К половине 15 века казачье население в Золотой Орде совершенно исчезает, и в 1460 году Сарско–По–донская епархия прекратила свое существование, и из Сарая была приведена в Москву.

В 1462 году умер великий князь Василий Васильевич Темный и на престол московского княжества вступил его сын Иоанн III.

Вступая на престол московского княжества, князь Иоанн имел уже в своем распоряжении прочную государственную базу, на которую он мог опираться во внутренних делах и во внешней политике. В его распоряжении имелись вооруженные силы и он имел право на их дальнейшее развитие. При вступлении на Престол Иоанн не ездил в ханскую Ставку за получением княжеского ярлыка, и на требование ханов явиться на поклон — никогда не являлся, а в необходимых случаях вместо себя посылал своих посланцев.

После того, как Сарайско–Подонская епархия оставила Сарай, была переведена в Москву, и ее епископ Вассиан учредил свою кафедру в Крутицах при храме Петра и Павла, построенном в 1272 году первым московским князем Даниилом Димитриевичем, Золотая Орда уже не имела в своем подчинении ни казачьего войска, ни русского населения, служившего во всех отраслях труда рабочей силой. Золотая Орда, как военная держава, была совершенно обессилена и превратилась в категорию многочисленных улусных азиатских владений. Связь с ханами Орды со стороны московского князя продолжалась в силу исторической инерции и осторожности московского князя, каковым был Иоанн III.

Организация постоянных вооруженных сил при Иоанне III продолжалась и принимались меры к улучшению их вооружения. В непосредственном подчинении князя Иоанна состоял отряд донских казаков с их атаманом, которые принимали участие в походах московских войск.

В Москве была устроена «пушечная изба» для выделки огнестрельного оружия и пороха. Для сношения с иностранными народами существовал «Иноземный Приказ», что показывало на то, что Русь находилась в положении независимой в иностранной политике.

Окружавшие московские владения азиатские орды были еще страшны для Москвы, но с крымскими ханами, со времени Василия Темного, Москва находилась в дружественных отношениях и поддерживала хана Девлет-Гирея в его борьбе против хана Золотой Орды. Со стороны литовского княжества, после смерти Витовта, напор на русские земли ослабел, и Иоанн Васильевич мог перейти сам к более решительной политике в отношении западных провинций: Новгорода и Пскова.

Количество вооруженных сил, которыми располагал московский князь определить не представляется возможным, и можно судить лишь по результатам. Бесспорно, силы его превосходили силы соседних с Москвой княжеств, почему ему так легко удавалось подчинять под свою власть те княжества, с которыми борьба велась безуспешно его предшественниками в течение столетий. Тверь, Рязань вошли в состав московского княжества, ярославский и ростовский князья принесли присягу на верность службы московскому князю.

В 1467 году князь Иоанн предпринял поход на Казань. В составе войск был отряд казаков под начальством их атамана Ивана Руды. Подойдя к Казани, Иван Руда был избран главным воеводой. Князь в военном отношении был человек нерешительный и не решался на штурм города. Руда с казаками бросился на штурм, захватил Казань и увлек за собой большую часть московских войск. Захвачено было много пленных и добычи, и казаки и войска благополучно возвратились. Решительные действия казачьего атамана, сопровождавшиеся успехом, не получили же только благодарности князя, но навлекли на атамана княжескую опалу. Случай похода на Казань показывает, насколько московское княжество успело усилиться за сравнительно короткий срок после пережитой катастрофы князя Василия Темного и его пленения казанскими ордами. Литовский князь Сигизмунд вел переговоры с ханом Золотой Орды, Ахметом, склоняя его к совместным действиям против московского князя, но успеха не имел, и, наоборот, Иоанну через своего посла удалось установить с ханом торговые отношения, и в 1474 году к московским границам с московским послом и послом хана Ахмета, Каракучуком, пришли орды в 600 татар и 3200 купцов, приведших 40 тысяч лошадей для продажи. Для переговоров с ханом Золотой Орды князем Иоанном был отправлен посол Бестужев.

В личной жизни князя Иоанна III, в скором времени после его вступления на престол, произошло важное событие, имевшее влияние и на историю московского княжества. Князь Иоанн вскоре овдовел. После захвата турками Константинополя брат погибшего Императора Византии, Константина Палеолога, — Фома с семейством бежал в Рим, где и умер, оставив на попечение папы своих детей, в числе которых была его дочь, София Палеолог. Папа решил выдать византийскую принцессу за московского князя, и в 1471 году София с приближенными прибыла в Москву, где и состоялось бракосочетание. Родственная связь с византийским Императором дала основание царю Иоанну III считать себя их преемником, он принял титул царя Всея Руси и московским гербом был принят двуглавый орел. Московское княжество превращалось из монгольского улуса в московское царство и становилось известным для соседей Запада.

В 1487 году германский путешественник Николай Поппель побывал в Москве «, возвратись в Германию, на съезде князей, в Нюренберге, рассказывал, что московское государство является одним из самых могущественных в Европе. В 1489 году Николай Поппель прибыл в Москву в качестве посла своего Императора, Максимилиана.

Но при появлении в Москве ханских послов, для встречи которых, по установленному обычаю, московский князь должен был выходить, кланяться им, подносить кубок с кумысом и выслушивать ханскую грамоту, стоя на коленях. По сведениям русских летописцев, царь Иоанн в 1475 году. послушался княгиню Софию и не вышел навстречу ордынским послам. Правда, Иоанн «осторожно» решился на такой решительный шаг, и не вышел им навстречу, сказавшись больным. История «топтания ханской басмы» является результатом позднейших вымыслов. Оскорбленный нарушенным обычаем, что московский князь не вышел навстречу ханским послам, хан Золотой Орды выступил с войсками против него и в 1480 году приблизился к Дону. Нерешительность Иоанна III была настолько велика, что он решился выступить с войсками против Ахмета только под настойчивым требованием Крутицкого епископа Вассиана, не так давно переселившегося в Москву из Сарая. Княгиня Софья с казной была отправлена из Москвы в Белоозеро. Выехав с войсками, Иоанн III отправил к хану посла Ивана Товаркова с дарами и просьбой, чтобы хан отвел войска и не разорял московских земель. Хан требовал, чтобы князь явился к нему сам и ответил послу: «Жалую Ивана, пусть сам придет бить челом, как отцы его к нашим отцам ездили в Орду». Иоанн, однако, не только сам не поехал, но не послал и сына. Осторожность царя Иоанна во многих случаях оправдывалась результатами. Хан не решился вступить в бой с московским князем, потому что исход боя вызывал большие сомнения — перевес сил был явно на стороне московского княжества. Хан отвел войска от московских границ, пограбил земли литовского княжества, остановился с награбленной добычей на Северном Донце, где и подвергся нападению ногайского хана Ивана, в составе войск которого было 16000 казаков. В этом бою Ахмет был убит.

В 1475 году в Крыму произошли события, резко изменившие общее политическое положение на всем юго–востоке Европы. При взятии турками в 1454 году Константинополя генуэзские торговцы, имевшие торговые фактории в Таврии, чтобы оказать помощь Византии, послали флот на помощь византийцам. Султан Магомет, чтобы наказать генуэзцев, в 1475 году послал в Таврию войска под начальством визиря. Таврия была взята турками, и генуэзцы были подвергнуты жестокому избиению. Оставшаяся от резни часть генуэзцев была забрана в плен и отправлена в Турцию для заселения пустынных мест, а около двух тысяч — на Кавказ.

Таврия перешла во владение Турции. Оставался пока не занятым Азов, столица Азовских казаков.