Когда Хорнблауэр достиг Адмиралтейства, ему было сообщено, что театром его будущих действий должно стать Балтийское море. Он должен был возглавить эскадру, которую составляли: линейный корабль «Несравненный» (74 пушки), шлюпы «Лотос» (20 пушек) и «Ворон» (18 пушек), бомбардирские кечи «Мотылек» и «Гарви», а также тендер «Клэм» (10 пушек). Главнокомандующим на Балтике был вице-адмирал сэр Джеймс Сомарец, но Хорнблауэр должен был получить определенную свободу действий: его задачей было оказывать поддержку любому потенциальному противнику Наполеона. Ситуация на Балтийском море складывалась весьма непросто: Дания и Норвегия были оккупированы Наполеоном, Швецией управлял бывший маршал Франции, чья лояльность по отношению к Бонапарту была, по меньшей мере, сомнительной, а Россия ожидала французского вторжения, которое могло материализоваться, а могло и нет. Не было уверенности в том, что в этой обстановке придется делать британской эскадре, но Хорнблауэр был именно таким человеком, на которого можно было положиться в подобной ситуации. Его эскадра должна была собраться в Даунсе, а сам он поднялся на борт в Дилле — совсем неподалеку от тех мест, где прошло его детство. Главные трудности возникли из-за того, что Хорнблауэр хотел, чтобы командиром «Несравненного» назначили Буша. Ему указали на то, что Буш лишь недавно был произведен в капитан-лейтенанты и что его первым кораблем — когда он, наконец, будет произведен в капитаны — должен стать шлюп, а никак не линейный корабль. В конце был достигнут компромисс на том, что Хорнблауэр примет номинальное командование «Несравненным», а Буш будет назначен на него в качестве сверхштатного офицера в звании капитана. Это позволяло Бушу осуществлять все функции по командованию кораблем (за исключением подписания документов), но все же вызвало зависть среди других капитан-лейтенантов. Вот одноногого инвалида назначают капитаном линейного корабля, а ведь он и фрегатом-то никогда не командовал! Трудно было найти другой пример столь явной предвзятости и протекции. Все, что можно сказать в защиту Хорнблауэра, так это то, что Буш давно заслужил свое производство, и оно могло бы прийти гораздо раньше, если бы он не следовал за Хорнблауэром.

Свежеиспеченный коммодор поднялся на борт своего флагмана в Дилле 4 мая, приветствуемый салютом со всех кораблей эскадры. Немедленно отплыв с попутным ветром на Скаген, Хорнблауэр ввел свои корабли в Зунд на рассвете 10 мая. Он был обстрелян фортами Сальтхольма, а затем — Амагера. Эскадра ответила бортовыми залпами, но кораблям удалось пройти, не получив особых повреждений. Лишь «Гарви» потерял грот-мачту и вынужден был идти под аварийным такелажем. Следующей задачей Хорнблауэра было доложить о своем прибытии вице-адмиралу сэру Джеймсу Сомарецу, чья эскадра стояла в Винго-зунд, неподалеку от Гетеборга. Адмирал не проявил особой сердечности, узнав, что новоприбывший коммодор располагает свободой действий. Тем не менее, он приказал Хорнблауэру следовать в Кронштадт с депешами, адресованными русскому царю. Он также был уполномочен предложить царю свое содействие в случае войны между Россией и Францией. 14 мая Хорнблауэр покинул Винго и направился на восток…

