Генрих Наваррский тянул время в бесплодных разговорах с Екатериной и одновременно ухитрился собрать серьезную армию, в которую вошли лютеранские наемники Яна-Казимира и короля Дании, объединившиеся, чтобы противостоять угрозе, исходящей от присутствия испанцев в Нидерландах. Почти сразу же после подписания договора при Немуре Генрих Наваррский и Конде встретились с Дамвилем и возобновили альянс с умеренными католиками. План Генриха Наваррского был прост и очевиден: он должен бороться за свое право на французский трон, а в этом ему могла помочь лишь полная победа над Лигой и Гизами. Он знал, что король чересчур слаб и является заложником ультра-католиков, а потому повлиять на события не в силах.
Что же до Генриха III, то утомившись подписанием мира при Немуре и отправив мать заниматься бесполезной дипломатией, он предался обычным фривольным развлечениям вперемежку с периодами сурового покаяния, с характерным для него непостоянством. Его последней причудой, которую копировали верные миньоны, стали украшенные драгоценностями корзинки с лентами, чтобы носить их на шее; в корзинки помещали карманных собачек. Даже самых умеренных и верных подданных он шокировал тем, что, исполняя обряд исцеления больных прикосновением руки, в другой руке он держал такую собачку.
Постепенно Генрих привык совершать длительные пешие прогулки из Парижа в Шартрский собор, чтобы помолиться Пресвятой Деве о даровании ему сына или просить Всевышнего об отпущении грехов. В отчаянной мольбе об избавлении звучали все более нездоровые нотки, попахивало некроманией. Он начал носить одежду, вышитую черепами, выстроил зловещую часовню, затянутую черным крепом, где поместил кости и черепа, выкопанные на местном кладбище. В желтом пламени толстых свечей он проводил по пятницам долгие часы в странном состоянии полутранса, полумолитвы, окруженный самыми благочестивыми монахами.
Екатерина впала в отчаяние, наблюдая за сыном. Она боялась и за его здоровье, и за состояние психики. Папа, прослышав о странностях поведения короля, написал его величеству, напоминая, что религиозные обязанности правителя накануне решающей битвы за спасение истинной веры во Франции лежат в несколько иной плоскости. Когда отшельник опомнился и собрался сыграть активную роль, напомнив, что у французов есть монарх, люди уже в открытую игнорировали его. Париж, самый стойкий из бастионов католичества во Франции, создал собственную лигу под управлением совета «Шестнадцати», по числу округов Парижа. Для большинства горожан столицы в Париже был лишь один король — герцог де Гиз.
События еще больше осложнились для Екатерины, когда ее бывшая невестка, Мария Стюарт, превратилась в католическую мученицу. В октябре 1586 года в замке Фотерингэй королеву Шотландскую судили и обвинили в измене из-за участия в заговоре Бэбингтона против Елизаветы I — Мария верила, что так она обретет английский трон. Несмотря на то, что Елизавету долго мучила необходимость решить судьбу пленницы и страхи, как бы в католическом мире не подумали, будто «королева-девственница с радостью пролила бы кровь даже своей близкой родственницы», все же щадить ее было нельзя, «ибо это наточило бы клинок, что вонзится в мое же горло».
Екатерина, потрясенная приговором, в ноябре 1586 года отправила в Англию Бельевра умолять о милосердии. Мария же написала Елизавете, благодаря ее за «счастливые вести», хотя и намекая: в ином мире королеве Англии придется ответить за свои поступки. Не обращая внимания на готовность Марии «покинуть этот мир», Бельевр героически сражался за ее жизнь и смог добиться от Елизаветы отсрочки казни на двенадцать дней. Генрих писал Елизавете Английской, что воспримет казнь Марии как «личное оскорбление», но Елизавета была не робкого десятка. Она отвечала французскому королю: «подобная мера для меня — лишь кратчайший путь покончить с недоразумением».
