Так, в КБ-1 было образовано еще одно направление работ — оценка возможностей создания средств ПРО на базе современной техники радиолокации и достижений в области зенитных управляемых ракет.

В январе 1954 года Главспецмашем было принято решение о создании специальной комиссии по ПРО. Председателем комиссии назначили академика А. Н. Щукина. В состав комиссии вошли директор РАЛАН А. Л. Минц, главный инженер КБ-1 Ф. В. Лукин (С. М. Владимирский переходил на новую должность) и главный конструктор системы С-25 А. А. Расплетин. На первом заседании Ф. В. Лукин сказал: «Работы по ПРО надо начинать, и как можно скорее. Какой будет результат — сказать сейчас трудно. Никакого риска здесь нет: не получится ПРО — получится хорошая техническая база для более совершенных противосамолетных систем».

Комиссия рассмотрела отчеты КБ-1, предложения А. Л. Минца по зональной системе ПРО «Барьер» и проект бывшего главного конструктора КБ-1 П. Н. Куксенко.

Минц предложил построить в пустынной местности несколько больших размещенных вдалеке друг от друга радиолокационных станций, способных обнаруживать баллистические ракеты в полете. Вариант был признан трудновыполнимым, затратным, и члены комиссии его отклонили. Однако неожиданно за проект вступился председатель А. Н. Щукин, рекомендовавший продолжить исследования. Члены комиссии, вынужденные прислушиваться к мнению академика, вынесли расплывчатое решение по варианту Минца. Проект бывшего главного конструктора КБ-1 П. Н. Куксенко, продолжавшего работать в должности ученого секретаря НТС этой организации, был отклонен. Вариант Лившица получил одобрение.

После ареста Лаврентия и Сергея Берия всех полковников КГБ сняли с должностей начальников отделов КБ-1. Начальниками отделов стали ученые и конструкторы. Заняв соответствующие высокие должности, две выдающиеся личности — А. А. Расплетин и Г. В. Кисунько — стали претендовать на лидерство.

На фоне общепризнанного авторитета А. А. Расплетина в реализации принципов создания первой в СССР системы ПВО роль Кисунько была менее заметной и значимой. А. А. Расплетин был полностью поглощен вопросами подготовки к государственным испытаниям системы С-25, обеспечением ввода в строй многочисленных объектов системы, обсуждением этапов повышения технических характеристик системы путем ее модернизации. В этой ситуации проблема ПРО стала для Кисунько «палочкой-выручалочкой», с помощью которой он мог выйти в лидеры.

После сводного отчета Лившица стало ясно, что для создания системы ПРО потребуются огромные силы. Лившиц был настоящим кабинетным ученым, но не организатором. Кисунько обладал даром и ученого, и организатора.

В августе 1954 года с отчетом лаборатории Н. А. Лившица познакомились Расплетин и Кисунько. Проблема ПРО все более увлекала Кисунько, и он поручил ознакомиться с отчетом своему заму Елизаренкову.

2 февраля 1955 года вышло новое постановление ЦК КПСС о продолжении исследований по проблеме ПРО. Весной Елизаренков подтвердил вывод Лившица о возможности создания системы ПРО.

Для всесторонней проработки проблемы ПРО Расплетин и Кисунько создали тематическую лабораторию, которую поручил возглавить Елизаренкову. Вскоре к тематике ПРО ему удалось также привлечь часть людей лаборатории Лившица и своих коллег, занимавшихся системой С-25. Все они переводились в новое подразделение. Как вспоминал К. С. Альперович (см. книгу «Так рождалось новое оружие». М.: Унисерв, 2014):

В моей лаборатории вопросами слежения за ракетой-целью занималась группа Ю. Д. Шафрова, позже удостоенного — в составе коллектива разработчиков системы ПРО — Ленинской премии. Отдавать молодых талантливых специалистов не хотелось. Ответ Расплетина на мои возражения был четким: «Григорий Васильевич начал новое направление. Ему надо помогать. Отпустите всех».

Несмотря на довольно сложные отношения Кисунько с Расплетиным, оба находили время для обсуждения принципиальных вопросов создания системы ПРО. К ним оба относили построение экспериментальной радиолокационной установки на трассе полета баллистических ракет, запускаемых с полигона Капустин Яр, и экспериментального подтверждения в возможности дальнего обнаружения, сопровождения и уничтожения головной части.

