В марте 1919 г. Деникин счел целесообразным создать церковный центр на оккупированной им территории. Он распорядился созвать для этого церковный Собор. По его заданию протопресвитер Шавельский, возглавлявший военно-морское духовенство еще при царе, организовал созыв этого Собора в Ставрополе. Открытие Собора почтил своим присутствием и речью сам Деникин, поставивший перед церковниками задачу — «поднять меч духовный» против Советской власти. В ответных речах соборные отцы заверили его в том, что отдадут все свои силы для решения этой богоугодной задачи, а потом дружно спели белогвардейскому генералу «многая лета».

На основе решений ставропольского Собора деникинскими властями был принят ряд документов, которые должны были регулировать положение и деятельность церкви в России после того, как с божьей помощью будет свергнута в ней Советская власть. В одном их этих документов провозглашалось: «Первенствующая церковь в сих областях есть церковь русская, православная, возглавляемая святейшим патриархом Московским и всея России» ⁵⁵.

Функции церковных учреждений на оккупированных белогвардейцами территориях были разнообразны. Они заключались, прежде всего, в интенсивнейшей пропаганде, основным мотивом которой являлось освящение и оправдание антинародной войны, которую вела белогвардейщина. Нужно было разбойничьему делу придать видимость священного и богоугодного крестового похода. Пускался в ход весь театрально-действенный и декоративный арсенал, которым располагала церковь: торжественные молебны с многолетием очередному «спасителю Руси», крестные ходы, встречавшие белые войска после той или иной «победы», праздничный колокольный звон, постоянная демонстрация перед населением набожных чувств, обуревающих православное воинство и особенно его «вождей». Все это должно было быть направлено на возбуждение, разумеется, не религиозных, а контрреволюционных и антисоветских чувств. В том же направлении работали и проповедническая деятельность духовенства, и обильная духовно-политическая публицистика.

Духовенство в белогвардейском лагере не гнушалось и тем, чтобы с оружием в руках участвовать в боях против Красной Армии. В войсках белых были специальные подразделения, состоявшие из попов и монахов. У Колчака были так называемые Дружины Святого Креста, полки, которым были присвоены имена Иисуса, Богородицы, Ильи-пророка. Под Царицыном у белых была воинская часть («Полк Христа Спасителя»), состоявшая из одного только духовенства. Все же, конечно, главная задача, возлагавшаяся белогвардейщиной на церковь, состояла не в непосредственной боевой деятельности, а в функциях пропагандистски-идеологических.

Патриарх Тихон, как это было впоследствии документально доказано и как это фигурировало в обвинительном заключении по его судебному делу, находился в непосредственной связи со всеми церковными деятелями, состоявшими при белогвардейских штабах. Была организована настоящая конспиративная служба связи и оповещения: с Антонием Храповицким и архиепископом Митрофаном — через некоего оставшегося неизвестным «Федю», с архангельскими белогвардейцами — через архиепископа Нафанаила и протоиерея Лемохина. Антонию патриарх писал: «Теперь многие из нас бегут к вам, но вы к нам погодите…» Патриарх был связан конспиративными путями с английским консулом Оливером, французским агентом Рене-Маршаном, с такими подпольными организациями, как «Тактический центр», «Национальный центр» и др. Тихоновская церковь оказалась, таким образом, связующим центром многих белогвардейских и антисоветских сил, действовавших на территории России.

Вместе с этой подспудной и подпольной деятельностью патриархат вел в течение 1918–1919 гг. открытую борьбу с Советской властью, публикуя воззвания-протесты фактически против всех ее начинаний и установлений, осаждая правительство (особенно с момента его переезда в Москву в марте 1918 г.) непрестанными петициями, посещениями делегаций от Собора и от самой патриархии. Всячески тормозились мероприятия по реализации Декрета об отделении церкви от государства, руководству епархий и монастырей давались соответствующие указания на этот счет, особенно касавшиеся церковного и монастырского землевладения и вообще имущества ⁵⁶.

Постепенно затухала деятельность Поместного собора. Последняя его сессия была открыта 15 июня 1918 г. с явным расчетом на то, чтобы раздуть ведущуюся церковью борьбу против Советской власти и дать как белогвардейцам, так и антисоветским элементам в целом новый материал для их подрывной деятельности. Показательно в этом отношении наименование основного постановления, принятого этой сессией: «О мероприятиях к прекращению нестроений в церковной жизни» ⁵⁷. Обстановка была, однако, такова, что Собор оказался по существу бессильным, его декларации и воззвания не вызывали того резонанса, на который они рассчитывались. После того как большинство делегатов разъехалось по местам и примкнуло к тем или иным белогвардейским группировкам, на заседания Собора собиралось меньше ста человек. Бесперспективность дальнейших пустых разговоров стала ясной, и 7 сентября под предлогом «отсутствия средств» было вынесено решение прекратить его работу.

Возглавлявшаяся Тихоном патриаршая церковь переживала нелегкие времена. Поражения белогвардейцев на фронтах гражданской войны делали все более эфемерными надежды на реставрацию того строя, при котором церковь была государственной и господствующей. Национализация церковно-монастырских земель и прочих имуществ лишила ее тех колоссальных богатств, которыми она владела. А громадный моральный ущерб был нанесен ей развернувшейся в 1918–1920 гг. массовой кампанией вскрытия мощей ⁵⁸.

К 1921 г. накал борьбы тихоновской церкви против Советского государства постепенно ослабевал. Патриарший воззвания и другие церковные выступления становились по своему тону более сдержанными. Даже понятие социализма в них звучало уже не с таким оттенком безоговорочного осуждения, как это было раньше. Так, например, еще 31 января 1918 г. в своем выступлении на Соборе один из его главных идеологов, князь Г. Трубецкой, выражая надежду на то, что «после большевистской власти придет новая власть, которую мы можем признать», категорически утверждал, что «над всякой другой, нехристианской, социалистической властью мы должны поставить крест, нам невозможно наладить отношения с такой властью» ⁵⁹. А уже в 1919 г. патриарх почти гласно объявлял себя покровителем организованной за год до этого некоторыми членами Собора «Христианско-социалистической рабоче-крестьянской партии», признавая, таким образом, принципиальную возможность согласования христианской веры с социализмом, пусть даже только на словах.

В мае 1922 г. несколько человек во главе с Введенсским явились к находившемуся под домашним арестом в Троицком подворье в Москве патриарху Тихону и предъявили ему ряд претензий и требований. Патриарху было сказано, что его антисоветская политика завела церковь в тупик и поставила ее на край гибели. Визитеры потребовали от Тихона снятия с себя сана патриарха и передачи церковной власти другим людям, пока новый Поместный собор не определит окончательно, каков будет церковный режим в дальнейшем.

Положение Тихона и всей патриархии было к этому времени весьма сложным. Белогвардейская контрреволюция окончательно провалилась. Советская власть утвердилась прочно, и никаких надежд на ее ниспровержение, по меньшей мере в ближайшее время, питать не приходилось. Предстоял ряд судебных процессов, в которых руководящие церковные группировки как в центре, так и в ряде случаев на местах должны были нести ответственность за кровавые столкновения, спровоцированные ими в связи с изъятием церковных ценностей, и вообще за многочисленные акты контрреволюционной деятельности. В этих условиях Тихону приходилось определить свое отношение к установившемуся советскому строю в более лояльных формах, чем когда бы то ни было ранее. И особенно побуждала его к этому обстановка, сложившаяся в связи с Карловацким собором ноября — декабря 1921 г. и деятельностью созданной на этом Соборе белоэмигрантской церковной иерархии.