Менее удачно для Байиннауна проходила кампания в Лаосе. В первых сражениях (при Пак Уй и Мыонг Кем) бирманские войска потерпели поражения. Только когда после падения Аютси Байиннаун прибыл в Лаос с новым войском, бирманцам удалось форсировать Меконг и занять лаосскую столицу Вьен-тян. Но большая часть населения во главе с королем Сеттатира-том ушла в джунгли. Началась ожесточенная партизанская война. Войска Байиннауна тщетно гонялись за неуловимым противником. В разгар этой изнурительной кампании в конце 1564 г. Байиннаун получил известие о грозном восстании монов в столице его империи Пегу [38, с. 92–93; 88, с. 38–39; 146, с. 177].
В Пегу в это время было согнано много монских крестьян, а также 20–30 тыс. шанских и сиамских пленных для строительных работ. Байиннаун хотел, чтобы его столица была достойна его звания Чакравартина. 1564 год в Бирме был неурожайным, страну охватил голод. Особенно плохо приходилось строителям Пегу, жалкий паек которых прикарманивали чиновники. Достаточно было искры, чтобы произошел взрыв. Характерно, что во главе восстания 1564–1565 гг. встал не мон, а шанский военнопленный Бинья Чжан [88, с. 46]. Иными словами, это движение переросло рамки узконационального движения монов, это было восстание всех угнетенных империи Байин-науна. Характерно и то, что во главе феодалов, выступивших на подавление восстания, вплоть до возвращения бирманского короля из Лаоса, также встал не бирманец, а шан, бывший король Авы Мобье Нарапати, еще в 1552 г. добровольно перешедший на сторону Байиннауна [88, с. 38]. Таким образом, раздел между восставшими и карателями проходил не по национальной, а по классовой линии.
В первый день восстания Пегу оказалось в руках монских крестьян и шанско-сиамских пленных. Дворцы и храмы, на строительстве которых их так нещадно эксплуатировали, запылали. Растерявшиеся придворные едва успели вывезти королевский гарем и готовились к эвакуации двора в Таунгу. В этот момент экс-король Мобье Нарапати вызвался поехать на разведку в город с несколькими спутниками. Вернувшись, он сказал: «Это же просто невооруженная толпа» [88, с. 46], и, наведя порядок в феодальных дружинах, выступил на подавление восстания. Ему удалось вытеснить повстанцев из Пегу, но восстание перекинулось на периферию и охватило всю Нижнюю Бирму. Мобье Нарапати нанес еще несколько поражений отдельным отрядам повстанцев, но погасить растущий пожар восстания он не смог [88, с. 38].
Байиннаун, недооценивший размеры бедствия, послал в. Нижнюю Бирму только 800 гвардейцев при 6 слонах, поручив им произвести разведку. Этот отряд был почти целиком истреблен повстанцами, кое-кого взяли в плен, а командира казнили. Тогда Байиннаун направил на юг губернатора Сириама Байян-камаина с войском в 50 тыс. человек в сопровождении 600 боевых слонов. Бинья Чжан вышел к ним навстречу с главными силами повстанцев и дал бой. Королевские войска в этом сражении одержали верх. Бинья Чжан был убит, но это отнюдь не означало конца восстания, повстанцы отступили в дельту Иравади [88, с. 39].
Узнав об этом, Байиннаун решил оставить лаосский фронт и в июне 1565 г. прибыл с войском в Пегу. Увидев сожженные повстанцами храмы, монастыри и дворцы столицы, король пришел в ярость. Он двинул свои войска форсированным маршем в дельту Иравади, и, как подчеркивает бирманская летопись, сам шел пешком впереди своегб войска (поступок неслыханный для монарха, которому подобает воевать только верхом на слоне) [88, с. 40].
У города Далла Байиннаун настиг повстанцев и разбил их наголову, 7 тыс. человек было взято в плен. Свою победу над восстанием бирманский король решил отметить неслыханной казнью. Всех пленных, вместе с их женами, арестованными позднее, он приказал отвезти в Пегу, поместить там в большие бамбуковые клетки и сжечь живьем. Но в последнюю минуту он отменил свое решение благодаря коллективной просьбе монских, бирманских и шапских монахов и ограничился казнью 70 вождей восстания [88, с. 40; 146, с. 177]. Буддийское духовенство, видимо, трезво рассудило, что такая неслыханная расправа может вызвать новые волнения и крестьяне снова станут жечь монастыри.
