Царь Василий пришел к власти как ставленник той элиты, того узкого круга княжеских и боярских родов, который традиционно держал в своих руках главные нити управления государством. Однако на рубеже XVI–XVII вв. положение элиты определялось не ее реальными связями и влиянием, а тем, что ей обеспечивала сильная центральная власть. Сама по себе она не обладала возможностями, чтобы влиять на ситуацию на местах. События, последовавшие за воцарением Шуйского, это ясно показали.
Выступление южных окраин против нового царя. Восстание И. Болотникова. Переворот в Москве и убийство Лжедмитрия I вызвали резко отрицательную реакцию на южных окраинах страны. Здесь это было воспринято не только как потеря прав и привилегий, полученных от Лжедмитрия I, и утрата перспектив, которые открылись для служилых людей с его приходом к власти. Смена власти в Москве угрожала возвращением к тем порядкам, против которых местные служилые люди совсем недавно активно выступили. Распространившиеся слухи, что царь Дмитрий не погиб, а спасся и находится в Речи Посполитой, послужили толчком к восстанию в защиту интересов «законного» государя, против занявших Москву изменников.
Восстание, начавшееся летом 1606 г., охватило первоначально лишь территорию Северской земли и соседние уезды, но стало разрастаться, когда посланные на его подавление войска потерпели неудачу под Кромами и Ельцом. Осенью 1606 г. восстанием была охвачена вся южная окраина государства, а также Поволжье, где восставшие осадили Нижний Новгород, ряд уездов, лежавших на пути из Москвы в Смоленск. Восставшими на территории Северской земли командовал Иван Исаевич Болотников, бывший холоп — военный слуга князя А. А. Телятевского. Освободясь из татарского плена, он проехал через Речь Посполитую, где в Самборе — владении Юрия Мнишка, — получил полномочия от самозванца командовать повстанческой армией. На этом посту он, очевидно, проявил военные и организаторские способности, так что его полномочия никто не оспаривал. Восставших, собравшихся на Верхней Оке, возглавил веневский сотник Истома Пашков. Рязанское ополчение возглавил местный помещик Прокопий Ляпунов. По разным направлениям войска восставших двигались к Москве. Правительство Василия Шуйского мобилизовало для отпора все бывшие в его распоряжении военные силы. В собранное войско были отправлены все члены «государева двора», находившиеся в Москве. 25 октября в сражении под селом Троицким войско было разбито. Путь к столице был открыт. Началась блокада Москвы, продолжавшаяся в течение полутора месяцев.
В грамотах, разосланных по стране правительством Шуйского, о восставших говорилось как о крестьянах и беглых холопах, которые хотят убить своих господ и овладеть их имуществом. В течение долгого времени эти утверждения пользовались доверием и дореволюционных исследователей, и исследователей советского времени, полагавших, что восстание было первой крестьянской войной в истории России. Правда, исследователи полагали, что в восстании первоначально выступили совместно служилые люди из южных уездов во главе с Истомой Пашковым и Прокопием Ляпуновым и восставшие холопы и крестьяне во главе с Иваном Болотниковым. Однако известные данные о войске Болотникова не подтверждают такой оценки. Характерно, что одним из воевод его армии был его бывший хозяин боярин князь А. А. Телятевский. В этом же войске военачальниками являлись несколько князей Мосальских. Ближайший сподвижник Болотникова Юрий Беззубцев был сыном боярским Новгород-Северского уезда. Среди городов, подчинившихся Болотникову и длительное время признававших его власть, был город Рославль. Сохранившиеся документы показывают, что и до, и во время, и после восстания управление уездом находилось в руках одного и того же круга лиц из местных влиятельных детей боярских. Влиятельные местные помещики стояли и во главе войска, осаждавшего Нижний Новгород.
Все это позволяет сделать вывод, что главной силой разразившегося летом 1606 г. восстания были служилые люди и дети боярские южных уездов. Не крестьянские отряды, а опытные во владении оружием и хорошо организованные служилые люди и дети боярские нанесли поражение правительственным армиям и пришли под стены Москвы. Служилые люди стремились сохранить свой привилегированный статус, поставленный под сомнение правительством Годунова, дети боярские добивались своего уравнения с другими частями дворянского сословия, получения права голоса при принятии в Москве важных политических решений. Таким образом, восстание, начавшееся в 1606 г., есть основание рассматривать как своеобразный конфликт между Центром и окраинами, разделивший господствующее дворянское сословие.
