Членами тарифного комитета были, помимо С. Ю. Витте, два представителя от Министерства финансов (В. В. Максимов и В. И. Ковалевский) и по одному от Государственного контроля (H. E. Гиацинтов), Министерства государственных имуществ (А. А. Шульц) и Министерства путей сообщения (Н. Н. Изнар). В. В. Максимов, Н. Е. Гиацинтов, П. М. Романов и В. И. Ковалевский впоследствии сделались ближайшими сотрудниками С. Ю. Витте, когда он сменил И. А. Вышнеградского в должности министра финансов.

Помещение для нового департамента было выбрано на Большой Морской улице, в доме над рестораном Кюба. «Бывало часто, во время вечерних заседаний, в самый разгар прений по какому-нибудь важному вопросу, вдруг врывались в зал заседаний звуки разухабистого мотива, проникавшего из кабинетов, в которых заседала кутящая компания», — вспоминал H. H. Изнар ¹⁴⁹. Тем не менее работа в новом учреждении под руководством переполненного энергией С. Ю. Витте буквально кипела.

Он немедленно приступил к пересмотру хлебных тарифов, введенных совсем недавно Министерством путей сообщения (с 1 октября 1888 года), возглавил выработку новых правил «честной конкуренции» между дорогами по привлечению грузов и решил массу более мелких вопросов. Заседания комитета вели споро, без излишней суеты и пустых разговоров.

По свидетельству H. H. Изнара, «…когда приглашались в заседание представители железных дорог, если кто-либо из них пытался затянуть рассмотрение вопроса излишними разговорами, С. Ю. Витте его останавливал и заставлял близко придерживаться к вопросу. О строгости председателя в этом отношении скоро все узнали, и сами ораторы не рисковали нарываться на замечания с его стороны. Не любил С. Ю. Витте, когда его старались убедить в чем-нибудь статистическими выкладками. На этой почве у него выходили иногда стычки с почтенным М. П. Федоровым, которому он с большим раздражением сказал: „Вы опять, Михаил Петрович, жонглируете цифрами“. При таком составе членов комитета, деловитости и талантливости его председателя работа шла очень успешно, и в короткий срок было внесено на нашей сети много существенных улучшений в тарифное дело» ¹⁵⁰.

Тарифной реформой С. Ю. Витте гордился как своим крупным достижением. Прежде всего он обратил внимание на сельскохозяйственные, и в первую очередь хлебные грузы, которые занимали до 35 % всех грузоперевозок по стране. Для регулирования хлебных тарифов при Железнодорожном департаменте было образовано специальное хлебное отделение. 22 мая 1889 года открылся общий тарифный съезд с участием представителей государственных ведомств, транспортников и грузоотправителей. Хлебное отделение и тарифный комитет провели более 100 заседаний ¹⁵¹.

Новые хлебные тарифы были утверждены на трехлетие (фактически даже больше — с 15 ноября 1889-го по август 1893 года). Плата за перевозку хлебов по всем железным дорогам была резко понижена (до 35 %). Мера эта в советской историографии оценивалась совершенно неправильно — якобы в барышах оставались одни помещики, железные дороги страдали, так как их дефициты росли. На самом деле пониженные тарифы увеличивали грузооборот, наполняли железнодорожные кассы наличными деньгами и, главное, способствовали росту валовой доходности железнодорожных предприятий. Увеличить валовую доходность при малом грузообороте представлялось делом немыслимым. Однако чистая доходность оставалась в целом невысокой по двум причинам: во-первых, часть валовой выручки шла на покрытие дефицитов прежних лет; во-вторых, дорогостоящие промышленные грузы все еще перевозились по русским дорогам в относительно небольшом количестве. Между тем именно они очень сильно влияли на чистую доходность как отдельных обществ рельсовых магистралей, так и всей железнодорожной сети.

Главой департамента С. Ю. Витте пробыл недолго — около трех лет. Вскоре в его карьере наступил очередной крутой поворот.

