Восстание в Москве, как и большинство других волнений и выступлений, началось стихийно, когда степень негодования на произвол и притеснения властей, на безнаказанность их действий достигла высшего градуса. Правительство, привыкнув к вседозволенности, равно как и к покорности и терпению народа, не сумело правильно оценить обстановку в Москве и своими действиями вызвало взрыв, подтолкнув искавший у государя защиты посадский люд к насилию. Сначала все шло по обычному сценарию. 1 июня доведенные до предела приказными вымогательствами жители московских слобод и сотен окружили возвращавшийся с богомолья из Троице-Сергиева монастыря царский кортеж с громкими жалобами на насилия Л. С. Плещеева, требуя его замены. Но вручить челобитные царю, а также следовавшей за ним царице просителям не удалось, так как стрельцы грубо разогнали стоявших поблизости людей, арестовав наиболее настойчивых из них. Это вызвало взрыв возмущения и первые проявления готовности к более решительным действиям. В свиту придворных, среди которых находился и Морозов, полетели камни и палки. Некоторые бояре получили ранения.
На другой день, 2 июня, вслед за царем, возвращавшимся с крестного хода в Сретенский монастырь, возбужденная толпа в несколько тысяч человек ворвалась в Кремль. Схваченных накануне челобитчиков освободили, и царь обещал рассмотреть жалобы и наказать виновных. Однако время было упущено и возбуждение нарастало. К тому же к посадским людям примкнули стрельцы, которые на этот раз отказались разгонять толпу. Лишившись вооруженной опоры, правительство начало переговоры с восставшими. Источники сообщают, что некоторые из придворных в ободранном платье едва сумели скрыться в государевом дворце, другие парламентеры были оставлены заложниками до выдачи требуемых восставшими лиц. Так в течение суток народ из просителя превратился в сторону, диктующую правительству условия замирения, а условия для правящих верхов стали пугающе кровавыми. Теперь уже не отставки управленческой верхушки добивался московский люд, а выдачи самых одиозных фигур — Морозова, Плещеева и Траханиотова. Серьезность намерений подкреплялась начавшимися уже 2 июня погромами в Кремле и за его пределами.
Отечественные и иностранные источники, расходясь в определении количества разгромленных дворов (от 19 до 70), единодушны в вопросе о социальной принадлежности их владельцев. Разгрому подверглись дворы бояр, дворян, крупных купцов и приказных служителей — дьяКов и подьячих. В числе первых из них были дворы членов правительственной группы — Морозова, Траханиотова, Плещеева, Чистого. Затем дошла очередь и до других представителей политической элиты. Так, разгрому подверглись дворы Н. И. Одоевского, М. М. Темкина-Ростовского, А. М. Львова-Ярославского, а также дворы московских дворян О. Ф. Болтина, В. И. Толстова, Г. И. Неронова и других, дворы приказной бюрократии, богатого «гостя» Василия Шорина. Иностранные свидетели мятежа сообщают, что при разгроме морозовских хором восставшие не грабили, а уничтожали золотые и серебряные изделия, рубили топорами и саблями драгоценные вещи и одежду, толкли в порошок жемчуг и под крики «то наша кровь!» бросали все в огонь. Эти действия должны были убедить всех в справедливости возмездия и бескорыстии тех, кто выступал его орудием. Сосуды, остатки боярской рухляди, развезенны участниками и свидетелями восстания по всей России как доказательство того, что в Москве свершился суд над боярами, позднее были обнаружены в различных городах и селах.
Спасаясь, Б. И. Морозов и Л. С. Плещеев скрылись в царском дворце, а П. Т. Траханиотов, получив грамоту на воеводство в Устюжну Железопольскую, спешно ускакал в Троице-Сергиев монастырь. Погромы, как уже не раз бывало, сопровождались пожарами. Начавшиеся в Белом городе, они быстро перекинулись за Никитские и Арбатские ворота на Земляной город, уничтожая без различия все строения. Даже расположенный на Никитской улице двор Н. И. Романова — главного противника Б. И. Морозова — выгорел без остатка. Виновником начавшейся огненной стихии молва тут же сделала Морозова и его окружение, что еще более распалило гнев против них. В такой обстановке погасить мятеж уже не могли ни увещевания высших духовных лиц, ни усилия участвовавших в переговорах с народом думных чинов. Восстание нарастало с каждым днем, втягивая в свой водоворот новые, различные по своему статусу разряды населения.
