Принятие мусульманства официальной религией не отразилось на отношениях к христианам и, наоборот, церковной иерархии христиан была придана более правильная организация. В 1261 году в Ставке хана Золотой Орды, была открыта епархия, во главе которой был поставлен епископ.

Митрополит Всея Руси пользовался под властью монгол известной свободой. Перенеся митрополию в Киев, Митрополит Кирилл ездил в Константинополь и присутствовал при открытии Епархии в Сарае. Некоторые историки приписывают основание епархии исключительно его заботам. Бесспорно, что это событие произошло не без его участия. Но церковная организация входила также и в планы ханов Золотой Орды. В управлении христианской страной монголы отдавали явное предпочтение церковной, а не княжеской власти. Митрополит Кирилл присутствовал при открытии Сарайской Епархии, епископом ее был назначен Митрофан и Епархия получила название Сарайской и Подонской.

Христианская Епархия в Крыму и Приазовье существовала с первых веков христианства и центрами ее были города Сурож и Танаис. Теперь центр этих Епархий был перенесен в Сарай, и все население, находившееся в пределах степной полосы, Приазовья и Северного Кавказа, вошло под власть ее Епископа. Основание Епархии в Сарае имело важное значение для русского населения, расселенного между кочевыми народами. Во-первых, власть Епископа объединяла народ, и связывала его с общей церковной организацией всей Руси, так как Епископ был подчинен митрополиту всея Руси. Кроме того, церковная организация пробуждала в народе сознание единства, он являлся уже не безличной массой, рассеянной среди кочевых племен, а народом, общественно организованным, со своей территорией и объединяющей их церковной властью. Под властью монгол церковная организация имела довольно сложную иерархию: кроме Митрополита и епископов, имелись: духовный судья, книжник, законоведец, наставник, настоятель, отшельник, выдатель метрик и благочинный. После открытия Епархии повсюду стали строиться храмы, монастыри, ставилось духовенство, налаживалась Церковная жизнь.

В восстановленном Танаисе поднялись из руин храмы Николая Угодника и Иоанна Предтечи. Во вновь возникшем городке Сиротинске были построены храм и монастырь; строились соборы и во всех Других местах расселения христианского населения: на Гребне, Яике и главным образом в пределах Червленого Яра, по Хопру, Медведице и Вороне. Роль епископа, поставленного в Сарае, имела значение не только для подвластного ему народа, но и для Митрополита и московских князей. Находясь в Ставке хана, Епископ находился в постоянной связи с местными властями и мог служить советником и посредником между монгольскими властями, Митрополитом и русскими князьями, приезжавшими в Ставку по своим делам. Сарайский Епископ стал приобретать еще большее значение после того, как русские князья стали пользоваться в спорных княжеских делах войсками из русского населения, которые давались князьям монголами для борьбы с их противниками. Русские князья своих вооруженных сил иметь не могли, но могли пользоваться войсками монгол. Русские князья в общей государственной организации не могли себя выделять из состава Золотой Орды, и почему вооруженные силы для них могли считаться только те, которые находились под властью ханов. Эти войска, большая часть которых пополнялась русским населением, среди русского народа получили название «низовых войск». Записи» русских летописцев после нашествия монгол продолжались, хотя и очень кратко, в Новгороде. И запись того, что в 1257 году в Новгороде с наказом от татар прибыл Пашененич, с угрозой: «Аще не дадите тагмы, то «низовые полки» уже готовы», показывает на то, что монголы с первых времен своего господства, применяли русские полки против русского народа.

Границами на юге между улусами Золотой Орды и Ирана были Северный Кавказ и долина Азербайджана. Долина эта, исключительно богатая пастбищами для скота, и на нее имели претензии ханы того и другого улусов. До назначения ханом Иранского улуса, Хулагу, долина эта находилась во владении ханов Золотой Орды, там постоянно были их войска. Хан Хулагу изгнал войска Золотой Орды и занял Азербайджан, между улусами начиналась открытая война. В 1261 году Берке на линии Терека сосредоточил 350000 войска. Хулагу выставил против Берке 300000 армию. Описание сражения, происшедшего между войсками Берке и Хулагу, оставлены итальянским путешественником Марко Поло. По его описанию, «Войска обеих сторон встретились в Ширванской долине. Воины той и другой стороны были разделены на отдельные отряды, или темы, по 10 000 человек. Войско Хулагу было разделено на 30 тем, Берке — на 35.» Войска Берке состояли в большей части из русских с их воеводами, под общим начальством темников -монгол. (Бартольд. «Изучение Востока Европы и России». Изд. 1925 года).