В этом остром внутриполитическом кризисе позиция дворянства окраин не была однородной. В рядах некоторых крупных дворянских объединений, как, например, нижегородских детей боярских, произошел раскол. Часть дворянских корпораций окраин считала, что добиться уравнения в правах с дворянством Центра можно, не выступая против правительства Шуйского, а, напротив, оказывая ему поддержку. Так поступили дети боярские Смоленского уезда, которые прорвали блокаду Москвы и пришли на помощь царю Василию. В этих условиях в лагере восставших под Москвой начались трения. В середине ноября 1606 г. в правительственный лагерь перешли рязанские дворяне во главе с Прокопием Ляпуновым. В начале декабря, во время решающих боев под Москвой, их примеру последовали отряды детей боярских во главе с Истомой Пашковым. Повстанцы потерпели поражение. Иван Болотников отступил к Калуге, где позднее был осажден правительственными войсками.
Однако подавить восстание не удавалось. Осада Калуги в начале мая 1607 г. закончилась неудачей. В повстанческом лагере появился и занял видное место новый самозванец, сын посадского, а затем терской казак Илейка Муромец, выдававший себя за Петра, сына царя Федора. Он привел большие отряды терских и донских казаков, к которым присоединились запорожцы. Для нового военного похода на Тулу, которая к лету 1607 г. стала главным центром восставших, были мобилизованы огромные военные силы со всей территории государства. Армию возглавил сам царь. Город капитулировал лишь в сентябре 1607 г. после упорной четырехмесячной осады. Царю были выданы предводители восстания Иван Болотников и «царевич Петр» (Илейка Муромец был повешен на Серпуховской дороге, Болотников был сослан в Каргополь и там утоплен), а все остальные отпущены. Царь Василий считал войну законченной. Но его надежды не сбылись — с лета 1607 г. начался новый этап гражданской войны, осложненный внешним вмешательством.
Выступление Лжедмитрия II. Раскол страны. Население Северской земли по-прежнему не желало подчиняться царю Василию. Летом 1607 г. в Стародубе появился новый самозванец, выдававший себя за спасшегося Дмитрия, — Лжедмитрий II. По свидетельству современников, он в отличие от Григория Отрепьева был уроженцем Речи Посполитой; вспоминали, что Лжедмитрий II был школьным учителем в не большом белорусском городке. Самозванец сразу же получил широкую поддержку. Вместе с тем почти с самого начала к нему стали из-за рубежа приходить на помощь военные отряды арльско-литовской шляхты. Наиболее крупные из отрядов возглавили такие представители знати, правда, второго ранга, как князь Роман Ружинский и Ян Петр Сапега, двоюродный брат литовского великого канцлера. К весне 1608 г. у Лжедмитрия II в Орле собралась целая армия из служилых людей и детей боярских Северской земли, русских и украинских казаков и польсколитовских военных отрядов. В бою под Волховом 30 апреля — 1 мая 1608 г. эта армия разбила войска Василия Шуйского, и для нее открылся путь на Москву. Через месяц Лжедмитрий II стал с войском в укрепленном лагере в подмосковном селе Тушине (отсюда прозвище «Тушинский вор»), откуда предпринимались попытки организовать блокаду столицы.
С приходом Лжедмитрия II под Москву территориальные рамки «гражданской» войны резко расширились, захватив уже не только южную, но и северную часть государства. Помимо южных окраин и Поволжья, где тушинцам противостояли только Нижний Новгород и некоторые рязанские города, власть Лжедмитрия II распространилась на большую часть городов запада и северо-запада России, включая такой крупный город, как Псков. Здесь лишь отдельные крупные центры, такие, как Новгород и Смоленск, сохранили верность царю Василию. Наконец, с вступлением на их земли войск Лжедмитрия II начало присягать на верность самозванцу население Центра, а затем севера. К концу 1608 г. его власть распространилась на большую часть территории Русского государства.