Эстонцы, народ древней земледельческой культуры, определяли по созвездиям время начала полевых работ: когда Сито (Плеяды) и Цеп поднимались на определенную высоту, нужно было идти на молотьбу (о том, как сито стало созвездием, рассказывается в марийском мифе, о котором будет сказано ниже). Млечный путь эстонцы, как и другие финно-угры, именовали «Дорогой птиц». По ширине Млечного пути предсказывали, будет ли зима снежной, а урожай — обильным.

Скудные отрывочные сведения о пантеоне древних богов эстонцев можно почерпнуть в средневековых источниках. Древнее общефинское обозначение небесного божества — Юмал(а) — сохранилось у эстонцев как наименование небесных духов; так же именовались высшие существа у ливов, води, вепсов. Сохранились представления о юмал как о духах-покровителях: Маа юмал покровительствовал пахоте («Бог земли»), Террид юмал был «Богом зерна». Перед сенокосом приносили куриную лапку в жертву Вии юмал — «Богу воды» (или Ветэ-Эма — «матери воды»), чтобы он не намочил сена. Верили также в Коду юмал — «домовых богов», и даже Обесте юмал — «Бога лошадей». Возможно, язычники почитали богов в виде деревянных идолов — пуу юмал: изображение духа плодородия Пеко (о котором еще пойдет речь) именовалось Пеко юмал. Низшие духи именовались вайм: многочисленные верования связаны с лесными духами — метсаваймами и водяными — вееваймами. Тем же словом эстонцы обозначали и душу человека.

Главой пантеона считался небесный бог Уку, родственный карело-финскому Укко. У него были те же эпитеты — он именовался Ванатаат («Старый дед»), Ванаиса («Старый отец»), Тэватаат («Небесный дед»). Культ Уку, «деда» и «отца», был, соответственно, связан и с почитанием предков. Подобно прочим громовержцам (в том числе и литовскому Перкунасу), он поражал громом злых духов, которые могли спрятаться от него только в воде. Известны были и персонификации грома — Пикне, Пиккер, Эйке («Старший»), Тыу.

Как и в карело-финской мифологии, супругой небесного бога была Мать-Земля, Маа-Эма. Во время сева и грозового дождя («дождь Старшего»), по народным верованиям, она зачинала урожай. Эстонцы верили и в многочисленных духов — покровителей урожая. На юге Эстонии эти духи именовались «отцами» и «матерями» или «старшими» (вана), на севере — халдья, общим для эстонцев и финнов наименованием духов-хозяев. У ливов также существовали представления об отце и матери поля — нурмеезя и нурмеимя, у води — об отце и матери Земли — ма изянтет и ма эмянтет. Антропоморфным воплощением плодородия полей у эстонцев был Пеко. Особая хозяйка была и у травы: ее именовали муруейт («травяная старуха»).

Верили эстонцы (как и прочие финно-угры) и в других матерей стихий: таковы Мать воды Ветэ-Эма (и подводные девы — русалки веенейтси), Мать огня Туле-Эма, Мать ветра Туули-Эма, Мать бури Марум-Эма. Ветры, особенно вихрь, считались демоническими существами: у эстонцев-сету существовало поверье, что Бог превратил в вихрь чертова сына. Самая большая река Эстонии зовется Эмайыги — «Мать-река».

Хозяевами водной стихии и рыб, наряду с водяными вееваймами, у эстонцев были Кала-Тонт, Кала-Вайм («Дух рыб») и Кала-кунингас («Царь рыб»). Эстонский водяной царь наделялся чудесными способностями: он сам мог удить рыбу, сидя не в настоящей, а в каменной лодке (каменная лодка — атрибут бога-демиурга в мифах о творении), мог также настолько пленить волшебной музыкой, что зачарованные слушатели падали в море. Водяной имел вид человека, но во рту у него были рыбьи зубы.

Многочисленные водные духи особо почитались прибрежными жителями-ливами: отец и мать рыб, калаэзя и калаимя; мать, отец и дети моря — мериимя, миериезя, миериласт. У водных духов есть свой скот — чудесные голубые коровы. Духи довольствовались малыми приношениями — достаточно было оставить им мелкие серебряные монеты или просто поскоблить серебряный предмет.