Проявлением беспомощности власти и отчаяния царского окружения была выдача восставшим сторонников Морозова. Первой жертвой стал Плещеев. 4 июня в сопровождении палача его вывели на Красную площадь, но, не дойдя до плахи, он был растерзан бросившейся на него толпой. Через день был казнен Траханиотов, возвращенный по приказу царя из Троице-Сергиева монастыря. Жизнь Морозова у восставших вымолил сам Алексей Михайлович. Царь клятвенно обещал удалить его из Москвы и навечно отлучить со всем родом от всех государевых дел. Но только после подачи челобитной, выработанной 10 июня на совещании представителей посадской верхушки, московских дворян и служилого «города», Борис Иванович под охраной в несколько сот человек спешно выехал в Кирилло-Белозерский монастырь.
Долгое время текст челобитной был известен лишь в виде шведского перевода, приложенного к донесению шведского резидента в Москве Поммеренинга королеве Христине от 6 июля 1648 года. Е. В. Чистякова доказала его идентичность подлиннику, хранящемуся в Эстонском архиве в Тарту. Обычно он ошибочно считался одной из челобитных, поданных царю в начале восстания 2 июня. Центральным требованием челобитной было упорядочение судопроизводства и законодательства и созыв в этих целях Земского собора. Составители челобитной настаивали на том, чтобы царь сместил воевод и судей «неправедных» и передал суд из рук приказных людей в руки «праведных и рассудительных» судей, выбранных «мирскими людьми». По сути, речь шла о широком привлечении к суду и управлению на местах выборных представителей от посадских и служилых людей. Совместное обращение к государю посада и служилого «города» не могло не оказать на царя и его окружение сильного впечатления. Разумеется, оно усиливалось тревожной обстановкой продолжавшегося в Москве волнения.
Результатом стала смена правительства Морозова правительством Романова — Черкасского. Был отменен правеж недоимок с городского и уездного населения. Стрельцам и дворянам было выдано жалованье. В то же время на предложение челобитной о реформе суда реакции не последовало. Однако не было и резкой отповеди, какой спустя два года царь отреагировал на аналогичное предложение восставших псковичей.
Несколько притихшее волнение в Москве с большей силой распространилось в других городах государства. Уже авторы челобитной от 10 июня, выступая от лица «всенародного множества» государства, предупреждали царя о том, что «весь народ во всем Московском государстве… от неправды в шатость приходит» и «большая буря подымается в… стольном городе Москве и в иных многих местах, в городах и в уездах». В течение месяца, предшествовавшего созыву собора, вспыхнули восстания в Соли Вычегодской, Великом Устюге, Воронеже, Козлове, Курске, Челнавском и Талецком острогах. Наряду с посадскими людьми, стрельцами и другими приборными служилыми людьми в некоторых местах (например, в Курске, Соли Вычегодской, Устюге Великом) участниками волнений были и уездные крестьяне.
Во всех местах общей причиной волнений был усилившийся налоговый гнет и злоупотребления низовой администрации. Катализатором движения во многих случаях являлись привезенные из Москвы известия о том, что в столице «государевых бояр и служилых людей всех посекли». Как и в Москве, в Первую очередь они направлялись против особенно ненавистных лиц. В их числе были представители воеводской администрации, подьячие и часть «лутчих» людей посада, связанных с распределением податей. Малочисленные городовые стрельцы и их сотники перед лицом разбушевавшейся стихии народного бунта, число участников которого, например, в Великом Устюге исчислялось несколькими тысячами человек, обычно предпочитали не вмешиваться и отсиживаться в своих домах.
