И все же окончательно свалить Яхъяева, который уже трудился в республиканском Комитете народного контроля, тогда не удалось. В дело вмешался сам первый секретарь ЦК КП Узбекистана Шараф Рашидов, который довольно ревниво относился к тому, чтобы московские посланцы наводили порядок в его вотчине. В декабре 1980 года бригаду Бутурлина отозвали в Москву.

Не менее ревниво, чем Рашидов, относился к действиям союзной Прокуратуры и Н. Щелоков. Он прекрасно понимал, чем для него лично могло обернуться осуждение человека, с которым у него были приятельские отношения. Однако впереди Щелокова ждали более серьезные неприятности.

26 декабря 1980 года один из заместителей начальника секретариата КГБ СССР майор госбезопасности справлял свое 40-летие в узком кругу сослуживцев. Засидевшись за праздничным столом до позднего вечера, друзья наконец выпили по последней рюмке и разошлись по домам. Именинник отправился на станцию "Площадь Ногина" (ныне "Китай-город") и, сев в электричку, заснул в ней беспробудным сном. На конечной станции «Ждановская» пьяного пассажира заметила контролер метрополитена и растолкала его. Майор тут же очухался и, выйдя из вагона электрички, направился к выходу из метро. Однако уже на улице он внезапно вспомнил о своем дипломате, который остался в вагоне. Майор вернулся назад, но контролер уже успела отнести дипломат в дежурную комнату милиции. Когда же майор вошел туда, его глазам предстала ужасная картина: пятеро милиционеров довольно бесцеремонно рылись в его вещах. Достав свое удостоверение, майор потребовал вернуть вещи. Но успевшие принять уже изрядную порцию алкоголя милиционеры и не думали выполнять требование майора, тем более из конкурирующей фирмы. Надо отметить, в те годы в народе давно уже ходили недобрые слухи о милиционерах из отдела по охране Московского метрополитена. Попадавшие в их руки москвичи и гости столицы запросто могли лишиться как своего здоровья, так и всех своих наличных материальных и денежных ценностей. Причем безнаказанность блюстителей порядка была настолько вопиющей, что милиционеры уже давно перестали обращать внимание на то, пьяный клиент попал в их сети или абсолютно трезвый. Вот и в тот день 26 декабря 1980 года безнаказанность перешла все допустимые нормы: свалив с ног беззащитного майора, они принялись жестоко его избивать. Били до тех пор, пока тот не потерял сознание. После этого позвонили дежурному по 5-му отделению милиции и доложили о задержании сотрудника КГБ. В ответ на это сообщение дежурный посоветовал коллегам не связываться со столь солидным клиентом и отпустить его восвояси. Этому совету один из милиционеров тут же и последовал: он помог избитому майору подняться на ноги и вывел его из дежурки. Но остальные, видя, каким зверем смотрел на них майор, какие угрозы отпускал в их адрес, поняли, чем грозит им этот инцидент в случае его разглашения. Как только эта мысль промелькнула в их головах, они начали действовать. Все трое выскочили из комнаты милиции и бросились в погоню. Не прошло и пяти минут, как майор госбезопасности был вновь скручен по рукам и доставлен в злосчастную дежурку. Здесь жестокое избиение майора продолжилось еще активнее, чем в первый раз. Теперь милиционеры били свою жертву насмерть. Когда тело его окончательно обмякло и он затих, один из милиционеров позвонил дежурному по 5-му отделению и доложил, что "они грохнули комитетчика". Матюкаясь и чертыхаясь в ответ на эту весть, дежурный приказал коллегам ничего более не предпринимать и ждать приезда начальника отделения. Вскоре на «Ждановскую» лично прикатил начальник 5-го отделения милиции отдела по охране метрополитена Борис Баринов. Профессиональным взглядом окинув место происшествия, он сразу понял, чем для него лично может обернуться этот случай. Поэтому в голове его тут же созрел план: погрузить труп майора в служебную «волгу», вывезти за город и там бросить. Так и сделали. Бездыханного чекиста погрузили в машину и вывезли в район поселка Пехорка, что рядом с аэропортом Быково. Однако когда тело майора выносили из машины, выяснилось, что тот еще дышит. И тогда Баринов приказал своим подчиненным добить раненого. Вооружившись монтировкой, милиционеры принялись добивать майора. Каждый из них должен был нанести по одному удару.

