Для Кальвина, как и для всех остальных магистерских реформаторов, таинства были основополагающими: без них не могла существовать Христианская Церковь. «Если мы находим Слово Божие, проповедуемое и воспринимаемое в чистоте, и таинства, совершаемые в соответствии с наставлениями Христа, то мы можем не сомневаться в существовании Церкви». Таким образом, истинная Церковь определяется не качествами ее членов или наличием санкционированных средств благодати. Определив совершение таинств одним из «отличительных признаков Церкви (notae ecclesiae)», Кальвин подробно рассматривает, что же является истинными таинствами Евангелия и как следует их понимать. Делая это, Кальвин прекрасно знал о расхождениях между Лютером и Цвингли и старался выработать некую среднюю линию между двумя различными точками зрения.

Кальвин дал два определения таинства. Он определял таинство как «внешнего символа, которым Господь запечатлевает в нашем сознании Свои милостивые обещания, сделанные нам, чтобы поддержать слабость нашей веры» и как «видимый знак священного предмета или видимая форма невидимой благодати». Первое является собственным определением Кальвина, а второе взято у Августина (хотя Кальвин считал его слишком кратким, чтобы быть полезным). Настаивая на том, что таинства должны быть основаны на «обещании и повелении Господнем», он следом за своими коллегами отрицает пять из семи таинств, традиционно признаваемых католической Церковью, и признает таинствами лишь крещение и Евхаристию.

Для Кальвина таинства являлись милостивым приспособлением к нашим слабостям. С его точки зрения, Бог, зная о слабости нашей веры, приспосабливается к нашим ограничениям.

«Таинство никогда не бывает без предварительного обещания, но присоединено к нему, как своего рода приложение, чтобы подтвердить и запечатать само обещание, делая его для нас более ясным и в некотором смысле ратифицировать его… Поскольку наша вера слаба, то, если ее не поддерживать со всех сторон всевозможными средствами, она начинает шататься, колебаться и, в конце концов, рушится. И здесь наш Милосердный Господь, по Своей бесконечной милости, приспосабливает Себя к нашим возможностям. Поскольку мы является приземленными существами, тяготеющими к плотским вещам, не думаем о духовном и даже не воспринимаем его, то Он снисходит к нам, чтобы привести нас к Себе с помощью земных вещей и дать нам во плоти отражение Своих духовных благословений».

Основной спор между Лютером и Цвингли развернулся вокруг взаимоотношений между знаком таинства и духовным даром, которым обозначается этот знак. Позиция Кальвина находится между двумя крайними точками зрения. Он утверждал, что в таинствах существует такая близкая связь между символом и даром, который он символизирует, что «можно легко переходить от одного к другому». Знак является видимым и физическим, в то время как то, что обозначается, является невидимым и духовным; и все же, ввиду столь близкой связи между знаком и тем, что обозначается, вполне возможно применить одно к другому. Таким образом, знак оказывает влияние на то, что он символизирует.

«Верующие должны всегда руководствоваться следующим правилом: когда бы они не видели символы, установленные Господом, они должны думать и быть уверенными в том, ибо в них присутствует истина того, что они символизируют. Зачем Господу вкладывать вам в руки символ Своего Тела, если не для того, чтобы уверить вас в том, что вы действительно причащаетесь Его? А если истиной является то, что видимый знак дан нам, чтобы запечатать невидимое, то, получая символ Тела, мы должны быть уверены, что нам дано само Тело».

Таким образом, Кальвину удалось сохранить различия между знаком и тем, что он означает, отмечая в то же время, что знак действительно указывает на дар, который он обозначает.

«Поэтому я говорю… что священная тайна Трапезы Господней состоит в двух вещах: физических знаках, которые, находясь у нас перед глазами, представляют нам (ввиду наших слабых возможностей) вещи невидимые; и духовной истины, которая в то же время представлена и показана в самих этих символах».

