С началом войны были прекращены всякие попытки актуализировать популярную ранее идею о превращении войны в революцию. Г. Димитров уже утром 22 июня получил указание: «Коминтерн пока не должен выступать открыто. Партии на местах развертывают движение в защиту СССР. Не ставить вопрос о социалистической революции. Советский народ ведет Отечественную войну против фашистской Германии. Вопрос идет о разгроме фашизма, поработившего ряд народов и стремящегося поработить и другие народы». На срочно собранном заседании Секретариата ИККИ Димитров развил эти установки: «Мы не будем на этом этапе призывать ни к свержению капитализма в отдельных странах, ни к мировой революции», коммунисты должны включиться в борьбу «за национальную свободу» в качестве ее «руководящего элемента».
Эти же мысли прозвучали в июльской речи Сталина. В ней особый упор сделан на то, что война с фашистской Германией не должна рассматриваться как обычное противостояние между армиями, это — «война всего советского народа», «всенародная отечественная война», «война за свободу нашего отечества», которая «сольется с борьбой народов Европы и Америки за их независимость, за демократические свободы». Он говорил и об опасности разрушения национальной культуры и национальной государственности народов Советского Союза, угрозе их онемечивания, превращения в рабов немецких князей и баронов.
В основу перестройки деятельности партии, органов государственной власти и управления был положен принцип максимальной централизации руководства. За годы войны ни съездов партии, ни пленумов ЦК (за исключением январского 1944 г.) не проводилось. Оргбюро ЦК не собиралось, решения от имени Секретариата принимались путем устного опроса. Политбюро осуществляло свои функции постольку, поскольку практически из его состава был сформирован ГКО.
Тенденция к централизации прослеживается и в эволюции такого института, как Ставка. 10 июля 1941 г. Ставка Главного Командования была реорганизована в Ставку Верховного Командования. Вместо Тимошенко ее фактически возглавил Сталин. С 19 июля он заменил Тимошенко и на посту наркома обороны. Тенденция к централизации и дальнейшее восстановление исторических традиций проявились также в учреждении в СССР поста Верховного Главнокомандующего. Одним из деятельных проводников этих тенденций был заместитель наркома обороны Б. М. Шапошников, признанный военный теоретик, начальник Генерального штаба с июля 1941 г. 8 августа 1941 г. указом Президиума ВС на пост Верховного Главнокомандующего назначен Сталин. Тогда же Ставка Верховного Командования преобразована в Ставку Верховного Главнокомандования. Возглавляя одновременно партию, правительство и Вооруженные силы, Сталин был наделен чрезвычайными полномочиями по отношению ко всем ведомствам и учреждениям страны. Г. К. Жуков, назначенный в августе 1942 г. 1-м заместителем наркома обороны и заместителем Верховного Главнокомандующего, позднее вспоминал: «Трудно было разобрать, где кончается Государственный Комитет Обороны и начинается Ставка, и наоборот». Сталин «командовал всем, он дирижировал, его слово было окончательным и обжалованию не подлежало». Но, отмечал полководец, в начале войны он «плохо разбирался в способах, методике и формах ведения современной войны». По мнению маршала А. М. Василевского, «на первых порах войны Сталин явно переоценивал свои силы и знания в руководстве войной». На практике это означало дополнительные потери на фронте.
Осуществляя перестройку экономики страны на военный лад, правительство в начале июля 1941 г. приняло постановление, значительно расширявшее права наркомов в условиях военного времени. В сентябре и ноябре были образованы новые наркоматы — танковой промышленности, минометного вооружения. На военный лад перестраивалась и ВКП(б). Свыше 500 секретарей, начиная с ЦК компартий союзных республик, были мобилизованы и назначены членами Военных советов фронтов и армий. 270 ответственных сотрудников ЦК направлены в Красную Армию и на ВМФ. Одновременно расширялся институт парторгов ЦК. Они работали на 1170 крупных заводах. В ноябре созданы политотделы в МТС и совхозах (существовали до мая 1943 г.). За первое полугодие войны в армию влилось более миллиона членов партии, что составляло треть ее состава. В 1942 Г. в рядах Красной армии и флота находилось свыше 2 млн коммунистов, 54,3 % всего состава партии; в конце войны — 2,6 млн коммунистов из 6 млн.
