В номере журнала «Nature Genetics» за ноябрь 2000 года Питер Андерхилл и его соавторы утверждают, что, по данным исследования Y-хромосомы, ближайший общий предок современного человека по мужской линии обитал в Восточной Африке, откуда переселился в Азию 39 000–89 000 лет тому назад. Для сравнения, данные исследования митохондриальной ДНК показывают, что наша общая прародительница по женской линии покинула Африку 143 000 лет назад. Андерхилл делает простой вывод, что скорость изменений Y-хромосомы и митохондриальной ДНК различны (Bower. 2000a). Но как и в случае с митохондриальной ДНК, никому доподлинно не известна скорость изменений Y-хромосомы. В своей статье в «Science News» Бауэр утверждает: «Новый анализ показал, что участки Y-хромосомы отличаются значительно меньшим числом вариаций, чем участки ДНК, изученные в других хромосомах. Исследователи полагают, что низкий уровень генетических вариаций может являться следствием естественного отбора, то есть, в нашем случае, результатом распространения выгодных мутаций Y-хромосомы после миграции людей из Африки. Ученые признают, что этот сценарий сводит на нет показания молекулярных часов, делая невозможным получение достоверной информации о скорости мутаций путем исследования Y-хромосомы» (Bower. 2000a). Генетик Розалина М. Хардинг из оксфордского медицинского центра Джона Рэдклиффа пишет: «Мы не знаем, как естественный отбор и структура населения отражаются на Y-хромосоме. Я бы не стала делать никаких эволюционных заключений на основе данных [полученных Андерхиллом]» (Bower. 2000a). Андерхилл, к примеру, полагает, что Африка была родиной наиболее позднего общего предка современных людей, поскольку он обнаружил у африканцев наибольшее число вариаций Y-хромосомы. Однако Хардинг отмечает, что эти вариации могли возникнуть не потому, что в Африке обитали первые люди, а потому, что ее население было многочисленнее, чем население других частей мира. Кроме того, генные вариации у людей, живших за пределами Африки, могли сократиться вследствие распространения среди них особенно благоприятных генов. Бауэр пишет: «Если критики правы, Y-хромосомный Адам мог быть исторической, а не доисторической личностью» (Bower. 2000а). Иными словами, люди могли существовать многие миллионы лет назад, а генетические вариации, которые мы наблюдаем сейчас, могут отражать лишь недавние генетические события в этой долгой истории. Более ранние результаты могли просто исчезнуть со временем.

Самые последние исследования Y-хромосомы показывают, что делать однозначные выводы на их основе пока еще рано. Группа китайских и американских исследователей (Ke et al. 2001) взяла образцы у 12 127 мужчин из 163 народностей Восточной Азии и исследовала три маркера Y-хромосомы: YAP, M89 и M130. Согласно полученным данным, три мутации этих маркеров (YAP+, M89T и M130T) возникли в Африке, и их происхождение можно проследить до другой африканской мутации M168T, которая появилась на африканском континенте 35 000–89 000 лет назад. Исследователи обнаружили, что испытуемые из Восточной Азии имели одну из трех африканских мутаций, происходящих от мутации М168Т. Они сочли это указанием на то, что мигрировавшие из Африки народы полностью вытеснили гоминидов – коренное население Восточной Азии. Иначе были бы обнаружены Y-хромосомы, не имеющие этих трех африканских маркеров.

По словам Ке и его соавторов, «было наглядно продемонстрировано, что все Y-хромосомные гаплотипы, обнаруженные за пределами Африки, моложе 39 000–89 000 лет и происходят из Африки» (Ке et al. 2001. P. 1152). Однако они отмечают, что «эти данные очень приблизительны и зависят от нескольких допущений». Эти допущения не были прямо упомянуты в их отчете. Авторы не отрицают возможности «селекционной чистки, которая удалила устаревшую информацию из Y-хромосомы у современного населения Восточной Азии». Также они признают, что информация Y-хромосомы «подвержена стохастическим процессам, т.е. генетическому сдвигу, который также мог привести к уничтожению архаичных родословных».

