Указ был подписан царем ввиду единогласного положительного заключения по нему всего состава Комитета министров вместе с приглашенными в его заседания лицами. Помимо указа о веротерпимости были приняты некоторые частные меры в том же направлении, например свобода применения украинского языка. Тем не менее заседания Комитета по выполнению указа 12 декабря 1904 года были председателем свернуты ввиду их малой полезности. Реформы не пошли, поскольку ни одно из созданных особых совещаний не оказалось в достаточной мере продуктивным. За исключением одного, возглавлявшегося самим С. Ю. Витте. Речь идет об Особом совещании о нуждах сельскохозяйственной промышленности.

Инициатива разработки программы нового аграрного курса исходила от С. Ю. Витте. Как он сам признавался, в начале министерской карьеры его знакомство с крестьянским вопросом было крайне поверхностным. Имелись у него и некоторые иллюзии в отношении крестьянской поземельной общины. Это действительно так. В 1893 году С. Ю. Витте ратовал за неотчуждаемость крестьянских надельных земель и рассуждал о тех выгодах, которые крестьянству доставляет поземельная община. Но уже вскоре он стал говорить о необходимости срочно заняться крестьянским вопросом во всей его совокупности.

Все осложнялось тем, что крестьяне с их проблемами подлежали ведению Министерства внутренних дел, а оно из соображений удобства управления ими считало за благо защищать общину от всяческих на нее покушений. Крестьянская поземельная община министерству представлялась «…чем-то вроде стада, хотя и не животных, а людей, но людей особенного рода, не таких, какие „мы“, а в особенности дворяне» ²¹. Пасти это человеческое стадо надлежало земским начальникам.

Законопроект о земских участковых начальниках явился настолько ретроградным, что при прохождении через Государственный совет он получил только 13 голосов; 39 были поданы против. Даже К. П. Победоносцев и тот вошел в оппозицию. Но император Александр III утвердил мнение не большинства, а меньшинства Госсовета. «Соглашаясь со мнением 13 членов, желаю…» — гласила высочайшая резолюция, превратившая 12 июля 1889 года законопроект в закон. С введением института земских начальников «…явился режим, напоминавший режим, существовавший до освобождения крестьян от крепостничества, но только тогда хорошие помещики были заинтересованы в благосостоянии своих крестьян, а наемные земские начальники, большей частью прогоревшие дворяне и чиновники из высшего образования, были больше всего заинтересованы в своем содержании» ²².

Попытку своего кумира возродить и укрепить принцип «стадного» управления крестьянами С. Ю. Витте считал ошибкой, но ошибкой извинительной, поскольку она происходила от доброй совести и большой души. «Император Александр III относился глубоко сердечно ко всем нуждам русского крестьянства в частности и русских слабых людей вообще. Это был тип действительно самодержавного монарха, самодержавного русского царя; а понятие о самодержавном русском царе неразрывно связано с понятием о царе как о покровителе, печальнике русского народа, защитнике русского народа, защитнике слабых, ибо престиж русского царя основан на христианских началах: он связан с идеей христианства, с идеей православия, заключающейся в защите всех слабых, всех нуждающихся, всех страждущих, а не в покровительстве нас, которым Бог дал по своему рождению нашему или вообще благодаря каким-нибудь благоприятным условиям особые привилегии, т. е. нас, русских дворян, и в особенности русских буржуа, которые не имеют того хорошего, того благородного, что встречается во многих русских дворянах, но зато в избытке имеют все то нехорошее, что дают излишества жизни, обесценение ценности чужого труда, а иногда и чужого сердца» ²³.

Земские начальники назначались министром внутренних дел только из числа потомственных дворян. Они наделялись правом по собственному усмотрению назначать и смещать лиц сельской администрации; штрафовать и арестовывать крестьян; подвергать их наказаниям, в том числе и телесным. Деревенский мировой суд был упразднен, судить крестьян стали все те же начальники. Подобно помещикам при крепостном праве они соединили в себе административную и судебную власть над крестьянским миром.