Особую актуальность приобретали вопросы изучения радиолокационных свойств баллистических ракет. Поездку на полигон на пуск МБР разрешил Устинов.

На полигон прибыли Кисунько и Минц. Пуск и полет ракеты произвели на них большое впечатление. Стало ясно, что баллистическая ракета — это очень серьезный противник. Однако узнать что-либо о самом главном — отражающих характеристиках головной части — не удалось, так как к тому времени никто об этом не знал.

Вернувшись в Москву, Кисунько доложил о результатах поездки на полигон и разработанных предложениях по решению принципиальных вопросов создания ПРО. На Устинова давили сверху. Узнав от Расплетина, что Кисунько намерен всерьез приступить к решению проблемы, он обрадовался и пообещал ему всяческую поддержку. К этому времени Устинов уже понимал, что проблема действительно очень сложна, что Лившицу с ней не справиться и что есть лишь две реальные кандидатуры главных конструкторов: Кисунько и Минц. Устинов сделал ставку на Кисунько.

Еще 14 февраля 1955 года в составе КБ-1 были образованы СКБ-31 по зенитной ракетной тематике во главе с А. А. Расплетиным и СКБ-41 по авиационной тематике во главе с А. А. Колосовым. Учитывая важность поставленных задач, Д. Ф. Устинов поручил начальнику КБ-1 В. П. Чижову подготовить предложения о создании еще одного СКБ по противоракетной тематике. 7 июля 1955 года министр МОП подписал приказ «О создании СКБ-30 и проведении НИР в области ПРО». Начальником СКБ-30 был назначен Г. В. Кисунько.

После выхода приказа министра МОП в сентябре в составе СКБ-30 были организованы три отдела, которыми руководили Н. А. Сидоров, Б. И. Скулкин, Ю. Д. Шафров. Цель организации отделов — разработка аппаратурных подсистем стрельбового радиолокатора точного наведения противоракеты на баллистическую цель.

Вопрос о том, можно ли обнаружить баллистическую ракету и селектировать ее головную часть, оставался открытым. В мае 1955 года на НТС КБ-1 был детально обсужден план экспериментальных работ по исследованию отражательных характеристик и функциональной схемы экспериментального радиолокатора (РЛС РЭ). Получив одобрение НТС, в августе Кисунько приступил к разработке экспериментального радиолокатора РЭ. Это был первый шаг, без которого невозможно было ответить на главный вопрос: можно ли вообще обнаружить в полете баллистическую ракету и ее головную часть?

К исследованиям радиолокационных свойств баллистических ракет предполагалось приступить в конце 1956 года.

РЛС РЭ была вспомогательной станцией, подтвердившей в экспериментах (впервые в мире), что можно радиолокационно на экране этих станций увидеть отдельные сигналы от ракеты-носителя и головной части (ГЧ) БР.

К концу года Кисунько завершил проект экспериментального радиолокатора и разработал некоторые методы обнаружения и сопровождения ракет. Опробовать методы, отработать принципы построения и взаимодействия основных средств будущей системы противоракетной обороны можно было только на действующих макетах полигонной системы с проведением пусков баллистических ракет дальнего действия. Это был смелый, но рискованный шаг. Д. Ф. Устинов одобрил предложение Г. В. Кисунько, вместе с руководителем Главспецмаша В. М. Рябиковым подготовил проект совместного постановления ЦК и Совмина. Не дожидаясь выхода постановления, издал все необходимые приказы по министерству о подготовке работ и в январе 1956 года вместе с энергично поддержавшим его министром обороны Г. К. Жуковым направил в ЦК КПСС докладную о необходимости принять постановление по ПРО. В соответствии с предыдущими постановлениями заключение о варианте проекта ПРО могла дать специальная комиссия А. Н. Щукина. В отличие от Устинова Щукин по-прежнему поддерживал Минца.

1 февраля 1956 года на совместном научно-техническом совете РАЛАН в присутствии представителей Главспецмаша и МО состоялось обсуждение предложений по проектам зональной системы ПРО А. Л. Минца с радиолокаторами собственной разработки и объектовой системы ПРО Г. В. Кисунько с радиолокатором дальнего обнаружения «Дунай-2» А. И. Берга.