Необходимость борьбы с получившими широкое распространение взглядами еретиков вызвала к жизни появление на русской почве первых памятников собственно полемической литературы. Главным защитником церкви выступил Иосиф Волоцкий (основатель Успенского монастыря под Волоколамском). Ряд своих полемических сочинений, написанных в последние десятилетия XV в. и направленных против еретиков, в начале XVI в., он объединил в книгу, получившую название «Просветитель». В своих практических рекомендациях Иосиф Волоцкий был жестким и бескомпромиссным, в борьбе с еретиками он допускал применение самых разных методов, вплоть до использования провокации («богопремудростное коварство»), чтобы узнать об их замыслах, и добивался не только осуждения, но и самых жестоких наказаний для приверженцев ереси. Вместе с тем появление его сочинений означало начало в русской церковной среде серьезной самостоятельной работы по осмыслению и раскрытию содержания многих главных положений традиционного православного вероучения. Стремясь убедить в своей правоте читателя и опровергнуть доводы еретиков, Иосиф Волоцкий не ограничился пересказом того, что он мог почерпнуть из сочинений Отцов Церкви, но дополнил их утверждения многими самостоятельными аргументами, обосновывавшими правильность их позиции.

Эта сторона деятельности Иосифа Волоцкого получила дальнейшее развитие в полемических сочинениях Максима Грека. Максим Грек (светское имя — Михаил Триволис) прошел сложный жизненный путь. Он родился около 1470 г. в греческой семье в г. Арта (на территории современной Албании) и, спасаясь от наступавших османов, переселился в Италию. Здесь он свел знакомство с рядом итальянских гуманистов, переписывал сочинения античных авторов. Затем М. Грек разошелся с гуманистами, примкнув к кругу сторонников религиозного реформатора Джироламо Савонаролы. В начале XVI в. он порвал с «латинским» миром и постригся в монахи на Афоне, откуда в 1518 г. выехал в Россию. Сложности жизненного пути наложили отпечаток на его творчество. В своих сочинениях М. Грек последовательно доказывал превосходство православного вероучения над другими воззрениями. Вместе с тем он стремился очистить православное духовное наследие от наслоений и искажений. В ряде своих сочинений М. Грек, в частности, стремился отделить подлинные памятники христианского наследия от «апокрифов» — сочинений, авторство которых ложно приписывалось персонажам священной истории или Отцам Церкви. При определении принадлежности этих текстов М. Грек использовал нарождающиеся приемы научной критики, с которыми он познакомился в ренессансной Италии.

Радикальная ересь в середине XVI в. Новая вспышка еретических движений имела место в 50-х гг. XVI в. Их оживлению способствовали веяния Реформации, широко распространившейся к этому времени на территории Польско-Литовского государства, но по отношению к этому периоду можно говорить о появлении в древнерусском обществе серьезного недовольства как порядками в официальной церкви, так и общественными отношениями. Наиболее яркое выражение общественное недовольство нашло в «новом учении» беглого холопа Феодосия Косого. Взгляды Феодосия Косого, сформировавшиеся в основном на местной почве, носили радикальный характер, приближаясь к наиболее левым направлениям Реформации. Признавая авторитетными только Апостол и Евангелие и немногие сочинения Отцов Церкви и считая ложной всю остальную церковную традицию, Феодосий отвергал необходимость существования церковной иерархии, храмов, обрядов. Церковь была для него только союзом верующих, руководствующихся «духовным разумом» и вступающих в связь с Богом благодаря «духовной молитве». В истинно христианском обществе, по его мнению, не должно было быть «властей», которым учат повиноваться «попы». В середине 1550-х гг. Косой бежал в Литву. После знакомства с местными сторонниками Реформации он отверг учение о Троице и стал считать Христа простым человеком. «Новое учение» продолжало распространяться и после бегства Косого в Литву, достаточно обширный круг его приверженцев появился в районах, граничивших с Польско-Литовским государством. Не случайно в 60-х гг. XVI в. появилось два больших полемических сочинения, направленных против «нового учения» — «Истины показание» Зиновия Отенского и «Послание многословное» неизвестного автора. Такое широкое воздействие радикальных взглядов Косого отражает недовольство состоянием религиозной жизни в русском обществе XVI в. Одновременно представители церкви оттачивали в спорах с еретиками свои полемические приемы. Сочинение Зиновия Отенского было написано в форме диалога между автором и приверженцами учения Косого — жителями Старой Руссы.

