана Грозного. Он сообщал о том, что в Москве сложилась серьезная оппозиция князю-протектору, но Годунов, на которого он, по всей видимости, уже не рассчитывал, умело маневрировал и опережал своих соперников. По сообщениям Горсея, Борис Федорович действовал осторожно, но быстро. Богдан Бельский, любимец Ивана Грозного был отправлен в Казань в ссылку «как опасный человек, сеявший смуту среди знати». Князь Иван Васильевич Шуйский, первый князь царской крови, пользовавшийся большим уважением, властью и силой, был главным соперником Бориса и открыто враждовал с ним. В 1586 году он попытался при поддержке митрополита Дионисия и других бояр развести царя Фёдора с Ириной Годуновой, но их попытка оказалась неудачной. Шуйский был обвинен в грубых нарушениях обычаев местничества при вынесении судебного решения в пользу своего родственника и сослан в Кирилло-Белозерский монастырь. По дороге с ним случилось несчастье – он угорел в ямской избе. Иван Федорович Мстиславский, один из царских опекунов за участие в заговоре Шуйских и других бояр был сослан тоже в Кирилло-Белозерский монастырь, где и умер в 1586 году. Никита Романович Захарьин-Юрьев в августе 1584 года тяжело заболел и уже больше не принимал участия в государственных делах. В 1585 или 1586 году он тихо скончался, взяв с Годунова клятву «соблюдать» его детей и вверил ему попечение о своём семействе. Казначей Петр Иванович Головин потерял свое положение уже в декабре 1584 года. В казначейство была назначена проверка, которая обнаружила столь крупные хищения, что боярский суд вынужден был приговорить Головина к смерти. Только в последний момент Годунов отменил казнь – излишняя жестокость была ему ни к чему. По дороге в ссылку любимец Годунова пристав И.В. Воейков умертвил Головина. Младший брат Головина Михаил, не стал дожидаться расправы и бежал в Литву.

К Андрею Васильевичу Щелкалову, человеку низкого происхождения, достигшего своего положения умом и талантами, Годунов был весьма расположен и видел в нем своего союзника. Хотя он известен в основном как дьяк посольского приказа, на самом деле под его началом действовало несколько важных приказов, включая, разрядный, который ведал назначениями. В государственных делах ничего не делалось без его ведома. После смерти Ивана Грозного он стал самовольничать. Вместе с братом Василием они «искажали росписи родословных людей и влияли на местнический распорядок, составляя списки административных назначений». Борис Годунов много лет смотрел сквозь пальцы на проделки братьев, но в 1794 году Андрей все же был отправлен в ссылку, Василий опале не подвергся, но стал осторожнее.