Может показаться, что позиция Кальвина представляет собой сознательную попытку примирить взгляды Лютера и Цвингли, осуществление церковной дипломатии в благоприятный момент истории Реформации. На самом деле, однако, существует мало свидетельств в поддержку такой точки зрения: кальвиновское богословие таинств нельзя рассматривать как компромисс, достигнутый на политической почве. Оно отражает его понимание пути, по которому знание о Боге доходит до нас. Этот вопрос является столь важным, что мы остановимся на нем подробнее.

В ходе всего своего исследования отношения Бога к человечеству Кальвин рассматривал всего одну модель в качестве нормативной. Эта модель стала возможной благодаря воплощению. Воплощение подразумевает союз Божества и человечества в лице Иисуса Христа, но не их слияние. Кальвин вновь и вновь обращается к христологически обоснованной формуле «distinctio sed non «separatio»«идеи должны быть разделены, но не отделены».

Так, можно разделить идеи о «познании Бога» и «познании самих себя»; но они не могут существовать в изоляции. Точно так, как воплощение представляет собой случай такого соединения противоположностей, можно выделить ту же парадигму и в других аспектах взаимоотношений Бога и человечества. Для Кальвина богословие фокусировалось на «познании Бога и познании самих себя». Отсюда следовало, что формула, «разделять, но не отделять» преобладала в его мыслях об отношении Бога к Своему миру, включая природу символов таинств.

Этот принцип можно увидеть в действии на протяжении всей книги «Наставлений»: во взаимоотношениях между Словом Божиим и словами людей при проповеди; во взаимоотношениях между верующим и Христом в оправдании, где существует реальная общность личностей, но не слияние личностей; и во взаимоотношениях между светской и духовной властью. В вопросе таинствах, знак и то, что он обозначает, можно разделить, но нельзя отделить один от другого. Они различны, но в то же время неотделимы.

Кальвиновское понимание крещения можно рассматривать как соединение цвинглианских и лютеранских элементов. Следуя за Цвингли, Кальвин утверждает, что крещение является публичной демонстрацией приверженности к Богу: «Крещение является знаком посвящения, посредством которого мы принимаемся в сообщество Церкви». Так же, как Цвингли утверждал, что таинства являются, в первую очередь, церковными мероприятиями, целью которых является демонстрация верности верующих Церкви и гражданскому сообществу, Кальвин подчеркивал декларативную роль таинства крещения. Однако его высказывания носили лютеранский оттенок. Он говорил о крещении как о знаке оставления грехов и новой жизни верующих в Иисусе Христе: «Крещение несет в себе еще одно преимущество, ибо оно показывает нам смерть нашего существа в Христе и нашу новую жизнь в Нем… Таким образом, безвозмездное прощение грехов и оправдание сначала обещаются, а затем благодать Святого Духа изменяет нас для новой жизни».

Вслед за всеми другими магистерскими реформаторами, Кальвин утверждал законность крещения младенцев. Эта практика, утверждал он, является подлинной традицией ранней Церкви, а не средневековым нововведением. Цвингли оправдывал эту практику обращением к иудейскому обряду обрезания. Этим обрядом, утверждал он, показывалась принадлежность новорожденных мальчиков к общине завета. Аналогичным образом, крещение является знаком того, что младенец принадлежит к Церкви — общине нового завета. Растущее влияние анабаптистов, которое Кальвин ощутил, в первую очередь, во время своего страсбургского периода, показало всю важность оправдания практики крещения младенцев, которую анабаптисты яростно отвергали. Поэтому Кальвин расширил цвинглианское оправдание крещения младенцев: если христианский младенец не крещен, то он находится в худшем положении по сравнению с новорожденным иудеем, принадлежность которого завету зафиксирована публично обрезанием: «Иначе, если свидетельство, которым иудеи заверены в возрождении их процветания, забрать у нас, то пришествие Христа сделало бы для нас Божественную милость более туманной и менее ощутимой, чем для иудеев до нас». Таким образом, Кальвин утверждал, что младенцев необходимо крестить, чтобы не лишать их тех преимуществ, которые несет с собой крещение.