Союз Ивана III с наиболее консервативным крылом церковников вел к необходимости разрыва с еретиками и к началу их массовых преследований. До этого вопрос о борьбе с ересью жидовствующих в общецерковном масштабе стоял на Соборе 1490 г. ⁸³ Ересь была осуждена Собором, но в той части его решения, которая касалась конкретных наказаний для ее носителей, все выглядело необычайно мягко для тех времен. Хотя новгородский архиепископ Геннадий, ссылаясь на политику католической инквизиции, требовал беспощадных казней всех еретиков, было принято лишь общее проклятие в отношении ереси в целом, а отдельные ее носители были приговорены лишь к заточению, епитимьям, ссылке. Такой мягкостью жидовствующие были обязаны нестяжателям, которые, осуждая ересь в целом, все же видели в еретиках своих союзников в борьбе против церковного стяжания.

На Соборе 1504 г. были наконец приняты решения о беспощадном искоренении ереси. В соответствии с ними подверглись сожжению в клетке Иван-Волк Курицын (брат его, глава московских жидовствующих Федор Курицын, видимо, умер до этого), Дмитрий Коноплев, Иван Максимов; в Новгороде такая же расправа была учинена с более многочисленной группой еретиков, среди которых следует отметить архимандрита Кассиана и Некраса Рукавова; последнему в подлинно инквизиционном стиле перед сожжением вырвали язык ⁸⁴. Пронесшиеся по стране казни, анафемы и угрозы побудили многих приверженцев ереси покончить самоубийством. На время, как показали дальнейшие события, антицерковное движение было уничтожено.

Логика борьбы новгородских правящих кругов против притязаний московского великого князя привела их в свое время к выводу о том, что оный князь есть не кто иной, как Антихрист, а его существование и деятельность свидетельствуют о приближении последних времен. Приняв византийское летосчисление и 5508 год до рождества Христова за дату сотворения мира и считая, что вообще этому миру следует существовать 7000 лет (неделя — «тысяча лет, как день единый»), можно было подсчитать, что конец света должен наступить в 1492 г. Такой расчет подтверждался и тем, что пасхалии, разработанные византийской церковью, кончались именно этим годом: имелось в виду, что после конца света пасха праздноваться не будет. В своей оппозиции новгородскому феодальному режиму жидовствующие должны были выступить и против этого учения. Их проповедь поэтому была антиэсхатологической.

Если данная обличителями характеристика взглядов жидовствующих соответствует исторической действительности, то эти взгляды были реформационными в более радикальном плане, чем вероучение почти современных им протестантских систем Запада, и приближались к учениям плебейской ереси Томаса Мюнцера и других идеологов крайне левой Реформации. Социальная основа движения жидовствующих соответствует этой характеристике ⁸⁵.

После разгрома ереси жидовствующих внутрицерковная борьба между иосифлянами и нестяжателями возобновилась с новой силой. Занявший престол после смерти Ивана III в 1505 г. Василий III оказался перед теми же проблемами, что и его отец: нестяжатели сулили ему монастырские земли, а господствовавшая в церкви группировка иосифлян могла оказать неоценимую поддержку в политическом возвышении, в закреплении за великим князем статуса и титула царя (Василий III уже неоднократно пользовался этим титулом во внешнеполитических сношениях). До начала 30-х годов Василий III продолжал маневрировать между церковными группировками, опираясь то на ту, то на другую.

