Сторонники гипотезы об африканской Еве и другие считают, что митохондриальная ДНК не подлежит естественному отбору. Это значит, что единственным фактором, приводящим к появлению различий в последовательностях митохондриальной ДНК у разных групп на Земле, являются случайные мутации, накапливающиеся с определенной скоростью. Если это так, то это значит, что молекулярные часы идут с одинаковой скоростью у разных групп населения Земли. Если бы в формировании различий ДНК у разных групп участвовал бы еще и естественный отбор, то это совершенно бы смешало показания молекулярных часов. К примеру, если бы у одной группы населения естественный отбор удалил последствия некоторых мутаций, то эта группа казалась бы моложе, чем на самом деле. В этом случае невозможно было бы сопоставить величину мутаций с определенным отрезком времени и сравнить возраст различных групп. Существуют доказательства того, что естественный отбор действительно играет роль в изменении митохондриальной ДНК. К примеру, Темплтон указывает на различия в степени расхождения кодирующих и некодирующих участков митохондриальной ДНК у разных групп. Если бы скорость мутаций была нейтральна, этого бы не наблюдалось. Степень мутаций должна быть одинакова как у кодирующих, так и у некодирующих участков митохондриальной ДНК (Templeton. 1993. P. 59). К этому заключению приходят и другие исследователи (Frayer et al. 1993. Pp. 39–40): «Все молекулярные часы требуют эволюционной нейтральности для обеспечения постоянства скорости изменений. Однако продолжительные исследования митохондриальной ДНК позволяют со все большей уверенностью говорить о роли естественного отбора в изменениях митохондриальной ДНК. К примеру, такие исследователи, как Фос и его соавторы (Fos et al. 1990), МакРей и Андерсон (MacRae, Anderson. 1988), Палька (Palca. 1990), Уоллес (Wallace D. C. 1992) и другие продемонстрировали, что митохондриальная ДНК не нейтральна, а подлежит строгому естественному отбору… Митохондриальная ДНК – это неподходящая пружина для молекулярных часов».

Фрайер и его соавторы также утверждают: «Поскольку случайные потери, происходящие в митохондриальной ДНК, приводят к утрате свидетельств о предыдущих мутациях, все генеалогические древа развития первопредка подвержены изменениям под влиянием неизвестных и непредсказуемых факторов. Каждое такое невидимое изменение представляет собой генетическую замену, которая не принимается во внимание при расчете количества мутаций, необходимого для определения возраста Евы. Поскольку на такие изменения влияют колебания численности той или иной группы населения, и точное число незасчитанных мутаций зависит от конкретных деталей процесса их сглаживания, невозможно найти способ калибровки (и постоянной перекалибровки) молекулярных часов, пока не станет известна вся история той или иной группы населения. Принимая во внимание тот факт, что каждая группа населения имеет свою демографическую историю (с учетом среднего уровня потерь), один только этот фактор обесценивает использование вариаций митохондриальной ДНК для определения временных отрезков (Thorne, Wolpoff, 1992).

Подтверждением вышесказанному служит находка ископаемых останков анатомически современного человека близ озера Мунго в Австралии, возраст которых 62 000 лет и чья митохондриальная ДНК значительно отличается от современных образцов (Bower, 2001). Это показывает, что пути развития митохондриальной ДНК невозможно проследить, и ставит под сомнение точность молекулярных часов на основе митохондриальной ДНК.

Существуют также и другие факторы, влияющие на расхождения в митохондриальной ДНК у современных групп населения в разных регионах мира, которые ставят под вопрос точность калибровки молекулярных часов на основе скорости мутаций митохондриальной ДНК. Один из этих факторов – демографическая экспансия групп населения. Если население увеличивается в одном регионе быстрее, чем в другом, это может привести к большему разнообразию митохондриальной ДНК у данной группы. Это разнообразие не дает оснований считать, что одна группа старше другой или является источником других групп в других регионах. Также расхождения, наблюдаемые в различных группах, могут указывать не на перемещения группы из одного региона в другой, а на перемещение генов внутри одной группы, населяющей обширное пространство. И это не исчерпывает возможных причин разнообразия митохондриальной ДНК у разных групп. Подводя итог обсуждению этой проблемы, Темплтон пишет: «Региональное разнообразие митохондриальной ДНК не обязательно отражает возраст данной группы, а, скорее, говорит о том, сколько времени прошло с последней положительной мутации в этой группе, о демографической истории группы, масштабе экспансии и обмена генами с другими группами и т. п.» (Templeton. 1993. P. 59). В общих чертах, эти факторы добавляют уверенности в том, что возраст человека как вида значительно занижен (Templeton. 1993. P. 60).

