Перед разработчиками встали две задачи: повысить потенциал станции наведения Б-200 и обеспечить возможность поражения скоростных сверхзвуковых целей типа МИГ-19.

Потенциал станции был повышен за счет поднятия мощности передающих устройств до 10 мегаватт. Так появилась возможность уверенного обнаружения малоразмерных целей. В 1960 году были проведены первые испытания модернизированной системы и достигнута скорость поражаемых целей 4200 километров в час. Модернизированная система оснащалась как ракетой 217М с обычным боезарядом направленно-осколочного действия, так и ракетой 218 (217Т) с атомным боезарядом.

В результате проведенных доработок максимальная дальность ракеты была увеличена до 30 000 метров, а с учетом использования пассивного участка траектории возросла до 56 километров. Диапазон высот перехвата был расширен до 1500—35 000 метров, дальность перехвата — до 43 километров, скорость полета ракеты возросла до 1550 метров в секунду.

Надо сказать, что новые ракеты вводились в состав модернизированных систем постепенно, без снижения работоспособности и боевой эффективности огневых комплексов. Было время, когда на позициях в составе С-25 первого и второго этапов модернизации одновременно находились ракеты 205, 207, 215 и 217.

Ракета повышенной надежности 218 разрабатывалась с 1960-го по 1964 год. Было применено резервирование отдельных блоков бортовой аппаратуры и бортовых электроцепей. При сборке проводили специальный отбор собираемых деталей и узлов. Устанавливалась специальная боевая часть весом 247 килограммов с атомным зарядом. Для ракеты были разработаны новый радиовзрыватель 5Е19, системы предохранения и ликвидации. Летно-технические характеристики ракеты близки к характеристикам ЗУР 217М, однако использование ракеты 218 предполагалось только на активном участке полета.

Работы третьего этапа были проведены в ОКБ-304 под общим руководством КБ-1 в 1965–1968 годах. Ракета разработана в МКБ «Буревестник».

На этом этапе был усовершенствован метод наведения ракет на цель. Для обеспечения поражения целей, летящих на малых высотах, были изменены наклон азимутальной антенны и сектор работы угломестной антенны. Средства системы оснащались новыми высокочастотными усилителями, что обеспечило работу на второй развертке и дало возможность увеличить дальность поражения целей.

В период с 1964-го по 1968 год была разработана ракета 5Я25. Она была оснащена более мощной боевой частью осколочного типа весом 390 килограммов, обладала повышенными маневренными характеристиками, что было необходимо для борьбы с постановщиками помех, особенно на больших высотах.

Высокие характеристики были достигнуты благодаря применению нового двигателя с повышенным удельным импульсом, нового автопилота с двухканальной системой стабилизации ракеты по крену и новой бортовой аппаратуры 5У18. Ракета применялась в высотном диапазоне от 1500 до 35 000 метров, дальность полета с учетом пассивного участка траектории составляла 30–56 километров, скорость полета 1000–1550 метров в секунду.

Работы по четвертому этапу модернизации системы С-25 проводились без участия А. А. Расплетина (он умер в 1967 году) силами ОКБ-304 и военных — специалистов 1-й армии ПВО особого назначения под руководством КБ-1 в 1968–1970 годах. Система принята на вооружение в 1979 году. Система имела возможность поражения крылатых ракет, нижняя граница зоны поражения была уменьшена до 800 метров.

После каждого этапа испытаний, возвращаясь с полигона в Москву, Расплетин находил время для посещения каких-либо объектов подмосковной системы С-25. И каждый раз он испытывал чувство гордости за проделанную работу. Сколько труда и нервов было заложено в эту систему! И теперь она эксплуатировалась молодыми специалистами нового поколения. Встречи с ними носили позитивный характер — он видел, что дело его жизни находится в надежных руках. Он практически никогда не отказывал командованию войск ПВО принять участие в научно-практических конференциях личного состава части, выступая с воспоминаниями о том, как создавалась система, каковы перспективы ее развития. Это были очень полезные и интересные встречи молодых офицеров и генерального конструктора. Последнее посещение Расплетина военно-научной конференции Войск ПВО обороны страны датировано 14 января 1965 года (в/ч 32396, Балашиха).

