За самого Климента назначили выкуп почти в полмиллиона дукатов — сумму, превышающую его годовой доход. Чтобы собрать эти деньги, он приказал своему ювелиру, Бенвенуто Челлини, находившемуся в осажденном замке месте с ним, соорудить печь и переплавить на золото папские тиары, которые ему удалось захватить с собой. В соборе Святого Петра были устроены конюшни, проводились шутовские церковные службы, а предводитель лютеран-мародеров приготовил шелковый шнур с петлей на конце, дабы вздернуть Климента. Иконоборческое разграбление Священного Города потрясло весь цивилизованный мир. Лишь через семь месяцев голод и эпидемия чумы выкурили мародеров из Рима, где они оставили после себя зловонные руины. Когда Рим был охвачен грабежами и разбоем, во Флоренции начался бунт. При помощи подоспевшей императорской армии режим Пассерини и Медичи был легко свергнут.
Теперь положение Екатерины стало совершенно неопределенным. 11 мая 1527 года до Флоренции докатились слухи об ужасах, творящихся в Риме. Во дворце Медичи на улице Ларга восьмилетняя девочка осознала, что это катастрофа. Ее тетка, Клариче Строцци, которую многие считали главой семьи, обрушилась на Пассерини, обозвав его никудышным правителем и вспыльчивым идиотом. Досталось от нее и Алессандро с Ипполито: по мнению тетки, они позорили имя Медичи, коего им посчастливилось быть удостоенными.
А тем временем напоминавшая потревоженный пчелиный рой толпа ворвалась в ворота дворца Пассерини. Юношам Медичи удалось скрыться лишь благодаря связям оборотистой Клариче с новым режимом. Будучи истиной дочерью семьи Медичи, она уже она успела заключить соглашение с его представителями. Пассерини немедленно воспользовался этой возможностью и покинул Флоренцию 17 мая вместе с Ипполито и Алессандро, бросив женщин на произвол судьбы. Екатерина и ее тетка остались лицом к лицу с восставшими. Новые правители Флоренции кипели от ярости, когда сообразили, что младшим Медичи удалось улизнуть, не выполнив своих обязательств. Упускать из рук Екатерину, оставшуюся единственной заложницей, они не намеревались.
Было решено отправить девочку в монастырь Св. Лючии на улице Сан-Галло, известный своей враждебностью в отношении семейства Медичи. Клариче выразила шумный протест, взывая к Бернардо Ринуччини, командиру большого отряда, присланного за ее племянницей. Она с племянницей находилась в то время в Поджио-а-Кайано, красивой загородной вилле Медичи, куда ей удалось скрыться, спасая девочку от разъяренных горожан. Но яростные крики и мольбы Клариче не возымели никакого действия и не спасли ребенка от заточения на три долгих года в монастырь, более всего напоминавший тюрьму.
В монастыре жизнь Екатерины постоянно подвергалась угрозам того или иного рода в зависимости от развития событии на политической арене. Малышка вела печальную жизнь в скромной келье, пока в декабре 1527 года не пришел приказ перевезти ее в монастырь Св. Екатерины Сиенской, также находящийся во Флоренции. Когда французский посол навестил девочку там, он обнаружил ее в убогом сарае и потребовал, чтобы ребенка немедленно перевели в другое помещение. Заручившись разрешением флорентийской Синьории, посол добился перевода девочки в более подходящие условия в монастыре Санта-Мария Аннунциата делле Мурате (буквально: «за стенами»).
Закутанную в покрывало Екатерину перевезли в Мурате глубокой ночью 7 декабря 1527 года. Стены лишали ее свободы, но в то же время и защищали от враждебного окружающего мира. Флорентийцами овладела глубокая ненависть к Медичи, и они старались уничтожить все, напоминавшее об этой семье. В разгар этих беспорядков и смуты была испорчена статуя Давида работы Микеланджело — фигура лишилась левой руки, когда в нее бросили камень. Но Екатерина по-прежнему оставалась ценной разменной фигурой для Синьории, поэтому о жизни девочки так или иначе заботились.
Отличавшийся лояльным отношением к Медичи, монастырь Мурате служил своего рода школой для молодых девиц, где юные аристократки получали образование и обретали соответствующие манеры. Пожилые дамы, уставшие от мирских забот и волнений, также нередко находили пристанище в его стенах.