Вскоре после этого эскадре Хорнблауэра удалось отбить английское торговое судно «Мэгги Джонс», ставшее призом французского капера «Бланш Флер». Это навело Хорнблауэра на мысль направиться на поиски самого приватира, которого он наконец поймал и уничтожил при Рюгене. Затем Хорнблауэр узнал, что армии Наполеона концентрируются между Дрезденом и Варшавой. Еще больше он узнал от британского атташе в Стокгольме, который прибыл на борт со шведского берега и попросил доставить его в Санкт-Петербург. Согласившись на это, Хорнблауэр прибыл в Кронштадт 22 мая и был приглашен в Петергоф на обед к царю. Другим гостем за царским столом оказался Бернадотт, наследный принц Швеции. Следствием этого стало прибытие Александра на «Несравненный», но инкогнито, под именем «графа Северного». Хорнблауэр сделал все возможное, чтобы произвести на царя наилучшее впечатление дисциплинированностью и высоким боевым духом своих моряков в качестве предполагаемых союзников, но сомнительно, чтобы его дипломатия в этом случае имела в этом более чем ограниченный успех. Он вновь покинул Кронштадт 30 мая, получив приказы сэра Джеймса Сомареца нанести удар по французским коммуникациям на подступах к Кенигсбергу.

Карта бухты Фришгаф

Между этим портом и Данцигом расположена лагуна Фришгаф, место интенсивного прибрежного судоходства. Множество судов, нагруженных военным имуществом и припасами, собирались здесь под прикрытием береговых батарей и мощного бонового заграждения, прикрывающий единственный вход со стороны моря. Эта позиция выглядела практически неприступной, но Хорнблауэр все же разработал план атаки. Четыре шлюпки, под командованием капитана Виккери с кеча «Гарви», проникли во Фришгаф, по мелководью обойдя оконечность бонового заграждения в ночь на 25 июня. В течение последующего дня ими были уничтожены одиннадцать прибрежных судов и двадцать четыре баржи. Защитники бухты сосредоточили силы для того, чтобы воспрепятствовать отходу Виккери, и Хорнблауэр инсценировал атаку на Пиллау, достаточно правдоподобно, чтобы отвлечь внимание в эту сторону. Тем временем Виккери и его люди сожгли свои шлюпки, как им было приказано, и пересекли узкий перешеек, выйдя на морское побережье Фришгаф, где и были подобраны шлюпками с других кораблей эскадры, вышедших в точку рандеву. Это была весьма четкая операция, достаточная для того, чтобы показать потенциальным союзникам, что рука флота Его Величества гораздо длиннее, чем склонен предполагать Бонапарт.

8 июля Хорнблауэр получил депешу от британского посла в России, информирующую, что Наполеон начал вторжение в пределы страны, причем главная колонна его армий направлена на Москву, в то время как другая движется на Санкт-Петербург. Чуть позже Хорнблауэр получил такую же информацию от сэра Джеймса Сомареца, с дополнительным сообщением о том, что русские предпримут попытку задержать наступление в северном направлении, организовав решительное сопротивление под Ригой. В связи с этим Хорнблауэру было приказано сделать все возможное для того, чтобы помочь в защите этого города. Он направил тендер «Клэм» с депешами в Винго-зунд и повел остатки своей эскадры в Рижский залив. 25 июля, на подходах к этому городу, он обнаружил присутствие французов, которые как раз готовились к переправе через Двину.

