В тревожной ситуации предвоенного времени конкурс имел большое патриотическое значение. В апреле 1941 г. были объявлены итоги третьего тура — первая премия была присуждена Г. А. Захарову. Никто тогда не думал, что всего через два с небольшим месяца начнется война и скоро задача создания памятников героям станет насущной задачей.

Как и многие архитекторы столицы, Захаров был сразу привлечен к маскировочным работам. Их группа занималась имитацией построек Кремля в излучине Москвы-реки в районе Крылатского. И не один раз немцы сбрасывали бомбовый груз на этот «кремль», видели пожар, но назавтра он снова стоял, и снова бомбы падали на пустырь.

Осенью 1941 г. вместе с Академией архитектуры Григорий Алексеевич и Зинаида Сергеевна были эвакуированы в Чимкент. В трудном быту военного времени помимо текущей работы они сумели заняться исследованием традиционного жилища Средней Азии и сделали серию проектов для малоэтажного строительства.

Осенью 1942 г. Григорий Алексеевич вернулся в Москву с чертежами конкурсного проекта Пантеона героев Великой Отечественной войны. Высокий зеленый курган накрывал собой город-некрополь. Пять улиц некрополя вели к широкому обходному кольцу и круглому колонному залу. Пять гигантских ниш и десяток протяженных каменных залов предназначались для колумбариев. Огромные здания, как бы врытые в склон кургана и напоминающие флорентийские палаццо, отмечали выходы улиц. Холм навевал мысль о былинных курганах южнорусских степей, о древних битвах и жизнестойкости народа. Золотая фигура, венчавшая мемориал, должна была сиять, подобно Вечному огню.

Редкий по красоте план Пантеона может соперничать с вошедшими во все фундаментальные книги по истории архитектуры планами проектов Французской академии периода Великой французской революции (конец XVIII в.). В апреле 1943 г. первая премия за Пантеон героев Отечественной войны была присуждена Г. А. Захарову, 3. С. Чернышевой и работавшему с ними скульптору И. А. Рабиновичу.

В ноябре того же года открылась приуроченная к 26-й годовщине Великой Октябрьской революции выставка «Героический фронт и тыл». Впервые в военное время были распахнуты двери главного входа в Третьяковскую галерею и в 14 залах верхнего этажа были показаны новые произведения искусства и значительное число архитектурных проектов. Самой крупной авторской экспозицией оказались работы Захарова и Чернышевой, представивших пять проектов.

Среди них помимо Пантеона — монументы Героям гвардейцам и Герою партизану, проекты Памятника-музея Сталинградской битвы и Пантеона героев Сталинграда, выполненные по заказу Комитета по делам искусств. К работе над музеем Захарова привлекли в ноябре 1942 г., когда был осуществлен захват гитлеровской группировки под Сталинградом.

В начале 1943 г. Г. А. Захаров поступил на работу в мастерскую И. В. Жолтовского. За пять лет работы им было сделано много разнообразных проектов. В 1944 г. Захаров получил две вторые премии за проекты домов каркасного типа и еще две вторые премии за типовые клубы; в 1946 г.— первую премию за проект Памятника победы в Штеттине. В 1943—1945 гг. работал совместно с Жолтовским над реконструкцией Дома союзов в Москве, в 1946—1947 гг.—над реконструкцией особняка для дипломатических приемов по улице Ал. Толстого, 17, построенного для С. Т. Морозова по проекту архитектора Ф. И. Шехтеля. Тогда же проектировал один из вариантов Дома Советов в Сталинграде, работал над проектом центральной площади в Калуге. Хотя Захаров считал себя только помощником и проект подписан И. В. Жолтовским, это редкий пример того, когда в работе академика явственно ощущается лицо сотрудника.

Пафосом победы над фашизмом, утверждением идеи гуманизма победившего общества пронизана архитектура станции метрополитена «Курская»-кольцевая. Для реализации в натуре этого значительного объекта Захаров в 1948 г. покинул мастерскую Жолтовского и перешел в Метропроект. Работа зодчих была отмечена Государственной премией СССР в 1950 г.