Вскоре развернулась литературная полемика между ними, длившаяся более двух десятилетий. С одной стороны, выступали глава направления Иосиф Волоцкий, митрополит Симон, его преемник митрополит Даниил, с другой — Нил Сорский, Вассиан Патрикеев, а также богослов и публицист Максим Грек⁸⁶. Одна сторона настаивала на том, что церковные земли и имущества принадлежат богу и что всякий, покушающийся на них, нанесет обиду не кому иному, как ему самому; делались также ссылки на то, что и византийская церковь владела недвижимым имуществом и что даже нечестивые татары не посягали на земли церквей и монастырей, указывалось на Константинов дар, по которому католическая церковь тоже владеет немалым достоянием. Другая сторона взывала к нормам монашеского аскетизма, требовала питания монашествующих плодами их собственного труда, апеллировала к евангельским идеалам бедности. Вопрос решался, конечно, не аргументацией и соображениями наибольшего благочестия, а соотношением сил при великокняжеском дворе. Несмотря на эпизодические колебания, оно в конечном счете сложилось в пользу иосифлян. Их противники — Вассиан, Артемий и Максим Грек подверглись монастырскому заключению, последний провел в нем около 26 лет. Собор 1531 г. решительно осудил нестяжательство. Проходивший в 1551 г. Стоглавый собор окончательно закрепил имущественное положение церкви в качестве величайшего помещика-крепостника феодальной России ⁸⁷. Это относится, однако, уже к царствованию Ивана IV Грозного, составившему новую страницу и в истории русской церкви.

Великие князья московские Иван III и Василий III сделали, кажется, все, чтобы полностью подчинить церковь сформировавшемуся самодержавному государству. Но после смерти Василия III борьба боярских группировок в детские годы Ивана IV создала для правящей верхушки церкви сложные проблемы и вместе с тем новые возможности влияния на государство.

Каждая из боровшихся группировок — Вельские, Глинские, Шуйские — опиралась на «собственные» церковные круги и старалась занять митрополичий престол своим кандидатом. С победой Шуйских над Бельскими был низложен митрополит Даниил и возведен в митрополиты Иоасаф. Но последний потом переметнулся к Вельским и в 1540 г. уговорил десятилетнего Ивана IV вернуть их к власти. В 1542 г. Шуйские подняли мятеж и свергли Вельских, а Иоасафа низложили и заточили в монастырь. Митрополитом был поставлен Макарий, оказавшийся достаточно гибким для того, чтобы уцелеть и после следующего переворота, совершенного Глинскими. Он приобрел большое влияние на великого князя и пользовался этим влиянием в течение некоторого времени после достижения последним совершеннолетия.

Именно Макарий провел в 1547 г. церемонию венчания на царство молодого Ивана IV по специально составленному им же сценарию («чину»), копировавшему в общих чертах церемониал коронации византийских императоров. Впервые великий князь московский официально получил статус «царя и великого князя всея Руси», что было узаконено и освящено церковью, непрестанно подчеркивавшей божественное происхождение царской власти. Одним из элементов чина венчания было Поучение митрополита царю; его главным мотивом было то, что царь должен помнить о божественной сущности своей власти. «Се отныне, — вещал митрополит, — от бога поставлен еси князь великий и боговенчанный царь правити хоругви и содержати скипетр… и венчан еси сим царским венцем по благодати св. духа и по милости пресвятыя богородицы… Слышите, царие, и разумейте, яко от бога дана бысть держава вам и сила от вышнего; вас бо господь бог в себе место избра на земли, и на свой престол вознес посади» ⁸⁸.

В соответствии с «Просветителем» Иосифа Волоцкого фактически получалось признание царей не кем иным, как земными богами. Удручающее впечатление производят эти исступленные панегирики, которые, кстати сказать, не иссякали и в последующие столетия вплоть до свержения самодержавия в 1917 г. Автор теории «третьего Рима» старец Филофей обращался к Василию III как «браздодержателю святых божиих престолов святой вселенской и апостольской церкви» ⁸⁹. Новгородский архиепископ Феодосий именует Ивана IV «вседержителем созданным, божественной властью осеняемым, богом почтенным, богом направляемым» ⁹⁰. Пользовавшийся одно время большим влиянием на молодого царя протопоп Сильвестр в послании к нему от 1549 г. писал: ты, царь, «предобр и умилителен всему…»⁹¹. Правда, в это время Иван IV не успел еще проявить себя на поприще доброты и умилительности, но уже продемонстрировал кое-какие образцы жестокости (в тринадцатилетнем возрасте он затравил собаками насмерть князя Андрея Шуйского).