Между тем время шло. Стараясь возместить ущерб, понесенный в результате поддержки белого движения, Франция начала прибирать к рукам русские корабли. П.Н. Врангелю и командованию эскадры деваться было некуда. Уже в 1921 году были переданы: плавмастерская «Кронштадт» и ледокол «Илья Муромец», получившие во французском флоте соответственно названия «Вулкан» и «Поллунс». Такая же судьба ожидала многие транспорты и вспомогательные суда. Их продавали иностранным судовладельцам. В соглашении, заключенном П.Н. Врангелем с французами, оговаривалось, что за счет продажи судов эмигранты, жившие в тяжелых условиях, будут получать дополнительные средства. Однако все это осталось на бумаге.

Советское правительство потребовало возвратить корабли, но взамен Франция выдвинула требование — выплатить долги царской России и белогвардейцев. На это Советский Союз, естественно, не пошел. Летом 1922 года отношение французских властей к Русской эскадре заметно ухудшилось. Для бюджета прежнего союзника содержание русской эскадры превратилось в неоправдываемое бремя. Французы потребовали снять с кораблей боезапас и существенно сократить экипажи. К концу года французские власти потребовали упразднить в Морском корпусе гардемаринские роты. Корпус, по существу, перешел на положение гимназии. После завершения общеобразовательного курса большинство кадетов занимало на эскадре матросские должности. Некоторые уезжали для продолжения учебы в высших учебных заведениях в другие страны. В 1925 году Морской корпус был закрыт вообще.

Происходили изменения и в самой русской колонии. После разрешения эмигрантам вернуться на родину часть из них в 1921 году возвратилась в Советский Союз. Пройдя через фильтрационные комиссии, многие из «возвращенцев» попали в тюрьмы и лагеря. Остававшиеся в колонии русские моряки и их семьи стремились всячески сохранить уклад своей жизни, но сделать это было нелегко. Устроившись на работу и получив паспорт, русский навсегда исключался из списка лиц, находившихся на иждивении французского правительства. Возвратиться в лагерь беженцев в случае потери работы он уже не мог. Численность колонии постепенно уменьшалась — русские рассеивались по всему миру.

Летом 1924 года Франция начала дипломатические переговоры с Советским Союзом. Завершились они в октябре того же года признанием СССР. К тому же Франция согласилась возвратить корабли, оставшиеся в Бизерте. Решение всех вопросов, связанных с их возвращением, Советское правительство возложило на одного из создателей Рабоче-Крестьянского Военно-Морского Флота, бывшего командующего всеми Морскими Силами Республики, особого порученца при председателе Реввоенсовета Республики Л.Д. Троцкого Е.А. Беренса, старшего брата контр-адмирала М.А. Беренса, командовавшего русской белогвардейской эскадрой в Бизерте. Что и говорить, революция и Гражданская война разделили не только страну и ее флот, но и многие семьи. Беренсы были одной из таких семей. Технические вопросы доставки кораблей поручались комиссии под председательством известного кораблестроителя академика А.Н. Крылова.

С признанием Францией СССР Русская эскадра в Бизерте прекратила свое существование. Корабли перешли в ведение французского командира Бизертской военно-морской базы. По распоряжению французских властей на всех кораблях были спущены Андреевские флаги и выставлены французские караулы. Как вспоминал очевидец «Не только у моряков, но и у всех русских людей дрогнуло сердце, когда 29 октября 1924 года в 17 часов 25 минут раздалась команда: «На флаг и гюйс», а спустя минуту — «Флаг и гюйс спустить».

Буквально на следующий день военно-морской префект Франции в Тунисе объявил, что его страна больше не оказывает русским никакой поддержки. В декабре 1924 года распоряжением Советского правительства «Начальником отряда судов Черноморского флота, находящихся в Бизерте», был назначен М.В. Викторов, а комиссаром — А. Мартынов. Вскоре в Бизерту прибыла техническая комиссия во главе с А.Н. Крыловым. Работы по осмотру кораблей и определению их пригодности к возвращению в Советский Союз продолжались до января 1925 года. В список кораблей, годных к возвращению, вошли: линкор «Генерал Алексеев», б эсминцев и 4 подводные лодки. Под палящим африканским солнцем остальные суда пришли в полную негодность, и их было предложено продать на металл. В Одессе для буксировки кораблей начали формировать отряд. Увы, возвратиться на родину кораблям так и было не суждено. Условием их возвращения французский сенат поставил требование — признание Советским правительством царских долгов. Москва, естественно, не согласилась.

В судьбе большинства кораблей была поставлена точка. Некоторые из них французы продали Италии, Греции, Мальте. Остальные — французским судоразделочным компаниям. С 1930 года корабли начали разбирать на металл.

Последним в 1936 году разрезали флагман — линкор «Генерал Алексеев», в прошлом «Воля», а еще в прошлом «Император Александр III». Так уж получилось, что в годы второй мировой войны стволы главного калибра линкора захватили немцы и включили их в систему береговой обороны, так называемого «Антлантического вала». На этом, по существу, и закончилась история некогда могущественной боевой группировки Черноморского флота, брошенной в Бизерте за тысячи миль от родной земли.

Незавидной была и судьба русской колонии. Многие русские уехали в другие страны. Большинство перебралось во Францию. Оставшиеся вынуждены были думать о средствах к существованию. Офицеров французы охотно брали на госслужбу в различные конторы, через которые управляли протекторатом Тунис. Другие подались работать на фермы, занялись земледелием, рыболовством, а то и просто устраивались рабочими и сторожами. Оставшаяся в Бизерте колония старалась жить сплоченно, по-русски. Большую роль в этом должна была сыграть церковь, которую и решили построить. Так, в 1939 году на далекой африканской земле появился храм Александра Невского. Предполагалось, что церковь, где хранились реликвии русской эскадры, станет местом поклонения будущих поколений русских моряков. Однако прошли годы, из жизни ушли почти все, кто ступил в далеком 1920 году на землю Туниса. Их потомки разъехались по всему свету, и храм опустел.

Постепенно о судьбе кораблей, покинувших Россию осенью 1920 года, забыли. В официальной советской истории вспоминать о русской эскадре в Бизерте было не принято. Только храм Александра Невского да разрушавшиеся могильные плиты на двух русских кладбищах напоминали о том, что когда-то здесь была целая русская колония, и не просто колония, а крупный отряд боевых кораблей Российского императорского флота.

О Бизерте вспомнили лишь в связи с 300-летием Российского флота. Севастопольское Морское собрание организовало Поход памяти. Из Севастополя в Тунис с почетной миссией в октябре 1996 года отправилась крейсерская яхта «Петр Великий». Через 72 года после спуска в Бизерте Андреевского флага здесь символически вновь был поднят русский военно-морской флаг. По инициативе общественных организаций и при поддержке посольства России в Тунисе началась «Миссия памяти в Бизер-те». В конце 1990-х годов привели в порядок часть русских кладбищ. По решению Святейшего патриарха Московского и всея Руси Алексия II в Тунис были направлены священники. В храме Александра Невского возобновилась служба. В 2001 году с визитом в Бизерту под флагом начальника штаба Черноморского флота прибыл флагман Черноморского флота ракетный крейсер «Москва». Моряки-черноморцы посетили исторические места, связанные с пребыванием здесь русских кораблей. В столице государства в городе Тунисе на кладбище Боржель состоялась церемония открытия мемориальной плиты на могиле последнего командующего Русской эскадрой контр-адмирала М.А. Беренса.