Приехав в Адъяр, Елене Петровне хотелось только одного — дать бой клеветникам, подать на них в суд, защитить свое имя. И надо сказать, что в той критической ситуации требовались решительные и согласованные действия руководителей Теософского общества, требовалось единство в этом направлении, т. е. в привлечении клеветников к ответу в суде, но увы… Ближайшие сотрудники проявили откровенное малодушие; полковник Олькотт, президент Общества, упорно отговаривал ее судиться, он попросту отказался поддержать ее в суде, и другие теософы заняли такую же позицию, надеясь, что скандал как-то уляжется сам. Скандал, конечно, со временем затих, но пятно со своей репутации Елене Петровне без поддержки сотрудников смыть не удалось.

В середине января 1885 года обострилась хроническая болезнь Елены Петровны, после нескольких недель болезни она впала в кому, оказавшись на самом краю смерти. Врачи были бессильны, а сотрудники начали готовиться к траурным мероприятиям. Далее, как вспоминает ухаживавшая за Еленой Петровной Купер-Оукли: "Внезапно на веранде возник полностью материализовавшийся Учитель М. Он быстро пересек проходную комнату и вошел в покои Е.П.Б. Между тем, сидевшие в соседней комнате вышли… По выздоровлении Е.П.Б. поведала ближайшим друзьям, что к ней пришел Учитель и предложил выбор: с миром умереть сейчас, и на этом ее мученичество окончится, или жить еще несколько лет ради (написания) "Тайной Доктрины". После чудесного выздоровления Елена Петровна направила в Генеральный совет Теософского общества заявление об отставке: "Господа, я вынуждена снова подать прошение об отставке, уже поданное мною 27 сентября 1884 года и отозванное по настоятельным просьбам и ходатайствам друзей из Общества. Мою нынешнюю болезнь врачи признали смертельной; мне не обещают и года жизни. В этих обстоятельствах было бы нелепо оставаться на посту секретаря-корреспондента, и я настоятельно прошу позволить мне уйти в отставку. Я хочу посвятить немногие оставшиеся мне дни иным мыслям и быть свободной на случай возможной смены климата, если сочтут, что это будет мне на пользу.

Говорю всем вам, и каждому из моих друзей и единомышленников, свое любящее "прощай". Если случится так, что это будет моим последним словом, я заклинаю вас всех, во имя блага человечества и ради вашей собственной кармы, хранить верность Обществу и не позволить врагу разрушить его. Братски и навек ваша — в жизни и смерти. Е.П. Блаватская".

На вопросы соратников о возможности предупредить предательство Куломбов она ответила: "Разве Учитель не предоставил мне право выбора: следовать заповедям Владыки Будды, который велит нам накормить даже змею, умирающую от голода, презрев страх, что она может укусить кормящую ее руку, или же принять карму, которая неизменно карает того, кто отворачивается при виде греха и нищеты и не озаботится помочь грешнику или страдальцу".

Несколько месяцев спустя Елена Петровна написала в Россию письмо, где обрисовала ситуацию с отъездом из Индии: "Это известно всей Индии; все знают, насколько меня страшились и как ненавидели многие — почти все англо-индийцы, и какой существует огромный против нашего общества заговор между европейцами в Индии и даже в Америке и Англии. "Не мытьем, так катаньем". Не находя предлога разрушить приносящее пользу общество, в котором, к тому же, очень много самых известных англичан, наши "доброжелатели" вздумали убить его, убив, если не меня, то мою репутацию. Дошло до того, что пожелали даже представить все Теософическое Общество, организованное полковником Олькоттом и мною, не чем иным, как водевилем с переодеваниями и ширмой, за которой скрываются мои планы и действия "русской шпионки". Такое мнение высказал, между прочим, публично, за обедом у м-ра Гарстина, одного из выдающихся сановников правительства в Мадрасе, член Лондонского общества для психических исследований. Это произвело страшную бурю. Знающие люди убедили тогда моих друзей в Адьяре (главная квартира Теософического Общества), что в данное время мое положение далеко не безопасно, как русской, пользующейся известным влиянием среди индусов, и что мне угрожал, невзирая на мою болезнь, арест.

Члены Теософского общества. Адъяр. 1880-е гг.

Таким образом, не объяснив мне даже хорошенько, в чем дело, эти перепугавшиеся за меня друзья решили, по совету доктора, который грозил им, что такой арест был бы для меня в то время смертью, отправить меня, не медля ни одного дня, в Европу. Прямо с постели, полумертвую, меня перенесли поздно вечером в кресле на французский пароход, где я была в безопасности от врагов, и отправили в сопровождении доктора Хартмана, моего секретаря-индуса и преданной мне молодой англичанки, в Неаполь. Только придя уже несколько в себя, за островом Цейлоном, я узнала, в чем дело. Не будь я так больна, в то время даже и опасность ареста не заставила бы меня покинуть Индию".

В конце марта на корабле "Тибр", плывущем из Бомбея в Неаполь, Елена Петровна в сопровождении Мэри Флинн, индуса-чела Баваджи и Франца Гартмана возвращается в Европу. Ей больше было не суждено увидеть Индию, страну, для блага которой она столько сделала: и возрождение санскритской литературы, и старания примирить религию с наукой, и пролитие света на потустороннюю судьбу человека, и соединение различных индусских каст в одно братское чувство взаимной симпатии, и верную передачу арийской Мудрости, которая подвергалась таким искажениям со стороны европейцев.

После приезда из Индии в Европу Елене Петровне потребовалось более трех месяцев, чтобы восстановить силы и оправиться от пережитых волнений. Жила она в уединении в маленьком городке Торо-дель-Греко близ Неаполя. Затем по совету Махатмы Кут Хуми Елена Петровна переезжает в Северную Баварию, в Вюрцбург, маленький городок в Германии, неподалеку от Гейдельберга и Нюрнберга. Из Вюрцбурга она писала Синнетту: "Я смогу сделать гораздо больше для нашего движения, оставаясь в тени, чем если снова буду на виду у всех. Дайте мне укрыться в глухих местах и писать, писать, писать — и учить тех, кто хочет учиться. Учитель вернул меня к жизни, так уж позвольте мне жить и умереть относительно спокойно".

Писать текст "Тайной Доктрины" Елена Петровна начала еще на корабле по пути в Европу, затем продолжила в Вюрцбурге. "На эту работу, — как писала Е.Ф. Писарева, — она смотрела как на главное дело своей жизни. Она была уверена, что человечество подошло к нравственному кризису, что все усиливавшийся материализм мог закристаллизовать сознание в такой степени, что возврат к духовности становился бы все труднее и труднее. Нужно было помочь ему, пробить окно в духовный мир, раскрыть перед людьми невидимые для них дали".

Первые месяцы в Вюрцбурге Елена Петровна была вынуждена жить в одиночестве, хотя и очень нуждалась в помощи. Через некоторое время такая помощь пришла в лице Констанс Вахмейстер, вдовы шведского посланника в Лондоне, осенью 1885 года переехавшей к Блаватской в Вюрцбург.

В декабре 1885 года был опубликован отчет Общества психических исследований, который был составлен Р. Ходжсонон, экспертом Общества, около года занимавшегося расследованием дела Куломбов. В этом отчете, заверенном руководством Ходжсона, Елена Петровна обвинялась в мошенничестве, в поддельности всех необычайных явлений, феноменов, происходивших в Адъяре, в поддельности писем Махатм и, вдобавок ко всему, по тогдашнему русофобскому обычаю англичан, в преследовании интересов российского правительства в Индии, т. е. в шпионаже в пользу России.