Назначение С. Ю. Витте управляющим Министерством путей сообщения в феврале 1892 года явилось для него совершенной неожиданностью. Самые смелые ожидания его не простирались далее должности товарища министра. Когда освободилось место главы министерства, никто всерьез не принимал в расчет С. Ю. Витте — чиновника конкурирующего ведомства.

У императора Александра III имелось несколько подобранных кандидатур на замещение должности министра. Они вызывались им поочередно для беседы. Первому претенденту был задан вопрос: кого он намечает себе в товарищи? Была названа фамилия Витте — компетентен, безупречно честен и весьма энергичен. Второй и третий кандидат также пожелали иметь его своей правой рукой. Тогда Александр III, уже ни с кем не советуясь, прямо назначил С. Ю. Витте управляющим министерством ¹⁵².

Известный журналист, главный редактор газеты «Биржевые ведомости» С. М. Проппер находился в кабинете директора Железнодорожного департамента как раз в тот самый момент, когда было получено известие о состоявшемся назначении.

С. Ю. Витте был тогда еще и руководителем комитета помощи голодающим. Для сбора средств выпускалась специальная лотерея; план первого выпуска этой лотереи был уже разработан, встал вопрос о втором выпуске. По этому делу С. М. Проппер и находился в кабинете у С. Ю. Витте. Только они собрались приступить к работе, которая носила строго секретный характер, вспоминал С. М. Проппер, как в кабинет ворвался служащий, держа высоко в руке голубой конверт, надписанный большими буквами «Его превосходительству управляющему Министерством путей сообщения Сергею Юльевичу Витте».

«Я видел, как Витте побледнел, он хотел подняться со своего места, его члены отказывались служить, и он должен был, глубоко вздохнув, опуститься на стул. Дрожащей рукой он взял письмо и долго не открывал конверт. Я хотел поздравить. Движением руки — говорить он еще не мог, — он попросил меня подождать, подошел к иконе в углу комнаты, перекрестился с глубоким поклоном (Витте был очень религиозен), вновь приблизился к столу, перекрестил надпись на конверте, перед тем как вскрыть его, долго читал отношение министра двора с указом императора; прикрыл на некоторое время глаза рукой, и вновь подняв их искрящимися от счастья, он сказал все еще дрожавшим от волнения голосом:

— А сейчас Вы можете меня поздравить. Я назначен управляющим Министерством путей сообщения.

По русскому обычаю мы трижды поцеловались. Между тем в комнате собрались высшие чины департамента. Здесь были оба вице-директора Романов и Якубов, члены Тарифного комитета Ковалевский и Максимов, секретари Зельманов и Циглер фон Шафгаузен, все — сотрудники Витте со времени, когда он был управляющим Юго-Западных железных дорог. Поздравления, объятья, оживленное обсуждение планов на будущее и трудных задач, предстоявших новому министру» ¹⁵³.

Министру путей сообщения полагалась служебная квартира на Фонтанке. Это была не квартира, а целый дворец, пристроенный к зданию министерства, с собственным выходом в прекрасный Юсуповский сад. Ни один другой царский министр не имел такой пышной резиденции. С. Ю. Витте переехал туда на следующий день после назначения. Почти вся ночь прошла в горячих беседах с С. М. Проппером. Они ходили по огромной комнате со сводчатым потолком и роскошными фресками, вступали в длинные коридоры, странствовали по блестящим покоям, спускались в сад. «Ночь была сухой и безветренной и, несмотря на февраль, почти теплой» ¹⁵⁴.

Совсем не планы административных реорганизаций строил новый министр. «Все время Витте развивал свою программу преодоления железнодорожной нужды, помощи голодающему населению, своевременного снабжения голодающего населения посевным зерном. Господа губернаторы о последнем совсем не думали, оставалось лишь несколько недель, чтобы можно было перевести грузы от железнодорожных станций в деревню». Непролазная грязь, как говорил еще император Наполеон, — это в России пятая стихия. «…С приходом оттепели, когда замерзшая земля превратится в грязь, неделями нельзя будет и думать о гужевом транспорте; деревенские жители будут отрезаны от всякого сообщения с железнодорожными станциями, пока солнце вновь не просушит грязь и сельские дороги вновь не станут проезжими» ¹⁵⁵.