Это жестокое убийство буквально всколыхнуло общественность страны. Поднять руку на священника — можно ли было представить себе более омерзительное преступление? Следственную группу Московской областной прокуратуры возглавил следователь А. Дзюба. Начались активные следственно-розыскные мероприятия. Версий убийства отца Александра насчитывалось несколько. Сюда входили версия о возможном причастии к убийству КГБ, который с начала 80-х вел интенсивное наблюдение за Менем, версия о том, что отца Александра убили на почве религиозного антисемитизма, версия о том, что убийство совершили обыкновенные уголовники.

Между тем в первые же дни после убийства к следователям стали приходить разные люди и признаваться в том, что именно они совершили это преступление. В частности, это сделали братья Бобковы, жившие с Менем в одном поселке. А житель того же поселка Силаев признался в том, что он видел, как братья это делали. Односельчане не верили ни единому их слову, но следствие решило ухватиться за эту версию. Энергии, которую сыщики выложили на проверку этой версии, можно было позавидовать. Был даже осушен пруд, куда Г. Бобков якобы выбросил топор — орудие убийства. Но вскоре после этого Геннадий отказывается от показаний. То же самое делает и Силаев. Геннадий между тем делает заявление, что его, мол, вынудили к самооговору. Кто? Молчание.

Между тем столь обильное количество добровольных «убийц» объяснялось следующим образом. Одни признавались в убийстве с целью облегчить свою участь за совершенные ими различные преступления путем привлечения к решению их проблем работников прокуратуры и следствия из центра, а также желанием разнообразить свою жизнь путешествием по этапам. Другие пытались решить свои семейные, бытовые и другие вопросы путем устранения неугодных им людей силами органов следствия и розыска и писали анонимки на своих коллег по работе и соседей. Третьи явно хотели пустить следствие по ложному пути.

После того как Бобковы отказались от своих признаний, сыщики ухватились за версию женщины, которая в то роковое утро видела мужчину, выскочившего из кустов недалеко от места убийства. Когда на похоронах снимали на видео происходящее и показали ей этот фильм, она опознала того незнакомца. Он стоял в ограде и курил. Но найти этого человека так и не смогли.

Люди, близко знавшие отца Александра Меня, высказывали по факту этого убийства различные мнения. Но ни один из них не высказался за то, что это рядовое убийство.

В. Иванов, директор Всесоюзной библиотеки иностранной литературы: "Сразу после убийства у меня состоялся разговор с В. Бакатиным. Он был согласен с гипотезой, по которой надо изучить вопрос о причастности к этой трагедии некоторых высокопоставленных лиц".

Н. Григоренко, вдова Александра Меня: "Уверена лишь в одном: это было очень хорошо подготовленное убийство. И уголовники здесь ни при чем".

2 октября 1990 года Совет Министров РСФСР принял постановление о реорганизации аппарата МВД России. Теперь вместо малых подразделений на местах начали создаваться специальные оперативные службы, которые должны были выполнять три основные задачи: защита личности, борьба с экономическими нарушениями закона, пресечение организованной преступности. Произошли изменения и в кадровой политике. В частности, была упразднена система политорганов.

Осень и зима 1990 года были отмечены резкой вспышкой насилия в криминальном мире. Передел сфер влияния продолжался. В Москве, например, славянские группировки продолжали наступление на чеченцев. 7 октября, в воскресенье, в Москве в кафе «Восход» был устроен настоящий расстрел лиц кавказской национальности. События развивались следующим образом. В шесть часов вечера в кафе находилось около 30 посетителей. За столиками сидели представители различных национальностей: чеченцы, русские, грузины, даже компания гавайцев зашла перекусить, был один австралиец, семья цыган. В 18 часов в кафе вошли трое молодых людей. Они всем приказали оставаться на своих местах. А для пущей наглядности выстрелили из пистолета в потолок. Но эти угрозы не на всех посетителей произвели впечатление. Некий Липартия вскочил с места. Рядом с ним находилась официантка, и он ее толкнул под стол, тем самым спасая от выстрелов. Сам Липартия получил удар ножом (9 октября в больнице он скончается). Вслед за Липартия вскочил 25-летний Алиев, которого настиг уже не нож, а пуля, попавшая в цель. Смерть наступила мгновенно.