Отражающая общее радостное настроение первых послевоенных лет, архитектура станции представляет собой развернутую во времени торжественную мажорную симфонию, воплощенную в ордерных формах, символических рельефах и полихромии мрамора. Словно салют победы, взметнулось пространство наземного вестибюля, охваченное стройными беломраморными колоннами. Ярко освещен высоко поднятый купол. Темный мрамор лестниц и аванзала оттеняет ширину светлого круглого зала с одной массивной опорой в центре. Сюда с разных сторон вливаются людские потоки. Красные мраморные колонны стоят по кругу, словно воины на границе. Тонкие растительные рельефы покрывают опору в центре, напоминающую сноп — изобилие, дарованное победой. Изящный светлый антаблемент на красных колоннах прерывается лишь у эскалатора, обозначая направление главного движения — к поездам.

В протяженном перронном зале — кульминации всего замысла: авторам хотелось дать тему мужественную, ясную, единую, которая олицетворяла бы спокойствие и силу народа-победителя, его духовное и физическое здоровье. Для этого нужно было избежать массивности пилонов, традиционных для станции глубокого заложения. Конструкция из сближенных тюбинговых тоннелей позволила сосредоточить нагрузку на тонких, работающих всем сечением опорах. Торцы опор, обращенные в центральный перронный зал, каннелированы. Возникла телесно плотная колоннада дорического характера.

В отличие от музыки «симфония» архитектурных форм в большинстве случаев не нуждается в восприятии в одном-единственном порядке. Архитектура станции «Курская»-кольцевая не менее ярко и впечатляюще «прочитывается» и при движении из перронного зала наверх. В этом случае особенно хорошо воспринимается архитектура наземного вестибюля, а ансамбль в целом еще и еще раз демонстрирует свою целостность, торжественность и победоносную тональность.

В 1952 г. Захаров и Чернышева на конкурсе проектов панорамы Бородинской битвы снова получили первую премию. Панораму предлагалось расположить в ЦПКиО имени М. Горького на крутом берегу Москвы-реки (примерно напротив Академии имени М. В. Фрунзе). Мощная подпорная стена должна была укреплять склон и вместе с тем создавать ощущение непоколебимости и силы стоявших насмерть под Бородином русских полков. Скульптурное изображение М. И. Кутузова определяло центр композиции, открывавшейся с реки. Дорический ордер круглой колоннады был трактован в торжественных формах, напоминающих Московские ворота в Ленинграде работы архитектора В. Л. Стасова.

В 1954 г. Захарову и Чернышевой было поручено строительство павильона Белорусской ССР на ВСХВ, конкурс на проект которого они выиграли в 1948 г.

Широкое, спокойное по формам здание павильона представляло собой ступенчатую композицию, увенчанную женской скульптурой. Двойная колоннада и открытый дворик создавали пространственное богатство. Изобилие, мир, труд, олицетворявшиеся фигурой со снопом и другими скульптурами, стали лейтмотивом и архитектуры павильона, и яркого фриза за колоннадами, и росписи в лоджии, и всей экспозиции. Впоследствии павильон был перестроен по проекту Г. А. Захарова.

Постановлением ЦК КПСС и Совета Министров СССР в 1953 г. решено было создать «Пантеон — памятник вечной славы великих людей Советской страны». Место для строительства этого крупного мемориала было избрано на плоской площадке позади только что возведенного здания Московского государственного университета имени М. В. Ломоносова на Ленинских горах. К соревнованию были привлечены крупнейшие зодчие страны. Проект, предложенный Захаровым и Чернышевой при участии большой группы молодых архитекторов, отличался глубиной и символичностью замысла. В нем сказались результаты большого опыта руководителей группы в работе над мемориалами. Внешне проект Захарова и Чернышевой был похож на другие — то же центричное здание-ротонда, приподнятое над местностью, тот же пологий купол. Однако в их проекте ротонда была слита с холмом в единый организм.

Одновременно Захаров с группой молодежи работал над другим крупным градостроительным замыслом. Руководимой им мастерской была поручена застройка крупной магистрали север — юг, протяженностью почти в 5 км. От Москворецкого моста она шла по Ордынке, затем от Добрынинской площади (бывш. Серпуховская) по Люсиновской улице до Даниловской площади и далее к южной границе города. Таким образом, открывались возможности для создания градостроительной композиции, не уступающей по размаху Невскому проспекту.