Потери немецкого подводного флота были и в первые годы войны достаточно высокими, однако к маю 1943 года они возросли до 35 процентов от общего числа находившихся в море подводных лодок. От действий в Северной Атлантике подводному флоту пришлось отказаться почти полностью, поэтому подводная война продолжалась главным образом там, где встреча с большим количеством самолетов противника была наименее вероятной. Основные районы действий подводных лодок переместились к берегам Африки, Центральной и Южной Америки, а также в центральную часть Атлантического океана. Значительно больше стало высылаться их и в Индийский океан. Благодаря использованию подводных лодок, специально предназначенных для снабжения лодок боевых, последние могли не выходить из контролируемых ими районов. Боевые подводные лодки получили возможность пополнять запасы торпед, боеприпасов, горючего, продовольствия, питьевой воды и прочего непосредственно в открытом море, не возвращаясь на свои базы. Подобным же образом заболевшим и раненым оказывалась и квалифицированная медицинская помощь.

После своего назначения на пост главнокомандующего немецкими военно-морскими силами гросс-адмирал Дениц продолжал по совместительству выполнять и функции командующего подводным флотом. Он считал, что к осени 1943 года отечественному подводному флоту снова удастся поставить противника в критическое положение. Свои надежды он строил на введении «шнорхеля» — длинной трубы, через которую воздух проникал внутрь подводной лодки, что позволяло ей идти на дизель-моторах даже в погруженном состоянии, если, конечно, глубина погружения не превышала длины «шнорхеля». Для того же, чтобы противник не мог своими радиолокаторами засечь подводную лодку по ее «шнорхелю», последний имел оболочку из губчатой резины. Дениц рассчитывал также на использование улучшенных торпед типа «Цаункениг» («Крапива»), предназначенных для борьбы с эсминцами и мелкими кораблями, а также акустических торпед и торпед с циркуляцией, предназначенных против крупных кораблей и судов. Учитывалось и влияние дальнейшего совершенствования зенитного вооружения подводных кораблей. Эти надежды Деница оправдались далеко не полностью; правда, потери подводных лодок значительно сократились, но количество потопленных судов противника продолжало оставаться недостаточным. Тогда встал вопрос о применении таких средств, которые позволили бы увеличить скорость подводных лодок в погруженном состоянии и посредством отклонения или поглощения направленных импульсов радиолокатора исключить возможность засечки субмарин на поверхности моря. Последняя проблема была уже разрешена в лабораторных условиях, однако для практического использования сделанное открытие до самого конца войны оставалось неприменимым. Что касается первой проблемы — увеличения скорости подводных лодок в погруженном состоянии, — то к этому вопросу мы еще вернемся. В начале 1943 года число спускаемых противником на воду новых судов сравнялось с количеством судов, уничтожаемых немецкими подлодками. Осенью того же года все потери, понесенные торговым флотом противника от подводной войны, оказались уже восполненными.

Используя для транспортировки морем войск и грузов быстроходные транспорты, противник мог теперь даже отказаться от системы конвоев. В частности, перевозки в Россию стали осуществляться одиночными судами, развивавшими скорость порядка 16 узлов. В результате подобных мероприятий потери противника в торговом тоннаже беспрерывно снижались и к концу года составляли лишь 100 тыс. брт в месяц.

Еще в 1941 году одна флотилия итальянских подводных лодок, предназначенных для действий в Атлантическом океане, была перемещена в Бордо. Это позволило значительно сократить каждый выход на задание в Атлантику, а также избавиться от постоянно увеличивавшихся потерь при прорыве подводных лодок через Гибралтар. Итальянская флотилия в меру своих сил всячески поддерживала действия своих немецких братьев по оружию в битве за Атлантику. Даже после перехода итальянского правительства Бадольо на сторону противника эта флотилия еще некоторое время продолжала действовать на стороне Германии.