Екатерина не была горячей поклонницей Марии Стюарт и осуждала ту жестокость, которую проявляла ее бывшая невестка будучи шотландской королевой. В частности, Екатерину привело в бешенство убийство в 1567 году лорда Дарнли, это «ужасное, отвратительное и более чем странное событие, произошедшее против воли короля и оскорбляющее его величие». Королева-мать потребовала, чтобы ее бывшая невестка продемонстрировала миру свою невиновность, угрожая, что, «если та не исполнит свое обещание отомстить за убийство короля, то они [Валуа] не только сочтут ее обесчещенной, но и станут ее врагами». Спустя почти двадцать лет взгляды Екатерины не изменились: она не допускала даже мысли, что один монарх может казнить другого. Екатерина предвидела, какую реакцию смерть бывшей королевы Франции может вызвать в семействе Гизов и вообще у французских католиков. В смятении она писала Бельевру: «Я более всего скорблю о том, что вы уже ничего не смогли сделать для бедной королевы Шотландии. Никогда еще не было так, чтобы одна королева могла судить другую, попросившую у нее убежища, как она сделала, когда бежала из Шотландии».
Марию казнили 18 февраля 1587 года. Екатерина узнала об «ужасной смерти бедной королевы шотландцев» из донесения Бельевра, когда возвращалась в Париж после долгой и бесполезной поездки в Пуату. Ее первой реакцией стало глубокое горе и гнев из-за того, что воззвание Генриха осталось без ответа. Прибыв в столицу, она еще и встревожилась, обнаружив, как католические священники подогревают в народе возмущение, называя смерть Марии религиозным подвигом, ибо она стала жертвой иностранной королевы-еретички.
Поползли слухи, будто разгневанная толпа угрожает Генриху, обвиняя его в том, что якобы он приложил руку к казни Марии. Дабы чувствовать себя вне опасности, он увеличил штат своих телохранителей и, надеясь успокоить население, велел двору надеть траур. 13 марта в соборе Нотр-Дам отслужили заупокойную мессу. Жуайез и д'Эпернон вернулись в Париж в то же самое время, и представители Лиги опасались, что их присутствие «наполнит короля отвагой». Жуайез за время своего отсутствия дискредитировал себя в глазах короля, ибо, по слухам, начал поддерживать Гизов.
Теперь, когда Мария была мертва, Филипп II Испанский решил, что поведет войну с английской королевой, правда, гибкой во взглядах, но все же еретичкой, дабы на беспокойных островах восстановилась единая Истинная Вера. Он начал готовиться к грандиозному вторжению. Герцог Пармский, губернатор Испанских Нидерландов, получил инструкции подготовить все необходимое для морских и сухопутных сражений. В то же время Филипп требовал, чтобы Гиз, ныне его клиент и союзник Испании, решительно двигался к победе над Наваррским и французскими протестантами. Планируя использовать французские порты на Ламанше, чтобы атаковать англичан, Филипп нуждался в послушной Франции под контролем католиков, прежде чем приступить к своему «великому предприятию». Войну трех Генрихов пора было разжечь как следует.
Уловки, перестрелки и вялые баталии с периодическим преимуществом то одной, то другой стороны, чуть ли не по предварительной договоренности, отличали поначалу эту войну смешанных сил и противоестественных союзов. Теперь ей предстояло стать настоящей. Оставив Екатерину отвечать за дела в государстве, 12 сентября Генрих покинул столицу во главе армии, держа путь в долину Луары, где должен был перехватить рейтаров из Германии, идущих на помощь королю Наваррскому. Королева-мать, сразу помолодевшая, кинулась собирать снаряжение и оружие для войск сына. Никогда она не была более счастлива, чем в моменты наивысшего напряжения всех своих сил, осматривая фортификации и береговые оборонительные сооружения на случай нападения с моря. Ее неутомимые хлопоты приносили заметные результаты, несмотря на ограниченность ресурсов.
20 октября 1587 года, в битве при Кутра, Генрих Наваррский наголову разбил войска герцога де Жуайеза, который погиб в этом бою. Гиз одержал две победы над рейтарами — в Вимори (26 октября) и Оно (24 ноября), хотя к этому времени наемники уже отступали, подкупленные королем и давшие обещание покинуть территорию Франции. Гиз в ярости жаловался испанскому послу: «Эпернон не только встал между рейтарами и мной, он также дал им денег… да еще тысячу аркебузиров из собственной гвардии короля, и десять отрядов стрелков, чтобы прикрывать их отступление. Странно, что католическим силам приходится платить еретикам за тот ущерб, который они нанесли Франции. Каждый добрый француз должен почувствовать гнев». Екатерина видела вещи в совершенно ином свете и писала маршалу Матиньону, воодушевляя его: «Теперь мы должны благодарить Господа за помощь нам в таком деле, ибо это настоящее чудо, показывающее, что Он любит короля и королевство».