На несколько лет положение в Бирме стабилизовалось. Сожженные строения Пегу были восстановлены, в апреле 1568 г. состоялась торжественная церемония открытия вновь отстроенного королевского дворца. В ней участвовали четыре пленных короля (Сиама, Чиангмая и два короля Авы). Все эти короли и другие крупные феодалы, содержавшиеся заложниками в Пегу, также получили подобающие их рангу жилища. Байиннаун очень заботился, чтобы знать, даже пленная, выглядела импозантно в глазах простого народа [88, с. 49].
Вскоре в Пегу в результате большого наплыва людей и нового неурожая опять начался голод. Корзина риса стоила 500 медных тикалей [88, с. 50]. На этот раз Байиннаун принял энергичные меры против голода: наказал чиновников, скрывающих зерно, и, чтобы добыть рис, даже в Лаос направил 20-тысячную армию [88, с. 50–51].
Желая возможно больше разгрузить Пегу, Байиннаун разрешил сиамскому королю Маха Чакрапату со свитой вернуться в Сиам для «поклонения отчим святыням». Но тот, едва достигнув Аютии, сбросил монашескую рясу, которую он носил в Пегу, и снова сел на трон. Так началась третья бирмано-сиамская война [146, с. 169].
В декабре 1568 г. бирманские войска совместно с войсками правителя Питсанулока Маха Таммарачи снова осадили Аютию [115, с. 69]. В следующем месяце умер престарелый Маха Чакрапат и королем вновь стал его сын Махин — бездарный дипломат и такой же военачальник. Фактически обороной столицы руководил талантливый генерал Пья Рам. Под его руководством гарнизон Аютии оказал бирманцам упорное сопротивление. Бирманцы построили вокруг Аютии насыпи выше стен города, поставили на них пушки и начали бомбардировку. Штурмы следовали один за другим, но сиамцы стойко защищались. Потери при штурмах были так велики, что бирманские солдаты укрывались за горами тел своих товарищей. Раздраженный Байиннаун казнил десятки своих офицеров за недостаток усердия. Ближайший друг и соратник бирманского короля губернатор Сириама Байянкамаин был казнен за критику бессмысленных штурмов [13, с. 86; 146, с. 169].
Тогда Байиннаун решил прибегнуть к хитрости. Он заявил, что снимет осаду, если Махин выдаст ему генерала Пья Рама. Махин тут же пожертвовал своим полководцем и выдал его бирманцам в цепях. Байиннаун не стал казнить Пья Рама. Напротив, он осыпал его милостями и приобрел нового способного генерала [13, с. 86; 88, с. 59].
Положение Аютии ухудшилось, но в этот момент у сиамцев вновь появилась надежда. В мае 1569 г. из-за Меконга появилась шедшая на помощь 30-тысячная армия лаосского короля Сеттатирата с 1 тыс. боевых слонов. Армия Сеттатирата разгромила внезапной атакой под Лопбури высланный ей навстречу 40-тысячный бирманский корпус и была уже в нескольких десятках километров от Аютии. Тогда Байиннаун направил к Сеттатирату Пья Рама с подложным письмом якобы от Махина. Лаосский король не знал еще, что Пья Рам тепепь служит бирманцам, и попал в устроенную ему засаду. Лаосцы потеряли 20 тыс. убитыми и 5 тыс. пленными. Потеряна была и треть слонов. Сеттатират, однако, сумел вывести из окружения примерно половину своего войска и ушел в Лаос [88, с. 64].
Аютия больше не могла рассчитывать на помощь. Но и бирманская армия была сильно истощена и терпела большие лишения, особенно после того как начался сезон дождей. Байиннаун тогда снова прибегнул к хитрости. Соблазнив большой наградой пленного сиамского вельможу Пья Чакри, он убедил его вернуться в Аютию под видом беглеца из плена. К этому времени король Махин казнил последнего умелого полководца — своего брата, принца Си Сиварачу. Пья Чакри получил пост командующего обороной столицы. В ночь на 30 августа 1569 г. он поставил патриотов в местах, недоступных для штурма, а в наиболее уязвимых местах разместил своих приверженцев и впустил бирманцев в Аютию. Город был подвергнут полному разграблению. Если верить сообщению бирманской летописи, каждый солдат из 54 полков, осаждавших Аютию, получил один, а то и два вьюка одежды, расшитой золотом и серебром [88, с. 68].