Ке и его соавторы признают существование и другой проблемы, которая, по их словам, «создает затруднения» (Ке et al. 2001. P. 1152). Они заметили, что возраст наиближайшего общего предка, определенный путем анализа вариаций митохондриальной ДНК и ДНК Y-хромосомы, сильно отличается от тех цифр, что были получены путем анализа вариаций ДНК X-хромосомы и аутосом (неполовых хромосом). Они пишут: «Возраст общего предка, полученный при анализе генов аутосом и Х-хромосом, составляет 535 000–1 860 000 лет, что намного больше, чем получается при анализе митохондриальной ДНК и Y-хромосомы» (Ке et al. 2001. P. 1152). Авторы пускаются в предположения, что во времена массовых миграций из Африки мужчин было в 3–4 раза больше, чем женщин, что привело к появлению больших вариаций в ДНК аутосом и Х-хромосом.

По мнению Милфорда Уолпоффа, убежденного сторонника теории об одновременном происхождении человека в разных регионах мира, нет ничего удивительного в том, что Y-хромосома имеет признаки африканского происхождения, поскольку по численности населения Африка долгое время превосходила все другие регионы. Поэтому африканское население положило начало наибольшему количеству Y-хромосомных родословных, которые со временем вытеснили другие родословные, изначально существовавшие параллельно африканским (Gibbons. 2001. P. 1052). Энн Гиббонс говорит о трудностях в проверке надежности данных, полученных в результате анализа Y-хромосомы и митохондриального ДНК. В идеале, требовалось бы сравнить эти данные с данными исследований ДНК многих других хромосом в ядре клетки, чтобы выяснить, соответствуют ли они заключениям о возрасте и географическом источнике человека c современным анатомическим строением. Однако Гиббонс отмечает: «Датирование ядерных родословных сопряжено со многими сложностями, поскольку большинство ядерных ДНК, в отличие от ДНК митохондрий и Y-хромосом, перемешиваются, когда гомологические хромосомы обмениваются своим генетическим материалом при слиянии яйцеклетки и сперматозоида. Это делает определение генетической родословной настолько сложным, что многие генетики опасаются, что им никогда не удастся подтвердить или опровергнуть полноту замещения. Розалина Хардинг говорит: „Генетические тесты не дают ясной картины. На этот вопрос могут ответить только ископаемые“» (Gibbons. 2001. P. 1052).

Как мы уже убедились, одна группа ученых утверждает, что современные люди возникли от обезьяноподобного Homo erectus в разных частях мира, пройдя стадию неандертальцев или неандерталоподобных. Согласно этому взгляду, называемому мультирегиональной гипотезой, современное население Азии произошло от азиатского Homo erectus, пройдя через стадию неандерталоподобных. Аналогично этому, предполагается, что современные европейцы происходят от типичных западноевропейских неандертальцев.

Некоторые ученые сравнили ДНК людей и неандертальцев с целью прояснить их эволюционные связи. Однако полученные ими данные неоднозначны и могут интерпретироваться по-разному. Ученые во главе с Матиасом Крингсом извлекли образцы ДНК из кости неандертальца, чей скелет был обнаружен в Германии в XIX веке (Krings et al. 1997). ДНК тщательно проанализировали, дабы убедиться, что она происходит из кости, а не является следствием биологического загрязнения. Эта ДНК была митохондриальной, то есть передалась непосредственно от матери к ребенку.

Исследователи сравнили образцы митохондриальной ДНК неандертальца с аналогичной ДНК, взятой у 1600 современных людей из Европы, Африки, Азии, обеих Америк, Австралии и Океании. Фрагмент митохондриальной ДНК, используемый для сравнения, состоял из 327 нуклеотидных основ. Соответствующие участки митохондриальной ДНК современного человека отличались от образца митохондриальной ДНК неандертальца в среднем по 27 нуклеотидным основам из 327. ДНК 1600 современных людей отличались друг от друга в среднем по 8 нуклеотидным основам из 327. Шимпанзе отличается от современных людей по 55 нуклеотидным основам из 327. Из этого ученые заключили, что неандертальцы не состоят в близкой связи с современным человеком. Если бы такая связь существовала, то разница в нуклеотидных основах между людьми и неандертальцами была бы немногим больше средней разницы между людьми – примерно по 10–12 нуклеотидным основам.