Сложнейшие статистические методы, такие как «гнездовой анализ происхождения», позволяют ученым до некоторой степени дифференцировать различные модели возникновения разнообразия митохондриальной ДНК у групп людей (как, например, модели географической экспансии и модели обмена генами). Используя гнездовой анализ происхождения в отношении вариаций митохондриальной ДНК человека, Теплтон не обнаружил никаких свидетельств масштабных миграций из Африки, которая должна была привести к замене всех других групп гоминидов. Темплтон пишет: «Неспособность классического гнездового анализа происхождения обнаружить признаки экспансии населения Африки невозможно отнести на счет неадекватных размеров образцов или низкого генетического разрешения…. Отсюда следует, что географическая привязка тех или иных вариантов митохондриальной ДНК статистически противоречит гипотезе об экс-африканской экспансии» (Templeton. 1993. P. 65). В заключение Темплтон пишет: «1) свидетельства географического местоположения единого митохондриального предка сомнительны и 2) время существования единого митохондриального предка также крайне неопределенно, но, вероятнее всего, намного превосходит 200 000 лет» (Templeton. 1993. P. 70).

По утверждению сторонников гипотезы африканской Евы, большая группа анатомически современных людей мигрировала из места своего происхождения в Африке в Европу и Азию, вытеснив живущих там гоминидов, что должно подтверждаться данными не только митохондриальных ДНК, но и ДНК, содержащихся в ядрах клеток. Однако в своем анализе первых работ, посвященных африканской Еве, Темплтон утверждает: «…не существует ни одного свидетельства, позволяющего связать данные, полученные в результате исследований митохондриальной и ядерной ДНК, с гипотезой экс-африканского замещения» (Templeton. 1993. P. 65).

Одна группа исследователей во главе с Брегетом рассмотрела вариации участка «В» у гена, отвечающего за апопротеин человека (Breguet et al. 1990). Согласно Темплтону, проведенный ими детальный анализ позволил сделать вывод, что «кавказские народности (населявшие территорию от Северной Африки до Индии) были ближе к прародителям человечества, чем все другие группы, и что всемирная генетическая дифференциация этого участка гена лучше всего объясняется оттоком генов из этого региона на запад и восток, а не суб-сахарским происхождением» (Templeton. 1993. Pp. 68–69). Для таких исследователей, как я, которые в своей работе отталкиваются от данных, содержащихся в санскритских текстах древней Индии, и считают местом повторного появления человечества (после всемирных потопов) регион Гималаев, эти данные представляют значительный интерес.

Совсем недавно исследователи обнаружили еще одну проблему, связанную с гипотезой африканского происхождения человека. Эта проблема связана с группой генов глобина у людей. Ген или часть гена на определенном участке хромосомы может присутствовать в нескольких различных формах, именуемых аллелями. Проанализировав глобиновые аллели у разных групп людей, авторы недавно опубликованного учебника обнаружили, что наблюдаемая величина вариаций указывает на то, что возраст современного человека значительно превышает 200 000 лет. К тому же, исследовав другой участок группы глобиновых генов, авторы утверждают, что «две аллели некодирующего (и поэтому нейтрального) участка, судя по всему, сохранялись неизменными на протяжении 3 000 000 лет». Они заключили: «До настоящего времени неясно, как сопоставить структуру глобиновых генов с данными об африканском происхождении человека в гораздо более поздние времена» (Page, Holmes. 1998. P. 132). Данные, полученные путем анализа глобина, соответствуют сведениям о глубокой древности человеческого рода, почерпнутым из древнеиндийских Пуран.