«После распределения войск в боевые отряды, войска начали сближаться. Когда передовые части сошлись на полмилю, то снова остановились и, стоя в полумиле, высматривали друг друга. Для сражения 850 000 войск, — пишет Марко Поло, — нужна была славная и большая долина. Местом встречи монгольских войск была самая лучшая часть равнины, где такое множество всадников могло сражаться. Передовые части после остановки, двинулись вперед и остановились на расстоянии двух выстрелов, ожидая «накар» или звуки накара, извещавшего начало боя. Как только раздались звуки накара, всадники обеих сторон бросились друг на друга. Первоначально бой велся стрельбой из луков, от полета стрел которых не было видно неба. Когда же стрел не осталось в колчанах, всадники схватились за мечи и палицы и началась рукопашная битва «злая и жестокая». Видно было, как отсекались руки и головы, валялись на земле кони и мертвые люди. Народу погибло с той и другой стороны много. Войска Берке дрогнули и побежали. Преследуя противника, войска Хулагу переправились через Терек и заняли лагерь Берке. Захватив лагерь, войска Хулагу занялись грабежом. Но во время грабежа, войска Берке оправились, перешли в наступление и нанесли поражение войскам Хулагу — те бросились бежать через Терек, под ними провалился лед и множество воинов утонуло».

Несмотря на тяжелое поражение, понесенное войсками Хулагу, Азербайджан остался во владении Иранского улуса, и война за него продолжалась еще долгое время.

После сражения, происшедшего на р. Тере, хан Хулагу приказал все товары и торговые склады Берке, находившиеся в Иранском улусе, уничтожить, — такое же приказание отдал и Берке в отношении торговых складов, находившихся в пределах Золотой Орды. Торговые сношения между Золотой Ордой и; Малой Азией и Кавказом были прекращены.

В 1262 году князь Александр Невский был вызван в ставку хана Берке. Он ходатайствовал об облегчении участи русского народа и просил передать право сбора дани русскому князю. Просьба его успеха не имела, и он, прожив в ставке год, на обратном пути заболел и умер 14 ноября 1263 года, в Городце. По сведениям современников, он был отравлен по приказанию Берке.

Войны между улусами Золотой Орды и иранским улусом продолжались. Для Берке в этой войне нужна была помощь Египта. Но Египет был отделен от Золотой Орды Черным морем и Византией. Византийский император Михаил после распада латинского королевства возвратился из Никеи и восстановил свою столицу в Константинополе. Он, как и другие князья христианских народов, состоял в союзе с ханом Хулагу и не мог допустить не только военной помощи мусульман Египта, но и не пропускал их послов. На требование султана о пропуске послов император отвечал: «Земля моя далека от страны султана, но близка к землям хана Хулагу, который услышав, что я позволил послам египетского царя отправиться к царю Берке, заподозрит меня в нарушении мира между мною и им и поспешит ограбить мои земли». Мирные отношения с ханом Хулагу привели Византию к войне с ханом Золотой Орды. Хан Берке заключил союз с болгарским царем Тихом и начал совместную войну против Византии. Войска Золотой Орды были направлены за Дунай на соединение с войсками болгарского царя. Начальником войск Золотой Орды был назначен Ногай, ставший ханом улуса Таврии после смерти деда его, Тевкала, и начинавший приобретать среди ханов влияние. Война Золотой Орды в союзе с Болгарией окончилась удачей, войска императора потерпели поражение, и он должен был отказаться от союза с Хулагу и примкнуть к Золотой Орде и Египту. Чтобы привлечь на свою сторону влиятельного военачальника Золотой Орды, император Михаил предложил Ногаю в жены свою незаконную дочь Ефросинью. Установившиеся дружеские отношения с ханом Золотой Орды и Ногаем служили гарантией нейтралитета Византии. Войны с ханом иранского улуса продолжались. В 1265 году умер хан Хулагу и место его занял его сын Абага–Хан. Хан Берке решил использовать этот момент и в 1266 году под личным руководством, двинул войска в сторону Азербайджана. Относительно этого похода подробностей современниками не оставлено, известно только то, что между войсками Берке и Абага–Хана произошло сильное сражение, в котором войска Берке были разбиты и сам Берке убит. Пограничной линией между улусами навсегда осталась линия Азербайджана.