Особую тревогу коренного населения вызывал значительный наплыв русскоязычной рабочей силы на промышленные стройки в Прибалтике. По данным переписи населения 1959 г., доля коренной национальности в Литве составляла 79,3 %, в Эстонии — 74,6 %, в Латвии — 62 %. Особенно много инонационального населения было в крупных городах. Лиц коренной национальности в Риге насчитывалось около 44,7 %, в Вильнюсе — 33,6 %. Возникшую острую жилищную проблему местным националистам представлялось «легко решить, если выгнать всех русских». Чтобы избежать потери Ригой своего национального облика, горком партии принял решение, предписывающее нелатышам изучить в течение двух лет латышский язык; не усвоивших его освобождать от работы с предложением покинуть республику. Решение вводило ограничение прописки нелатышей в городе. В апреле 1959 г. ЦК КП Латвии принял аналогичное решение, распространяющееся на республику в целом. Подобные решения созревали и в Таллинском райисполкоме.
В письмах, поступающих в ЦК КПСС из республик Прибалтики, сообщалось о проявлениях неприязненного отношения со стороны коренного населения к русским в автобусах, магазинах и других общественных местах. А решением ЦК КП Азербайджана в июне 1958 г. предписывалось, что все граждане республики — неазербайджанцы — обязаны в течение полугода выучить и сдать письменный и устный экзамен по азербайджанскому языку. Не выдержавшие его подлежали освобождению от работы. Вскоре, однако, эти решения были отменены, а первые секретари компартий республик Я. Э. Калнберзиныи и И. Д. Мустафаев сняты со своих постов.
Негативное отношение к русскоязычному населению в Прибалтике формировалось еще из-за того, что большинство работников милиции состояло из лиц некоренной национальности. Это создавало зримый образ «оккупанта» в лице русскоязычного населения. Действенность советской пропаганды в Прибалтике была невелика. Благодаря незнанию языка русскими представителями власти радиовещание на национальных языках практически вело постоянную антисоветскую пропаганду. Еще эффективнее была работа западных радиостанций и обширная переписка с зарубежными соотечественниками.
Усилением идеологической работы и организационными мерами союзное и республиканское партийное руководство стремилось не допустить разрастания националистических настроений. Июньский пленум ЦК КП Латвии (1959) квалифицировал как проявление национализма предложения ряда руководящих работников Латвии увеличить капиталовложения в легкую промышленность вместо строительства в республике крупных промышленных объектов, намеченного семилетним планом. В октябре 1959 г. ряд министров был снят с работы за предложения не развивать в Латвии тяжелую индустрию, которая требовала импорта рабочей силы. Принятые под нажимом Москвы меры устранили наиболее яркие проявления национализма, однако не смогли полностью ликвидировать его. Учитывая настроения большинства коренного населения, руководители Прибалтийских республик стремились и в последующем проводить политику «мягкой» дерусификации, всячески демонстрируя при этом показной интернационализм и лояльность центральным властям.
Широкий спектр различных течений и форм имело украинское национальное движение. Выдвижение в 1953 г. украинца на пост 1-го секретаря ЦК КПУ способствовало возрождению политики украинизации, большему учету национальной специфики, в первую очередь на Западной Украине. Репрессивная политика советского руководства на Украине, связанная с послевоенной борьбой против националистического подполья в западной ее части и новой кампанией против «украинского буржуазного национализма» — в восточной, смягчилась и сошла на нет.
Однако часть западных украинцев сохраняла неприязненное отношение не только к русским кадровым работникам, но и к восточным украинцам, зачисляемым в разряд «москалей». Националистическое мировоззрение объяснялось многовековой социокультурной изоляцией и недавним присоединением Западной Украины к СССР, негативной реакцией на недальновидное форсирование после войны социалистической перестройки края, сохранением влияния на широкие слои населения запрещенной в 1946 г., но действующей в подполье униатской церкви.
Главной целью национального движения на Украине была в основном легальная борьба за сохранение национальной культуры, языка. В начале 60-х гг. творческая интеллигенция повела движение за чистоту родного языка, против его русификации. В феврале 1963 г. состоялась конференция по вопросам украинского языка в Киеве. На ней присутствовало более тысячи работников украинской культуры — писателей, учителей, языковедов. Конференция возбудила ходатайство перед ЦК КП Украины и правительством страны о том, чтобы «во всех учреждениях и предприятиях, на железной дороге и других видах транспорта, в торговле все дела вести на украинском языке». Ее участники предлагали также открыть средние школы с преподаванием на украинском языке во всех республиках СССР, где живут украинцы. Предложения, выдвинутые на этой конференции, со временем стали требованиями диссидентов.
Движение украинских «шестидесятников» вовлекало в свои ряды значительную часть национальной интеллигенции. Ратующие за сохранение национальной культуры собирались в мастерских художников, выставочных залах, музеях, квартирах почитателей украинской старины. Большую известность приобрел киевский клуб творческой молодежи, который возглавлял молодой режиссер Аесь Танюк. Там проводились литературные и поэтические вечера, организовывались выставки украинских художников. При нем возникли студенческий межвузовский фольклор ноэтнографический кружок и разъездной хор «Жаворонок». Клуб положил начало Шевченковским чтениям 22 мая у памятника поэту. На ставших традиционными чтениях со временем все более откровенно зазвучали диссидентские мотивы. Это стало причиной закрытия клуба властями в 1965 г.
Одним из направлений украинского национального движения была борьба за независимость путем выхода из состава СССР. Движение имело многочисленных сторонников на Западной Украине. Здесь и после разгрома националистического вооруженного движения ОУН были случаи убийства советских работников, поджога партийных и хозяйственных зданий, другие антисоветские акты. Участники нелегальных групп занимались вывешиванием национальных флагов, распространением листовок с антисоветским содержанием. Относительно спокойнее обстояло дело в восточных областях Украины, хотя и здесь (например, в Харькове в 1957 г.) были случаи распространения листовок с антисоветским и националистическим содержанием.
Иногда поводом для образования сепаратистских групп служила действовавшая Конституция страны, содержащая статью о сохранении за каждой республикой права свободного выхода из СССР. Рубеж 50-60-х гг. для украинского национального движения в целом был временем перехода от подпольного этапа к мирному, открытому демократическому движению за национальные права.
В 60-е гг. отмечены случаи отдельных национал-сепаратистских выступлений в Белоруссии и Молдавии, которые не носили столь ощутимого характера, как в Прибалтике и на Украине. Характерной особенностью Молдавии была этнокультурная близость молдаван с румынами. «Национализм» в республике чаще всего проявлялся в разговорах о том, что ей необходимо воссоединиться с Румынией. Там такие разговоры подогревались некоторыми официальными лицами и печатью.
Одним из «слабых мест» советской национальной политики в 50-е гг. стала Грузия. Почитание Сталина в этой республике имело широкое распространение. Разоблачение его преступлений на съезде партии было воспринято как национальное оскорбление. Недовольство центральной властью вылилось в трагические события в Тбилиси 9-10 марта 1956 г., сопровождавшиеся многочисленными человеческими жертвами. Молодежные просталинские митинги и демонстрации прошли во многих других городах Грузии. Местами они носили откровенно антирусскую направленность. Вместе с лозунгами «Долой Хрущева!», «Молотова — во главу КПСС!» демонстранты несли и лозунги «Русские, убирайтесь из Грузии!». Националистические настроения в массах не утихали в течение многих лет.
