В 1500 году началась вторая московско–литовская война. Война эта, с перерывами, продолжалась до 1503 года. В этой войне в составе московских войск действовали большие соединения «легких» конных войск, состоявших из казаков и татар. С этого времени татарские войска начинают все время упоминаться наряду с казачьими. Казаки и татары составляли в частях московских войск легкую конницу, действовали всегда под командой одного начальника, но никогда в организации не сливавшиеся одни с другими.

Войны с Литвой окончились мирным договором на 6 лет в 1503 году. К владениям московского княжества по этому договору были присоединены 19 городов, 70 волостей, 22 городища и 13 сел. Границы на западе Московского государства были установлены на линии: Дорогобуж — Гомель — Чернигов.

В войнах на западе войска московского царя, в главной массе, состояли из ополчений; бояре, стоявшие во главе военных соединений, не проявляли военного. искусства, и артиллерия (собственного производства) была по качествам ниже литовской. Ручное огнестрельное оружие обеих сторон не могло еще состязаться с луком и арбалетом.

Царствование Иоанна III было временем выхода Руси из-под политического влияния монгольских ханов. Главным условием политической независимости была открывшаяся возможность иметь собственные вооруженные силы, организация которых была положена при Василии Темном и получила более прочную основу при Иоанне III. Основой вооруженных сил послужили казачьи войска, составлявшие главную массу вооруженных сил монгол Золотой Орды и при ее распаде хлынувших в пределы русских княжеств в поисках военной службы у русских князей и московского князя. С зарождением постоянных войск начинался быстрый рост. мощи московского княжества, внутреннее его объединение и расширение границ.

О количестве казаков, распылившихся после распада Золотой Орды, можно судить по историческим данным, относящимся к истории ее XIII-XV веков и по количеству боевого состава казаков в XVI веке.

По сведениям иностранных историков, в составе вооруженных сил монгол было примерно 450 тыс. христиан, т.е. русских, выведенных из русских княжеств, и включенного в состав Орды населения Приазовья и южных степей. Количество войск, которые выставлялись казаками для внешних войн в составе русских и литовских войск в XV-XVI веках — исторические источники показывают, что оно было, примерно 90-100 тысяч человек. Следовательно, казачья служилая масса в 350 тысяч, после распада Орды, с исторической сцены исчезла, т.е. распылилась, и большая ее часть была поглощена Русью и Литвой. Других стран для их поглощения не было и не могло быть, т. к. другими, окружающими их соседями, были азиатские народы, от зависимости которых казаки так же старались избавиться, как и весь русский народ. Эта высвободившаяся масса казаков и служила кадрами для формирования первоначально «городовых и служилых» казаков, царской охраны и «царского полка» и затем «пищалыциков, пушкарей», и, наконец, «стрелецких» полков.

Однако, наличие и количество постоянных войск не разрешало вопроса его качества. Культурная отсталость, косность русского народа, в течение 250 лет лишенного возможности свободного развития, служили тормозом для дальнейшего прогресса. Народ огрубел, и огрубление это сказывалось и на характере московских царей и на их окружении — князьях и боярстве.

Отношение царей к своему окружению и народу было исключительно жестоким, и жестокость эта не содействовала созданию элиты нации — в дворянском сословии не слыхали о рыцарском достоинстве, ответственности за свои действия и проявлении инициативы. Представители всех высших княжеских и боярских родов в отношении царя были «царские холопи», и эта холопская преданность выражалась в официальных сношениях с царем. В подписях ставилось «твой верный холоп, Ивашка», или ему подобное имя, но выражавшееся в «уничижительной» форме. Историками порядок этот объясняется временем, они пишут, что уничижительные «холопи» и «Ивашки» не служили показателем «холопского» положения в отношении царя и его окружения. В слагавшемся обществе, выходившем на путь независимого развития русской государственности, других отношений, кроме твердой, все подчиняющей своей воле власти, не могло быть. Тяжелый опыт татарского ига был наглядным примером тому, как отсутствие твердой, единой власти, привело Русь под гнет иноземных завоевателей. Дальнейшая раздробленность страны ничего, кроме бессилия и гибели, дать не могла. Поэтому, учитывая прошлое, при первых же представившихся возможностях, верховная власть должна была, прежде всего, избавить русские земли от княжеской вражды и междоусобиц, и, не считаясь со средствами, подчинить их своей воле. Не только твердой, но жестокой властью Русь могла справиться с стоявшими перед ней тяжелыми задачами, быстро расширять свои владения и выйти на историческую арену, как одно из крупных европейских государств, с которым соседи стали считаться уже в 15 веке. Развитие военного искусства зависело еще и от других причин. Ввиду усилившегося перехода удельных князей на службу Москвы в 1475 году боярские роды были занесены в «государственный родословец» — в «разрядную книгу». «Холопи», несмотря на «уничижительное» своё положение в отношении царя строго держались своего родового старшинства, и ни при каких обстоятельствах не могли поступиться своим «местом», не только на иерархической лестнице царской службы, но и на общих собраниях. Быть посаженным «ниже», то есть дальше от царя, по отношению стоявшему ниже по роду, считалось не только личным оскорблением, но и оскорблением или унижением всего рода, представителем которого данное лицо являлось. «Местничество» составляло одно из непреодолимых зол древней Руси, с которым властные цари были бессильны справиться и принуждены были мириться до второй половины 17 века. Зло это тормозило нормальное развитие государственного и военного управления. Старший по роду и неспособный по качествам, по праву старшинства занимал высшее положение и ни в коем случае не мог стать в подчинение ниже его стоявшему, что и служило тормозом в управлении государства и приводило армию к поражениям.

С развитием вооруженных сил Московского государства развивались и административные учреждения, возникли иноземный, посольский, стрелецкий и другие Приказы, ведавшие различными отделами государства. В стрелецком Приказе находились дела, касавшиеся стрелецких войск и войск боярских детей; в Посольском были дела, касавшиеся казачьих войск.

Такова была роль казаков в организации «постоянных» войск Московского государства, содействовавших его мощи, опираясь на которые Русь, выйдя из-под татарского ига, быстро превращалась в сильное, независимое царство. По всей стране были установлены, по образцу Золотой Орды, ямщицкие линии, которые Иоанн III завещал поддерживать своему сыну.

На юго–восточных границах Московского государства расположились поселения «независимых» казаков, устроившихся на своих прежних местах и начинавших новую жизнь и новую историю.

Итак, казачество сумело сохраниться при крушении Великой Империи монгол. Оно вступало в новую эпоху, не предполагая, какую значительную роль предстоит им сыграть в будущей истории Московского государства.

Царь Иоанн III умер в 1505 году и трон московского царства занял его сын, Василий III.

Казаки, уйдя с границ рязанского и других русских княжеств и устроившись на своих прежних местах, в пределах Хопра и Медведицы, стали очищать земли от ногайских орд, кочевавших между Волгой и Доном до устья Хопра. Части ногайской орды, кочевавшие в этих местах, быстро были оттеснены в низовья Волги, ища спасения в переправе на восточный ее берег, но астраханский хан преградил им путь и не позволил переправу этим наиболее диким ордам в пределы своих владений. Стиснутые с двух сторон, ногайцы были частью уничтожены, оставшиеся бежали в пределы Северного Кавказа. Пределы «Червленого Яра» и среднее течение Дона казаками были очищены от кочевников и части «верхового казачества» зорко стали охранять эти земли от кочевников Астраханского ханства и Большой ногайской орды, кочевавшей в восточной стороне низовьев Волги, на землях, соприкасавшихся с владениями астраханского хана, не признавая его власти.