В ходе проведения операции отмечались попытки присваивать имущество выселенных. Так, в спецсообщении начальника управления МВД по Ровенской области И.А. Антонюка от 19 ноября 1947 года отмечалось, что по состоянию на 18 ноября 1947 года органами МВД области вскрыто 70 случаев разбазаривания и хищения имущества, из них по 34 случаям возбуждены уголовные дела, по ним привлечено 46 человек, из них 30 арестовано. По остальным случаям материалы пере даны в райкомы КП(б)У для решения вопросов в партийном порядке на 38 человек. О вскрытых фактах информированы партийно-советские органы и областной прокурор. В Станиславской области по 6 фактам расхищения имущества виновные были привлечены к ответственности по указу ПВС СССР от 4 июня 1947 года[75].

В 1948 году принимались меры по очищению территории Украины от националистических банд. За этот год были ликвидированы 54 банды ОУН. При проведении операций убиты 266 участников банд националистов и задержаны 472 человека. В I квартале 1949 года были ликвидированы ещё 19 банд, при этом убиты 87 и задержан 71 человек[76].

С территории Украины по состоянию на 27 мая 1948 года было выслано 131935 человек, в том числе: 2894 человека — членов семей осуждённых изменников Родины, 6255 человек — немцев-репатриантов, 3631 человек — членов семей осуждённых фольксдойче, 4223 человека — бывших полицейских, власовцев, а также других лиц, служивших в немецких строевых формированиях[77].

По состоянию на 1 января 1949 года на учёте состояло 112 633 спецпереселенца, высланных с Украинской ССР членов семей украинских националистов, бандитов и бандпособников, из них высланных в 1944–1946 годах сроком на 5 лет — 24730 человек, высланных в 1947–1949 гг. сроком на 8-10 лет и бессрочное поселение — 87 903 человека. В связи с этим МВД СССР обратилось в Совет Министров СССР с предложением отменить сроки выселения членам семей оуновцев и установить, что они переселены в отдалённые районы СССР навечно и возвращению в прежние места жительства не подлежат, что и было санкционировано. За побег с места поселения для этой категории была установлена уголовная ответственность — 20 лет каторжных работ.

На территории Западной Белоруссии во второй половине 1944 года действовали бандгруппы, занимавшиеся убийством советских и партийных работников, ограблением магазинов, хозяйств местных жителей и т. д. По данным НКВД, в западных областях Белорусской ССР действовали 80 польских бандгрупп Армии Крайовой, в Литовской ССР — 84 польских и литовских, под руководством так называемого Литовского национального фронта (блок буржуазных национальных партий Литвы), бандгрупп. На борьбу с бандформированиями было направлено в Белорусскую ССР 13 полков войск НКВД общей численностью 18890 человек, в Литовскую ССР — 5 полков войск НКВД численностью 6020 человек.

Через две недели Л.П. Берия доложил И.В. Сталину, что было ликвидировано 288 антисоветских польских и белорусских организаций. Арестовано 5069 их участников, 700 агентов разведывательных органов противника и ликвидировано 13 резидентур германской разведки. Удалось также ликвидировать 800 участников повстанческих групп, задержать 1643 дезертира, 48000 уклоняющихся от призыва в Красную армию. В районах Бреста, Пинской и Полесской областей, граничащих с Украинской ССР, было ликвидировано 11 повстанческих групп, перешедших из Волынской и Ровенской областей. Убито 385 и захвачено в плен 160 оуновцев.

Всего за время проведения операций с июля 1944 по 1 сентября 1945 года НКВД Белорусской ССР арестовало и задержало 97094 человек, в том числе, бандитов — 6514, бандпособников — 1036, участников антисоветских организаций — 651, немецких ставленников и другого антисоветского элемента — 6141, дезертиров и уклонявшихся от службы в Красной армии — 82752 человека. Убито 3282 бандита, дезертира и другого антисоветского элемента.

Кроме того, явилось с повинной 698 бандитов, 44 участника антисоветских организаций, 48188 дезертиров и уклонявшихся от мобилизации.

При проведении операций изъято: миномётов — 62, ПТР — 30, пулемётов — 657, автоматов — 1359, винтовок — 10485, револьверов — 771, гранат — 1435, мин — 1164, патронов — 34845, взрывчатых веществ — 893 кг, раций — 12, радиоприёмников — 51[78].

Террористические акты литовской, латвийской и эстонской контрреволюции послужили причиной депортации отдельных групп населения в восточные районы страны. Акты по переселению граждан из Прибалтики после её освобождения от фашистов продолжались до начала 1950-х годов.

В 1943 году в Литве представителями различных буржуазных партий был создан Верховный комитет освобождения Литвы, ставивший своей целью восстановление в Литве самостоятельного буржуазного государства.

13 августа 1944 года в связи с освобождением значительной части Литовской ССР президиум Верховного комитета освобождения Литвы принял решение перенести центр деятельности литовских националистов в Германию и Швецию.

Верховный комитет освобождения Литвы, находившийся в Берлине, принял на себя руководство подрывной деятельностью литовского национального подполья и при содействии военной разведки (абвера) перебросил в Литовскую ССР 25 своих эмиссаров-агентов с задачей сбора разведывательной информации для немецкой разведки и руководства деятельностью бандитских формирований и националистических организаций в Литве.

По состоянию на 19 марта 1945 года на территории Литовской ССР было проведено 2257 чекистско-войсковых операций. Ликвидированы 497 бандгрупп численностью 16983 человек, убито бандитов 5364 человек, захвачено — 10923, арестовано — 31 674, в том числе участников националистического подполья — 11412, задержано дезертиров, уклонившихся от службы в Красной армии — 33670, явилось с повинной — 9376. Изъято: орудий — 4, миномётов — 48, ПТР — 33, пулемётов станковых — 72, пулемётов ручных — 662, автоматов — 912, винтовок — 7606, револьверов и пистолетов — 1229, гранат — 6190, патронов — 1070410.

На имя И.В. Сталина 19 сентября 1945 года Л.П. Берия направил сообщение, в котором указывалось, что в дополнение к ранее представленной информации о ходе борьбы с антисоветским националистическим подпольем в Литве и его вооружёнными бандами НКВД СССР проведена следующая работа с 1 июля по 15 сентября 1945 года: ликвидировано бандгрупп — 256, убито бандитов — 3337, захвачено — 4388, арестовано участников подпольных организаций и иного антисоветского элемента — 7099, явились с повинной бандиты, находившиеся на нелегальном положении, дезертиры и уклонившиеся от призыва в Красную армию — 31 368. При этом у бандитов изъято следующее: пулемётов — 358, автоматов — 796, винтовок и пистолетов — 4046, гранат — 27 483, патронов — 544570. Кроме того, изъято: радиопередатчиков — 81, радиоприёмников — 123, пишущих машинок и других множительных аппаратов — 75, нелегальных типографий — 2[79].

После освобождения территории Литвы неоднократно предпринимались меры по выселению семей бандитов, бандпособников и кулаков.

Всего за 1945–1952 гг. были выселены из республики 29923 семьи — 108 364 человека. За этот период, кроме кулаков и членов их семей, выселялись члены семей осуждённых изменников родины, националистов, участников белоповстанческих и карательных отрядов, полицейских, немецких пособников, семьи действующих вооружённых бандитов, семьи осуждённых и ликвидированных бандитов, семьи действующих и осуждённых бандитских пособников.