Между тем ряды нападавших пополнились еще несколькими молодыми людьми, в руках у которых были обрезы и индейские клюшки для хоккея на траве. Они начали крушить все подряд. Это побоище продолжалось около 5 минут. После этого нападавшие скрылись.

Результат побоища был ужасен, убиты чеченец и двое грузин. Ранены еще 5 человек. Среди них двое русских и даже австралиец. Одного подстрелили, когда он уже убегал, пуля угодила ему в бедро. Секущий удар в голову ножом получил 18-летний юноша. Сильный удар клюшкой по голове был нанесен австралийцу, этот удар привел к ужасной травме.

Руководитель штаба по раскрытию преступления первый заместитель начальника Бабушкинского РУВД Игорь Васильев, комментируя это преступление через прессу, заявил: "Полученные нами данные говорят о том, что была проведена акция устрашения. Но против кого? Пострадали разные люди, никак не связанные между собой. Могу заявить определенно, что преступление совершено не на национальной почве".

Чуть позднее в тех же средствах массовой информации появилась версия о том, что акцию устрашения против кавказцев провели представители пушкинской группировки.

Трудно объяснить, чем мотивировала милиция свои предположения о том, что эта акция не имела под собой национальной подоплеки. Видимо, только боязнью новых актов устрашения. Не этим ли объяснялась и та пресс-конференция, что состоялась в 20-х числах октября на Петровке, 38, на которой выступил член Президиума Верховного Совета СССР, председатель Комитета по вопросам законности, правопорядка и борьбы с преступностью Алсанбек Аслаханов. Он, в частности, заявил: "Чеченской мафии нет. Так же, как нет узбекской, грузинской, азербайджанской. Не знаю, с легкой руки какого обывателя появилось столь расхожее определение. Так говорят люди, никогда не общавшиеся с чеченцами. Не только гордость за народ, привыкший трудиться в поте лица своего, говорит во мне. Вот цифры: по данным МВД, в Москве живут свыше двух тысяч чеченцев. В прошлом году в радиусе "Золотого кольца" за совершение преступлений задержаны 33 чеченца. В основном грабежи, разбой, мошенничество, хулиганство. За девять месяцев 1990 года 21. Но это 0,17 процента от общего количества совершаемых преступлений. Мизер.

Хотя феномен особой, «чеченской» группировки существует. Сколько в ней человек — точно не известно. Когда я работал в МВД СССР, в наших кругах называли цифру 300. А основы феномена, если брать чеченцев, заложены в их воспитании, характере. Самое страшное — прослыть трусом. Обидели земляка святой долг отомстить, попал в беду — выручить…"

Именно так произошло и в тот раз. Как только весть о побоище в кафе «Восход» достигла чеченцев, на кольцевой автодороге собралось свыше 500 их представителей. Пяти лидерам славянских группировок были тут же вынесены смертные приговоры. Добровольцы поклялись на Коране и хлебе привести их в исполнение. Им тут же собрали 5 миллионов рублей на юридическую защиту и поддержку их семей во время предполагаемой отсидки за убийство. Среди добровольцев в основном была молодежь, которая таким путем могла заработать себе неплохой авторитет. Правда, задача у них была трудная, славяне заранее подготовились к такому повороту событий и обезопасили своих лидеров.

Между тем не успело стихнуть эхо от побоища 7 октября, как 4 ноября на территории 4-го таксопарка были жестоко избиты двое молодых чеченцев. Обоим проломили головы. То же самое произошло и в декабре у гостиницы «Байкал», где в результате разборок один чеченец был зарезан, двое других ранены. Таким образом почти весь 1990 год чеченцев "ставили на место", как их соперники славяне, так и милиция. К концу года под арестом содержалось ни много ни мало — 55 чеченцев.