Работы по модернизации средств системы С-25 были отмечены в 1966 году Ленинской премией. Среди лауреатов были соратники Расплетина Н. И. Оганов и К. К. Капустин.

Вести боевые действия системе С-25, к счастью, не пришлось с момента заступления на боевое дежурство в 1956 году и до конца ее существования (начало 1990-х годов).

С завершением Государственных испытаний системы ПВО Москвы руководители МО поставили вопрос о привлечении к проблеме ПРО ведущих специалистов КБ-1. Это было совершенно правильное предложение. В КБ-1 выросли удивительно квалифицированные специалисты, способные решать любые технические и научные задачи. Кроме того, эту блестящую когорту исполнителей венчал потрясающий по интеллектуальному потенциалу научно-технический совет. Все решения совета после предварительного всестороннего обсуждения принимались для реализации в заданные сроки. Более того, в КБ-1 существовала очень гибкая и жесткая система исполнения и контроля принятых решений. Все они подлежали неукоснительному выполнению. Кроме того, поскольку в КБ-1 техническими руководителями были в основном военные, то это, естественно, строило четкую иерархию подчинения и докладов всех ступеней исполнения высшему руководству КБ-1. Это было обязательным условием подчинения младшего технического персонала старшему.

На должность главного конструктора системы ПРО была предложена кандидатура главного конструктора системы ПВО Москвы А. А. Расплетина. Ознакомившись с постановкой задачи и оценив возможности разработки системы ПРО, Расплетин заявил руководящим работникам ЦК, что считает эту задачу чрезвычайно сложной и для начала следует оценить возможности разработки такой системы. В этой ситуации, по мнению Расплетина, было важным завершить все работы по вводу в строй всех объектов С-25, провести Государственные испытания и снять все вопросы защиты Москвы от средств воздушного нападения, в том числе и массированного налета. Для этого необходимо было незамедлительно приступить к модернизации системы, повысить тактико-технические характеристики, ввести в состав станции ЦРН аппаратуру СДЦ, разработать и ввести в состав комплекса ракету с ядерным зарядом, увеличить зоны поражения скоростных целей, понизить минимальную высоту работы системы по современным воздушным целям. То есть сделать систему действительно боеспособной, готовой отразить любые виды воздушного нападения. Это были архиважные задачи, требующие больших усилий от разработчиков. Что касается разработки системы ПРО, то сейчас надо приложить максимум усилий для оценки возможности разработки такой системы, наметить и обосновать пути ее реализации. В оборонном отделе ЦК КПСС с такой постановкой Расплетина согласились, потребовав лишь максимального содействия и контроля за всеми выполняемыми в КБ-1 работами по проблеме ПРО. Расплетин, естественно, с такой поправкой согласился.

Военные, помня о своем провале на политбюро 20 июля 1950 года и той нахлобучке, которую они получили от Сталина за несвоевременную постановку задачи по защите Москвы от средств воздушного нападения, продолжали нагнетать обстановку вокруг ПРО. В результате уже в декабре 1953 года вышло распоряжение СМ СССР «О разработке методов борьбы с ракетами дальнего действия». Проработка конкретных предложений была поручена двум организациям — КБ-1 и РАЛАН.

Приказом С. М. Владимирского в декабре 1953 года в КБ-1 была создана специальная лаборатория по проблемам ПРО, которую возглавил крупный ученый, профессор Н. А. Лившиц.

В свое время его и нескольких своих преподавателей С. Л. Берия перевел из Ленинградской военной академии связи в московское КБ-1. Вскоре Лившиц был назначен начальником теоретической лаборатории. Интересно отметить, что отец Лившица до советской власти был промышленником-миллионером. Сергей Берия знал об этом факте, но не обращал на него внимания. После ареста отца и сына Берия Лившиц был понижен в должности, счел понижение незаслуженным, стремился к масштабной научной деятельности. В лабораторию Лившица вошли около сорока сотрудников, которые и занялись подготовкой первого отчета по ПРО. Научным консультантом стал профессор ВВИА им. Н. Е. Жуковского генерал В. С. Пугачев.