Как свидетельствуют просьбы о воспомоществовании и записи о выдаче пособий, датируемые периодом между 1524 и 1527 годами, поступившие к кардиналу Армеллино, папскому казначею при Льве X, а затем при Клименте VII, монастырь регулярно оказывал поддержку семье Медичи. Одна из монахинь вспоминала о прибытии Екатерины: «Магистраты передали ее нам, и мы были счастливы приютить сиротку, исполняя обязательства перед ее семьей. Хотя она могла быть заражена чумой, мы приняли ее <…> Однажды, в два часа ночи, целая банда доставила это дитя к воротам монастыря, и все монахини, отринув страх, собрались вокруг нее. Слава Богу и Святой Деве, никто не был ранен. Герцогинюшка пробыла у нас три года». Затем она продолжала: «И была она добра несказанно и отличалась изысканностью речи, ведь ее растили две женщины».
Аббатиса была крестной матерью Екатерины. Теперь она позаботилась о том, чтобы у крестницы была удобная и просторная келья. Ту, в которой она поместила Екатерину, прежде занимала овдовевшая родственница и тезка девочки — Екатерина Риарио Медичи. Обласканная монахинями, многие из которых сами происходили из знатных семей, обездоленная сирота нашла здесь тихий уголок, где спасалась от жестокого мира и многому научилась у добрых женщин. Ее грациозная осанка, изумительные манеры, способность очаровать собеседника — все эти черты личности Екатерины, превратившиеся позже в грозное оружие, по-видимому, сложились именно в то время. Один историк напишет: «В Мурате произошло формирование Екатерины — воинствующей защитницы религии». Здесь же она изучила все традиции и церковные обряды, которым впоследствии всегда отдавала должную дань.
Одна из монахинь, сестра Никколини, описывала ее как «милую малышку <…> с такими грациозными манерами <…> что все вокруг любили ее», и добавляла: «была она столь ласковой и милой, что сестры на все были готовы, лишь бы уменьшить ее скорби и печали». Другая упоминает о «прекрасном поведении» девочки. Неудивительно, что обитательницы монастыря готовы были костьми лечь за «герцогинюшку». Смерть продолжала забирать дорогих Екатерине людей. Заменившая ей мать неутомимая защитница и опекунша Клариче Строцци умерла 3 мая 1528 года. Французский посол оставался теперь единственной опорой юной Екатерины, и он старался обеспечивать ее благополучие изо всех сил. После визита к девочке посол писал ее дяде, герцогу Олбани, женатому на тетке Екатерины с материнской стороны: «Ваша племянница содержится в монастыре в хороших условиях, но ее редко навещают, а представители флорентийской Синьории охотнее спровадили бы ее в загробное царство. Она ждет, что вы пошлете подарки из Франции синьору Феррари. Могу вас заверить, что вы вряд ли встречали кого-либо в ее возрасте, кто был бы столь чувствителен к добру и злу».
К 1528 году французские войска потерпели ощутимое поражение и покинули Италию. Поэтому Климент VII решил обратиться к Карлу V с мирной инициативой: «Я передумал и хочу теперь стать поборником Империи и оставаться таковым до конца моих дней». 20 июня 1529 года был заключен Барселонский договор между Климентом VII и Карлом V В нем Климент обязался короновать Карла короной Священной Римской империи, а тот взамен обещал вернуть дому Медичи влияние во Флоренции и свою поддержку. Коронация действительно состоялась в Болонье 24 февраля 1530 года; Карл V стал последним императором, коронованным папой римским. Договор также подразумевал брак между незаконнорожденным сыном Климента, Алессандро, и внебрачной дочерью Карла, Маргаритой Австрийской. Французы, в свою очередь, подписали мирный договор с Империей 3 августа 1520 года в Камбрэ, прозванный «La Paix de Dames» («Дамский мир»), так как в заключении договора участвовали мать Франциска I, Луиза Савойская, и тетка императора Маргарита, регентша Нидерландов. Когда события начали складываться в пользу Климента VII, экстремистски настроенные горожане, сменившие умеренных правителей Флоренции времен начала восстания, решили, что «загробное царство» для Екатерины можно и приблизить. Убив ее, они навсегда покончили бы с матримониальными замыслами папы.