В июле 1941 г. Политбюро ЦК приняло постановление об организации партизанского движения на оккупированных противником территориях силами партийных органов, диверсионных военных групп и органов НКВД. (На оккупированной территории осталось более 5,5 млн военнообязанных рождения 1890–1925 гг.) К концу года стали создаваться штабы и отделы партизанского движения при политуправлениях фронтов. В мае 1942 г. при Ставке Верховного Главнокомандования образован Центральный штаб партизанского движения (начальник П. К. Пономаренко). Главнокомандующим партизанским движением в сентябре — ноябре 1942 г. был К. Е. Ворошилов.
Ухудшившееся продовольственное снабжение страны заставило уже 18 июля 1941 г. ввести в Москве, Ленинграде, их пригородах карточки на хлеб, мясо, жиры, сахар и другие важнейшие продукты, в октябре их пришлось ввести почти во всех городах, в конце года — по стране в целом. Поначалу на карточное снабжение перевели 56 млн человек — 26,9 млн работающих, 17,4 млн иждивенцев, 11,7 млн детей до 12 лет. К декабрю 1942 г. в связи с оккупацией территории, где до войны проживали 80 млн человек, численность населения, снабжаемого по карточкам, сократилась до 38,1 млн человек, затем она снова увеличилась. Население деревни на государственное довольствие не принималось. Основным источником питания для огромной массы крестьянских семей были приусадебные участки.
Летом 1941 г. началась эвакуация промышленных предприятий в восточные районы страны. Для этой работы был создан Совет по делам эвакуации при ГКО. В октябре образован Комитет по эвакуации продовольственных запасов, промышленных товаров и предприятий промышленности. К началу 1942 г. перевезены и вскоре запущены более 1,5 тыс. промышленных предприятий (из них 1360 оборонных), число эвакуированных рабочих достигало трети штатного состава. С 26 июня 1940 г. действовала уголовная ответственность за самовольный уход, прогулы и опоздания на работу, а с 26 декабря 1941 г. рабочие и служащие военных предприятий объявлялись мобилизованными на весь период войны, самовольный уход с предприятий карался как дезертирство.
Оборонительные бои лета и осени 1941 г. Этап тяжелейших неудач и отступления Красной армии продолжался до декабря 1941 г. Немецкие войска рвались к Ленинграду, Москве и Киеву — центрам районов, в которых находилось около 70 % всех военных заводов страны. Усилия советских войск, действующих на этих направлениях, координировали созданные 10 июля три штаба главного командования войск направлений: Северо-Западного (главнокомандующий К. Е. Ворошилов, член Военного совета А. А. Жданов), Западного (С. К. Тимошенко и Н. А. Булганин), Юго-Западного (С. М. Буденный и Н. С. Хрущев). Главную роль на войне были призваны играть герои Гражданской войны. Однако, как показали дальнейшие события, бывшие герои-конники, несмотря на личную храбрость, заслуги и популярность, с этой ролью справлялись плохо. Уже через полтора-два месяца Ворошилова и Буденного освободили от должности главкомов. 27 августа 1942 г. Буденный был снят с поста 1-го заместителя наркома обороны (назначен Г. К. Жуков).
В попытках остановить катастрофическое развитие ситуации на фронтах власть прибегла к экстраординарным мерам. Через три недели после начала войны, 16 июля 1941 г., были восстановлены институты военных комиссаров в корпусах, дивизиях и полках, а также политруков в ротах, батареях и эскадрильях. В последующем эти органы по усилению партийного влияния в Вооруженных силах были распространены на другие структурные части РККА и ВМФ. Институт военных комиссаров ограничивал принцип единоначалия в армии и должен был способствовать всемерному укреплению стойкости командиров и личного состава, их готовности сражаться до конца. В июле 1941 г. были преданы суду, обвинены в трусости, бездействии, сознательном развале управления войсками и приговорены к высшей мере наказания командующий Западным фронтом Д. Г. Павлов, группа генералов Западного и Северо-Западного фронтов. До апреля 1942 г. по обвинениям в подобных преступлениях расстреляны 30 генералов. 16 августа 1941 г. издан приказ об ответственности военнослужащих за сдачу в плен и оставление врагу оружия. По нему пленные командиры и политработники объявлялись «злостными дезертирами», их семьи подлежали репрессиям, родные пленных солдат лишались льгот. Однако методы устрашения не давали ожидаемого результата. Просуществовав 15 месяцев, 9 октября 1942 г. институт военных комиссаров был упразднен.