Ригу защищал генерал Эссен, первая линия обороны которого проходила в районе деревни Даугавгрива, к западу от реки, прикрывая дорогу от Данцига. Мелководье помешало кораблям эскадры приблизиться к французским траншеям на расстояние пушечного выстрела, но Хорнблауэр решил, что осадка его бомбардирских кечей может быть уменьшена при помощи импровизированных понтонов. Все дело состояло в том, чтобы закрепить по обоим бортам кечей заполненные песком суда, а затем выгрузить из них песок. После того, как крайние суда опустеют, они должны приподнять находящийся в центре корабль. Облегченные таким образом кечи подошли на дальность выстрела и нанесли французским укреплениям некоторые повреждения. Им, конечно же, пришлось отступить под огнем французской полевой артиллерии, снова отойдя за пределы дистанции ведения эффективного огня. Французские апроши все ближе и ближе подкрадывались к Даугавгриве, а сама деревня уже была превращена в груду развалин. Теперь Хорнблауэр предложил использовать корабельные шлюпки, вместе с другими имеющимися плавсредствами, для того чтобы высадить ночью отряд русских войск в точке, позволяющей атаковать неприятельские апроши во фланг. Этот план был принят, и высадка была назначен на ночь 1 августа. Операция была проведена согласно плану, но совпала с ночной атакой французов. Последовала отчаянная битва в темноте, а на рассвете стало видно, что траншеи осаждающих в значительной степени разрушены. Таким образом, удалось выиграть еще немного времени, но тут пришло известие о падении Москвы. Хорнблауэр начал терзаться сомнениями, не заставит ли это русских пойти на заключение мира, который сделает Наполеона властелином мира. Известие о падении Москвы, очевидно, в тоже время получили и французы, которые предприняли генеральный штурм Даугавгривы и понесли многочисленные жертвы в этой попытке сократить время осады. В это время Хорнблауэр находился на берегу и был вовлечен в схватку, а когда он лично повел солдат в контратаку, под ним была убита лошадь. В своих позднейших беседах с генералами, Хорнблауэр имел достаточно юмора, чтобы утверждать, что, в отличие от большинства своих собеседников имел честь выиграть битву на суше, и что практически лично спас Санкт-Петербург от захвата французами. Фактически же, его вмешательство, отважное само по себе, было лишь эпизодом в битве с неопределенным исходом, каждая из которых таит в себе множество подобных успехов или неудач. К счастью, он остался невредим, а русские продолжали удерживать Ригу, сдерживая французское наступление на этом направлении. В других местах русским везло меньше, однако факт оставался фактом — про сдачу они и не помышляли. Все закончилась, как мы помним, отступлением Наполеона от Москвы. Русский флот в союзе со шведским не оставлял сэру Джеймсу Сомарецу особых дел на Балтике, ввиду чего он был озабочен, как бы вывести свой флот до наступления зимы. Хорнблауэр получил приказ, датированный 15 августа, следовать в бухту Хано, поскольку к концу года «Несравненному» было бы слишком опасно оставаться на открытом рейде Риги. Оба бомардирских кеча ему разрешали оставить под Ригой до конца месяца, однако самому Хорнблауэру предписывалось вместе с «Несравненным» с двумя шлюпами следовать с конвоем в Англию. Он оставил конвой в Даунсе и привел «Несравненный» в Чатем, где его коммодорский брейд-вымпел был спущен, а сам корабль был разоружен на зиму 9 октября. Сэр Джеймс Сомарец вернулся в Англию вскоре после этого, спустил свой флаг и закончил активный этап своей карьеры. С поражением Наполеона операции на Балтийском море практически прекратились, и Королевскому флоту вполне достаточно было легких сил на этом театре до окончания войны. Когда Хорнблауэр сошел на берег, оказалось, что он болен, частично из-за истощения, вызванного перенесенным тифом, которым он заразился во время обороны Риги. Он встретился со своей женой в Смоллбридж-Мэнор и провел там всю зиму, не выздоровев окончательно даже к весне 1813 года. Есть основания полагать, что он был капризным пациентом — сварливым, раздражительным и мечтающим снова оказаться в море. Дополнительному раздражению способствовали письма, которые он получал от Буша, командующего теперь фрегатом, и молодого Джонатана Хорнблауэра, который продолжал служить на флагманском корабле и как раз сдал экзамен на лейтенанта. В эту зиму Наполеон вынужден был перейти к обороне: его армии были ослаблены, а его союзники — Австрия и Пруссия — обратились против него. Проиграв кампанию в России, он был не многим счастливее в Испании, где Веллингтон как раз выгнал короля Жозефа Бонапарта из его столицы. Казалось, что уже в следующем году мир увидит падение французского императора. Хорнблауэр очень хотел принять участие в этой последней схватке, венчающей двадцать лет его действительной службы на море и ознаменовать ее последним значительным достижением.