За 1943 год наибольших успехов в подводной войне добился капитан 3 ранга Лют, на боевом счету которого числилось немалое количество потопленных судов противника (264 тыс. т). За свою смелость он получил внеочередное повышение в чине и был награжден высшим немецким орденом — Рыцарским железным крестом. Не менее успешными были и действия подводных лодок капитан-лейтенантов Лассена и Мора; последний, помимо большого числа торговых судов (200 тыс. брт), пустил ко дну легкий крейсер противника «Данедин». Значительных результатов добились и капитан-лейтенанты фон Бюлов, Генке, Гизае, Эммерман, Бранди и Гуггенбергер.

В сентябре 1943 года на острове Шпицберген был высажен небольшой немецкий десант, в задачу которого входило разрушение находящихся там угольных шахт, а также радиостанций, метеостанций, портовых сооружений и перегрузочных устройств, расположенных в Ис-фьорде. Немецкие военные корабли быстро подавили имевшиеся на острове укрепления и, после того как высаженные там войсковые части выполнили свои задачи, благополучно доставили их обратно.

20 июля 1943 года русские предприняли попытку высадить десант в Северной Норвегии, в районе Вардё, однако благодаря объединенным усилиям всех видов немецких вооруженных сил эта попытка была отражена.

Немецкие минные заградители между тем продолжали ставить минные заграждения на подходах к советским портам Северного Ледовитого океана, подвергаясь частым атакам со стороны самолетов и торпедных катеров противника. Таким же налетам подвергались и немецкие конвои, направлявшиеся в основные базы данного района: Вардё, Киркенес и Петсамо. Но, как правило, потери немцев от этих налетов оставались весьма незначительными, а все поставленные задачи всегда выполнялись.

Весной 1943 года, сразу же после окончания ремонта, линкор «Шарнхорст» был перебазирован в самые северные фьорды Норвегии. Вместе с линкором «Тирпиц» и 8–10 эсминцами он должен был нападать на ставшие сравнительно редкими конвои противника. Присутствие немецких кораблей в этом районе мешало англичанам перебросить действовавшие здесь линкоры в Средиземное море или на Дальний Восток, поэтому они стали прилагать все усилия для ликвидации возникшей угрозы.

Здесь, на Севере, для борьбы с «Тирпицем» англичане впервые применили подводные лодки-малютки, которые были доставлены к берегам Северной Норвегии на буксире. 22 сентября 1943 года 4 такие подводные лодки проникли в Альта-фьорд. Двум из них удалось пройти еще дальше, в узкий Каа-фьорд, где на якоре стоял «Тирпиц», прикрытый противоторпедными сетевыми заграждениями. Обоим экипажам сопутствовала удача, так как вход в огражденный участок оказался как раз открытым. Подводники нашли в себе достаточно мужества воспользоваться представившейся неповторимой возможностью. Той и другой лодке удалось подвести свои подрывные заряды под корпус немецкого корабля. Два сильных взрыва потрясли линкор. В средней его части образовалась огромная подводная пробоина. Количество ворвавшейся внутрь корабля воды было сравнительно невелико, но при взрыве пострадали многие чувствительные механизмы, и в частности приборы управления огнем. Второй подрывной заряд причинил тяжелые повреждения ахтерштевню и кронштейнам гребного вала, что лишило линкор способности двигаться. В Норвегии не было ни одного дока, способного принять для ремонта корабль таких гигантских размеров. Отвести же поврежденный линкор в Германию было опасно, так как в этом случае, имея скорость не более 3 узлов и будучи неспособным ни к какому маневру, он, разумеется, мог сделаться легкой добычей англичан. В связи с этим было принято решение произвести ремонт на месте, вызвав для этого плавучую мастерскую и применив кессоны. Таким образом, на ближайшие полгода «Тирпиц» полностью выходил из строя.

После атаки экипажи подводных лодок-малюток затопили свои корабли, а сами сдались в плен. Затопленные подводные лодки немцами впоследствии были подняты.