Реформы школьного образования. В условиях появления еретических движений и одновременного роста образованности светских людей стала восприниматься как все более нетерпимое явление слабая образованность приходского духовенства, знания которого часто не шли далее элементарной грамотности. Архиепископ новгородский Геннадий после проверки кандидатов на священство писал: «А се приведут ко мне мужика, и аз велю ему апостол дати честь, и он не умеет ни ступить, и яз ему велю псалтырю дати, и он по тому едва бредет».

В 1551 г. церковный собор принял решение организовать во всех «градах» училища в домах священников и дьяконов, которых бы для организации школьных занятий специально избирало все духовенство города. В таких училищах должны были учить не только грамоте, но и церковному пению. Сохранился и ряд пособий, предназначавшихся для обучения в этих училищах. Такие пособия, включавшие в себя азбуку, тексты для чтения и некоторые элементы грамматики, были напечатаны Иваном Федоровым во Львове в 1574 г. и в Остроге в 1580 г. Сохранились и краткие пособия по арифметике, а в конце XVI в. была составлена «Книга, глаголемая простословие, некнижное учение грамоте», содержавшая уже краткий свод сведений по грамматике.

Споры о наказании еретиков. Церковь боролась против еретиков с помощью не только пропаганды, но и карательных мер. По решению собравшегося в декабре 1504 г. церковного собора часть еретиков — «жидовствующих» — была сожжена на кострах в Москве и в Новгороде, другие заключены в тюрьму. Однако эти казни привели к серьезным разногласиям в самих церковных кругах. Уже в послании о соблюдении церковного приговора Иосиф Волоцкий опровергал доводы тех, кто утверждал, что следовало бы простить покаявшихся еретиков. Против Иосифа Волоцкого во втором десятилетии XVI в. резко выступил влиятельный в монашеских кругах Русского Севера старец Вассиан Патрикеев, утверждавший, что раскаявшиеся еретики должны быть прощены и возвращены в лоно церкви. В своем сочинении «Слово на еретики» он писал, что святые отцы «с молитвою обращали ко Христу, а не оружием убивали». В середине XVI в. эти взгляды получили дальнейшее развитие в произведениях последователя Вассиана, старца Артемия, который пришел к выводу, что люди, следующие заповедям Христа, вообще не должны прибегать к мерам принуждения по отношению к инакомыслящим.

Кризисные явления в русском монашестве. Иосифляне и нестяжатели. Еще более серьезные разногласия обнаружились в церковных кругах по вопросу о земельных владениях монастырей. После проведения в конце XIV в. общежитийной реформы и превращения многих монастырей в видные центры аскетической практики и духовного просвещения их престиж в глазах светского общества резко возрос. Одним из его проявлений стал приток в монастыри обильных денежных и земельных вкладов, и на протяжении XV в. наиболее почитаемые обители стали богатыми землевладельцами. Если в первые годы после основания обители монахам Троице-Сергиева монастыря часто приходилось ложиться спать голодными, то к концу XV в. ему принадлежали уже десятки владений во многих уездах страны. Оказавшись вынужденными управлять обширным и разнообразным имуществом, монахи сплошь и рядом должны были погружаться в жизнь того полного страстей мира, с которым они, казалось, порвали, приняв монашеский постриг. Сама жизнь в достатке способствовала ослаблению суровых норм монашеской жизни. В итоге монахи все чаще оказывались не в состоянии достичь провозглашенного идеала.