Рано утром 27 декабря 1980 года на обочине дороги было обнаружено тело человека, которого вскоре опознали как майора госбезопасности. Сразу после этого по распоряжению самого председателя КГБ СССР Юрия Андропова было назначено самое компетентное следствие. Дело выделено в категорию особых и беспрецедентных. В Прокуратуре Союза была создана следственная бригада, во главе которой встал опытный следователь по особо важным делам Владимир Калиниченко — до этого он расследовал дела о взятках в Краснодарском крае ("Океан") и дело о гибели Петра Машерова.

Выяснив, что след покойного теряется в метро, а именно на Ждановско-Краснопресненской линии, следствие вскоре установило, что последний раз майора видели живым на станции «Ждановская». К середине января 1981 года уже оформилась основная версия случившегося, по которой выходило, что к убийству майора приложили руку сотрудники милиции Лобов, Лоза, Самойлов, Емешев и Панов. Это было серьезное обвинение, и Н. Щелоков прекрасно понимал, какой козырь мог появиться в руках у Ю. Андропова в случае успеха в раскручивании этого дела. Поэтому со своей стороны МВД СССР делало все возможное, чтобы не дать КГБ совместно с Прокуратурой развернуть это дело на полную катушку. Начались прямые угрозы и давление на В. Калиниченко, и КГБ вынужден был выделить для него специальную охрану, более того, охраняли даже его дочь-школьницу. Но все это не могло уже остановить машину следствия. 14 января 1981 года, когда Н. Щелокова и его первого зама Ю. Чурбанова не было в Москве, Прокуратура и КГБ провели широкомасштабную операцию по выемке документов в служебных помещениях отдела милиции по охране метрополитена, территориальных отделениях и медвытрезвителях, расположенных рядом со станцией метро «Ждановская». Кроме того, в следственный отдел КГБ СССР в Лефортово доставлялись люди, которые в течение вечера 26 декабря 1980 года находились в комнате милиции на «Ждановской» или могли быть возле нее. Так в руках следователей оказались все участники преступления: Лоза, Масохин, Лобов, Емешев, Панов. После нескольких дней усиленных допросов они один за другим стали во всем признаваться. Правда, ни один из них пока не назвал в своих показаниях еще одного своего подельника: начальника 5-го отделения милиции Баринова. Но следствие уже располагало сведениями о том, что на месте преступления возле Пехорки обнаружены следы автомобиля «волга» «ГАЗ-24». Теперь надо было только установить хозяина этой машины. На это дело ушло еще несколько часов усиленных допросов, после чего один из допрашиваемых наконец показал: хозяином «волги» был Баринов. И несмотря на то что Баринов сумел подготовить для себя алиби (он уговорил свою знакомую, которая работала заместителем директора одного из магазинов, показать на следствии, что вечером 26 декабря Баринов был у нее), Калиниченко приказал Баринова задержать. Санкцию на арест Баринова дал заместитель Генпрокурора СССР Василий Найденов, тот самый, которого буквально через несколько месяцев за особое рвение в расследовании "краснодарского дела" снимут с этой должности.

После того как Баринов был официально арестован, обстановка вокруг следствия обострилась до предела. Давление и угрозы со стороны МВД стали еще более откровенными. Поэтому Ю. Андропов и послал одного из своих заместителей на жесткие переговоры со Щелоковым. На руках у зама Андропова были бесспорные доказательства вины подчиненных Щелокова. Министру МВД крыть было нечем. К тому времени у следователей появились еще и факты того, что задержанный Лобов пять лет назад, работая в 4-м отделении милиции, совершил еще одно убийство — жителя города Армавира. По всей видимости, это стало последней каплей, переполнившей чашу терпения руководства союзного МВД: Ю. Чурбанов собрал коллегию ГУВД Мосгорисполкома и устроил публичную экзекуцию своим подчиненным. Несколько человек были сняты со своих должностей, понижены в звании.