Когда в 1895 году С. Ю. Витте попытался склонить министра внутренних дел к ограничению их судебных полномочий, И. Н. Дурново, неглупый и неплохой человек, категорически заявил ему, что у него скорее руки отсохнут, нежели он подпишет какое бы то ни было постановление, умаляющее власть земских начальников.

Некоторые надежды С. Ю. Витте связывал с Иваном Логгиновичем Горемыкиным, сменившим И. Н. Дурново на посту главы Министерства внутренних дел. В бытность свою товарищем министра юстиции И. Л. Горемыкин категорически высказывался против положения о земских начальниках. Став министром внутренних дел, он резко переменил фронт и в присутствии С. Ю. Витте грубо оборвал А. А. Рихтера, когда тот предложил начать работы по крестьянскому вопросу с изменения положения о земских начальниках. И. Л. Горемыкин сказал, что он никогда этого не допустит. А. А. Рихтер был высоко ценимым С. Ю. Витте знатоком крестьянского вопроса.

Невзирая на настойчивые призывы с разных сторон, молодой император не спешил с реформами в деревне, хотя, как писал С. Ю. Витте, «…не нужно было иметь ни много ума, ни дара пророчества, чтобы понять, что, с одной стороны, в этом заключается вся будущность Российской империи… с другой — в неправильном и пренебрежительном отношении к этому вопросу кроется ядро всяких смут и государственных переворотов» ²⁴.

От своего намерения сдвинуть с места решение крестьянских дел во всей их совокупности С. Ю. Витте не отступился. В 1898 году он предложил назначить для рассмотрения крестьянского вопроса «…особую комиссию с исключительными полномочиями, которая могла бы заняться крестьянским вопросом, памятуя, что этим путем был разрешен крестьянский вопрос и в 60-х годах». Комитет министров поддержал С. Ю. Витте своим решением, но император оставил его без движения, повелев ждать «высочайших указаний» ²⁵. Не успокоившись, в октябре того же года С. Ю. Витте направил императору собственноручное письмо. Суть этого послания заключалась в предложении сделать из крестьянина «персону», поскольку в теперешнем своем виде он был «полуперсона» и рассматривался значительной частью русского благородного дворянства как нечто среднее между человеком и волом. Копию письма С. Ю. Витте сохранил в своем архиве и впоследствии поместил в качестве приложения к «Воспоминаниям». Никакой реакции на письмо не последовало.

В 1901 году, в связи с сильным торгово-промышленным и сельскохозяйственным кризисом, перед царем был вплотную поставлен вопрос о причинах упадка крестьянских хозяйств губерний земледельческого центра. Дальше тянуть было нельзя — 16 ноября 1901 года, на основании всеподданнейшего доклада министра финансов императору, по высочайшему повелению была учреждена «Комиссия по исследованию причин оскудения земледельческого центра». Председателем комиссии был назначен товарищ министра финансов тайный советник Владимир Николаевич Коковцов.

Комиссия была укомплектована в соответствии с представлениями С. Ю. Витте о том, как следует готовить решения по крупным народно-хозяйственным проблемам. В нее вошли 15 представителей различных ведомств, в том числе видные чиновники Министерства финансов и Министерства земледелия В. И. Покровский, М. П. Кашкаров, П. X. Шванебах, управляющий земским отделом МВД В. И. Гурко, а также делегаты от земств скудеющих губерний в числе 19 человек. Комиссия начала заседания только в начале октября 1903 года, когда получила в свое распоряжение необходимый статистический материал. Деятельность «Комиссии центра» получила широкий общественный резонанс главным образом благодаря выступлению земцев.

Комиссия В. Н. Коковцова призвана была решать задачи прикладного характера. Ее занятия не должны были выходить из круга дел, находившихся в компетенции Министерства финансов. Предварительная работа по сбору необходимого статистического материала проводилась Департаментом окладных сборов.