Конечно, осада не всегда приводила к успеху. В 499 году до н.э. процветающий остров Наксос восстал против власти персов, но последовавшая за этим осада была снята через четыре месяца, поскольку у осажденных не было недостатка в припасах (Геродот 5.34). Видя успех Наксоса, Аристагор, низложенный правитель Милета, поднял другие греческие города на побережье Малой Азии на так называемое Ионийское восстание, которое длилось шесть лет. Он попросил помощи в Греции, но откликнулись только Афины и Эретрия. Они прислали пополнение в войско, которое осадило занятые персами Сарды в 498 году до н.э. (Геродот 5. 99–102). Однако Геродот отмечает, что им не только не удалось взять укрепленный акрополь, но даже поживиться за счет предместий не удалось, потому что дома там были крыты камышовыми крышами, которые легко воспламенялись, и весь город мгновенно был охвачен пламенем.

В том же году восстание перекинулось на Кипр, где персидское войско разбило объединенные силы киприотов в генеральном сражении, после чего персы начали осаждать города острова один за другим. Последним после пятимесячной осады пал город Солы — врагам удалось подкопать его стены (Геродот 5.115). В городе Палеапафосе (современная Куклия) археологические раскопки в 1950-х годах обнаружили большую осадную насыпь около северо-восточных ворот, заполняющую 12 футовый (3,7 м) защитный ров и поднимающуюся еще как минимум на 8 футов (2,5 м), вплотную к крепостной стене. При позднейшем восстановлении обороны города, через долгое время после осады, насыпь была превращена в выступающий вовне бастион, обнесенный укрепляющей стеной. Скорее всего, насыпь была значительно больше по всем параметрам, чем обнаруженные остатки, но сейчас уже невозможно точно определить ее размеры.

При создании насыпи персы, ведущие осаду, использовали все доступные материалы. Кроме земли, камней и бревен, в ней было найдено более 1000 фрагментов скульптур и архитектурных сооружений. Эти обломки, включающие статуи, алтари, фигуры сфинксов и львов, видимо, были взяты из некоего святилища, разоренного персами. Около 500 наконечников стрел и более 400 грубо отесанных метательных камней, найденных на этом месте, показывают, что работа велась под постоянным обстрелом защитников города. Кроме того, останки обгоревших костей среди материалов насыпи, а также найденный там бронзовый шлем и обломки железного шлема дают основание предположить, что могло иметь место и ожесточенное сражение.

Раскопки также дают картину сложных противоосадных действий горожан. Используя свой опыт по добыванию медной руды, защитники пытались разрушить персидскую насыпь, прорывая под ней большие ходы. Всего было прорыто пять подземных ходов, один из которых был крытой траншеей. Эта траншея 5 футов глубиной (1,5 м) проникала сквозь крепостную стену у самого подножия и тянулась еще на 40 футов (12 м), доходя до края оборонительного рва. Деревянные стойки, идущие по сторонам прохода шириной 6,5 фута (2 м), видимо, поддерживали дощатый потолок, а к концу траншеи потолок получал дополнительную поддержку за счет трех пилонов из необожженного кирпича, стоящих друг за другом посредине прохода. Остальные ходы начинались сразу в городской стене, уходя грубо вырубленными ступенями на восьмифутовую глубину (2,4 м), чтобы пройти под основанием стены, и шли около 66 футов (20 м), до рва. Выходя из глубины к заполненному обломками рву, копатели, без сомнения, начинали укреплять проход сверху и с боков досками. Ширина каждого подземного хода варьировалась от 3,5 до 5,5 фута (от 1,7 до 2,3 м). В стенах были сделаны ниши, чтобы ставить туда глиняные лампы. Выкапываемый грунт уносили в город и сваливали у устья каждого хода.

У концов первого и третьего ходов, как и у траншеи, археологи нашли остатки огромного бронзового котла, покореженного огнем и наполненного обугленным деревом и пеплом. Над каждым котлом образовался как бы свод конической формы, из породы, оплавленной жаром. Судя по всему, вместо того чтобы потихоньку вытаскивать материал насыпи через подземные ходы, горожане надеялись поджечь стенки и потолки проходов и вызвать неожиданное оседание насыпи. Ведущий раскопки археолог Франц Георг Майер предполагает, что целью этой операции было обрушить персидские башни, стоящие на насыпи. Но похоже, что в подкопах было слишком мало горючего материала, чтобы вызвать достаточные разрушения.

Ход № 2, самый восточный, остался неоконченным на длине 50 футов (15 м), явно после обрушения. Ходы 1 и 3 прямо из-под стены идут к оборонительному рву. Но западный ход (четвертый), идущий под городскими воротами, закругляется, смыкаясь в конце с боковым ответвлением третьего хода. Исследования показали, что в какой-то момент доступ к третьему ходу где-то в районе городской стены был полностью засыпан. Соответственно, родилось предположение, что четвертый ход прокопали для того, чтобы спасти рабочих, оказавшихся отрезанными в третьем ходе. Это подтверждает и то, что высота бокового хода на большом протяжении не превышала 2 футов (0,6 м), что говорит о чрезвычайности этой меры. Тем не менее нет уверенности, что ход 3 был заблокирован во время осады, а маленькие размеры хода 4 могут иметь другое объяснение. Возможно, он был сделан для того, чтобы обеспечить приток воздуха к костру в конце хода 3, и представляет лишь более искусный вариант первого подземного хода.

К несчастью, подкопы, видимо, не дали желаемого эффекта. Пожары не были достаточно велики, чтобы вызвать общее обрушение насыпи, и персы захватили город если не через стены, то через ворота, где раскопки выявили залежи наконечников стрел и копий, а также метательных камней. Геродот пишет, что «после года свободы киприоты опять были возвращены в рабство» (Геродот 5.116). Но на материковой части все еще оставались непокоренные города, и Ионическое восстание кончилось только с падением Милета в 494 году до н.э. Известно, что персы использовали здесь различные виды ведения осады, включая подкопы. Город был разграблен, а жители уведены в рабство в персидскую столицу Сузы (Геродот 6.6,18).