Духи леса — эстонские метсаваймы и метсатонт — были покровителями лесных обитателей. У вепсов почитались мецижанд — хозяин леса (он представал иногда в облике великана метсихине) и веденижанд — хозяин поля, а также маижанд и маэмаг — хозяева земли; кроме того, водяной ведехине и Туржас (у карел — Турсас) — покровитель подводных стад. Лешему нужно было приносить в жертву первую долю собранных ягод, грибов, трав, дичи, пастухи же всегда считали первую задранную медведем корову или овцу жертвой хозяину леса.

Но более всего вепсы, почитали «хозяев» хлева — ведь скот был основой благополучия этого народа (таким же почитанием пользовались хлевные духи у карел, северных финнов, ижоры, води). Хозяина хлева представляли в виде старичка маленького роста — иногда у него была старушка-жена, дети; но часто он появлялся в хлеве в облике хтонических животных — лягушки, змеи, крысы. Закрывая скот на зиму в хлеву, хозяйка раскладывала по углам кусочки хлеба, завернутые в красные тряпицы (чтобы скот был краше) и приговаривала: «Хлевный хозяюшко, хлевная хозяюшка! Ешьте, пейте! Караульте наших пегих телят, черных коров!»

Домовые духи эстонцев, как и прочих народов, могли приносить добро в дом или вредить нерадивым хозяевам и насмешникам. Таковы эстонские муру-эйт, хозяин дома и двора, кратт (у финнов известен домовой кратти) и овинный тонт (карельский тоннту), а также духи очага или очагового огня — писухянд. Огонь наделялся очистительной силой: заболевший лихорадкой, которую представляли ведьмой, явившейся из Лапландии, должен был спрятаться в печь или перепрыгнуть через огонь. Почитанием пользовался и дух бани — саунатаат («банный дед»). Домовым духам следовало жертвовать первинки — первый глоток пива, первый кусок хлеба.

Духи умерших в поверьях эстонцев (как и в карело-финских мифах) обитали в подземной стране Манала или Тоонела, Хииела (напоминающей об общефинском обозначении культового места и кладбища — хийси). Воплощение смерти — Мана или Калм (Калма у финнов), дух преисподней мардус, чей голос (а также таинственный шум в доме, звуки прядения или пение сверчка) предвещал смерть (такие же поверья о маррасе есть у финнов). Опасен был и луупайнайа — дух умершего, насылающий смертельную болезнь. Все эти духи могли именоваться в эстонском фольклоре «патанами» — язычниками, ибо представления о них восходили к дохристианским временам. Вместе с тем считалось, что души предков возвращаются в свои дома в ноябре — месяце умерших (вспомним о карело-финском празднике кекри); для них готовили стол и топили баню.

Общим финно-угорским оказывается и миф о северном сиянии, сохранившийся в фольклоре Южной Эстонии: Вирмалайсет — это огненные духи или души умерших, сражающиеся духи. По северному сиянию предсказывали изменение погоды (холод, осадки), а также бедствия — войну, голод, особенно если сияние имело красный оттенок.

Против козней злых духов необходимы были заговоры и целительные средства. Самым волшебным из них — помогающим от всех болезней — считался так называемый «вороний камень». Его можно было добыть, если забраться в гнездо к ворону, вынуть ненасиженные яйца, сварить их и положить обратно. Ворон, чтобы оживить яйца, отправляется в дальние страны и приносит в гнездо чудесный камень. Тогда птенцы вылупляются из яиц. Надо дождаться, когда они оперятся, и забрать камень из гнезда.

Этот рассказ напоминает известный всему средневековому миру миф о чудесном камне шамир, которым в древности сам царь Соломон резал камни для строительства Иерусалимского храма. Храм следовало построить без применения железных инструментов, для чего и нужен был шамир. Слуга иерусалимского царя находит гнездо чудесной птицы (удода), которая улетела в поисках корма для своих птенцов, и накрывает это гнездо стеклом. Тогда птица приносит шамир, чтобы разрезать стекло, и волшебный камень достается царю Соломону.