Однако, даже несмотря на это, утвердить Комиссарова в новой должности так и не удалось, в зале не было кворума. Но то, насколько единодушным было желание сессии утвердить Комиссарова в должности начальника ГУВД, ударило по нервам П. Богданова. 27 ноября он сам подал рапорт об отставке. Мосгорисполком отставку принял, однако интрига на этом не закончилась. Против кандидатуры Комиссарова внезапно выступили и председатель Моссовет" Гавриил Попов, и председатель Мосгорисполкома Юрий Лужков. Аргументы о том, что у Комиссарова имеется многолетний опыт борьбы с организованной преступностью (он изучал эту проблему вместе с А. Гуровым), на них никак не повлияли. Они даже не приняли В. Комиссарова для беседы, хотя генерал добросовестно обошел все три приемные. Без особого энтузиазма восприняли отставку собственного руководителя и офицеры ГУВД, которые направили в адрес председателя Верховного Совета СССР Д. Лукьянова, председателя Верховного Совета РСФСР Б. Ельцина и председателя Моссовета Г. Попова открытое письмо, которое 27 ноября опубликовала "Вечерняя Москва". В этом письме, в частности, заявлялось: "Сотрудников милиции Москвы оскорбляет, что отрицательная оценка их работе дана походя, как заранее запланированная акция, без попыток выслушать мнение профессионалов, людей, которые непосредственно участвуют в борьбе с преступностью, разобраться в оперативной обстановке в городе. А она такова, что из 11 месяцев этого года органы внутренних дел уже семь месяцев работают в условиях усиленного варианта, с огромными переработками и резко возросшими нагрузками.
Подобный произвол и навешивание ярлыков очень напоминает период культа личности, который приобретает теперь оттенок "культа депутатской личности". Да, нас можно и нужно критиковать, есть немало недостатков в работе милиции, в организации борьбы с преступностью. Но надо и смотреть правде в глаза — в условиях паралича власти, экономического развала милиция из последних сил противостоит деструктивным тенденциям в обществе, сумела не допустить кровопролития и массовых беспорядков, в целом контролирует обстановку в городе. Сотрудники милиции, а не отдельные агрессивно-истеричные крикуны, защищают сегодня безопасность граждан, гибнут, получают ранения, не доживают до пенсии (за 1988–1990 гг. погибло 448 милиционеров).
Неправомерные действия, допущенные на сессии Моссовета, еще раз наглядно показали полную правовую и социальную незащищенность работников милиции. Если по надуманным предлогам можно освободить начальника ГУВД во время его болезни, то что же остается ждать другим сотрудникам?..
Мы требуем незамедлительно принять на сессиях Верховных Советов Закон о советской милиции, в котором закрепить механизм правовой и социальной защиты сотрудников, ограждения их от неправомерного вмешательства в служебную деятельность, в том числе и депутатов разных уровней. В противном случае мы оставляем за собой право прибегнуть к другим законным методам защиты своей чести и достоинства".
После выхода этого письма в свет "страсти по милиции" накалились до предела. В народе стали усиленно распространяться слухи о смене всех силовых министров страны — КГБ, МВД и министерства обороны.
Особенно упорно ходили слухи о смещении В. Бакатина. И эти слухи имели под собой реальную почву. Еще 2 ноября набирающий силу депутатский блок «Союз» добился приема своих представителей у Горбачева. На этой встрече депутаты потребовали от Президента немедленного расследования деятельности министра внутренних дел СССР и его отставки. По мнению «Союзников», Бакатин сознательно пошел на нарушение закона, который был недавно принят Верховным Советом СССР и касался разграничения компетенции органов внутренних дел. В законе, в частности, говорилось, что МВД СССР является союзно-республиканским министерством. Бакатин же специально отдавал республиканские МВД в руки националистов, устраняясь от их руководства. Так, например, получилось в Эстонии, в которой сразу же начались увольнения из МВД всех сотрудников с русскими фамилиями.
Однако все та же газета «Коммерсанть» в конце ноября успокоила советских граждан: "Президент вряд ли будет менять самих глав сильных ведомств — по вполне очевидным причинам.
Во-первых, назначать новых людей — вызвать новый же взрыв критики как справа, так и слева. Во-вторых, старые люди лучше, ибо они — прямые креатуры Горбачева, он более или менее может быть уверен в Язове, Крючкове и Бакатине, и сомнительно, чтобы в нынешнее неспокойное время он захотел экспериментировать. назначая на столь ответственные посты "темную лошадку".
Однако в своих выводах аналитики «Коммерсанта» допустили промах, степень приближенности В. Бакатина к М. Горбачеву не шла ни в какое сравнение с близостью к Президенту председателя КГБ и министра обороны. Несмотря на то, что В. Бакатин верой и правдой служил М. Горбачеву все два года своего министерства (особенно ярко это проявилось в октябре 1989 года, когда неизвестные люди «искупали» Б. Ельцина в пруду и В. Бакатин с трибуны сессии Верховного Совета СССР рассказал об этом народу), он так и не стал для Горбачева своим. Более того, Горбачев мог попросту испугаться растущей популярности Бакатина в обществе, ведь начиная с выборов Президента СССР кандидатура министра внутренних дел не раз выдвигалась в качестве альтернативной то непосредственно Горбачеву, то другим лидерам. Хотя вполне вероятно предположить и то, что кремлевский руководитель в который раз за всю советскую историю решил попросту отыграться на самом «беззащитном» силовом министерстве — МВД. Короче, 1 декабря 1990 года свет увидел Указ Президента о назначении на пост министра внутренних дел СССР 53-летнего Бориса Пуго. Его первым заместителем стал герой Афганистана 47-летний Борис Громов. Таким образом, М. Горбачев поставил на руководство МВД бывшего чекиста (Пуго с 1976 года служил в КГБ, в 1980–1984 гг. возглавлял КГБ Латвии, затем стал 1-м секретарем ее компартии, с июля 1990 года — председателем Центральной Контрольной Комиссии КПСС) и военного генерала из высшего комсостава МО.
4 декабря с комментариями в связи со сменой министра МВД выступила "Комсомольская правда". Она писала: "В воскресенье обнародовали новые Указы Президента. Видимо, после исчерпания других мер усиления борьбы с преступностью решено усилить руководство МВД. Вадим Бакатин освобожден в связи с переходом на другую работу. Завершилась вторая «перестройка» в истории советской милиции, первая (когда министром был назначен Дудоров, так же, как и Бакатин, партработник и строитель по специальности) окончилась ликвидацией МВД в 1960 году.
Если верно, что два переезда равносильны пожару, то многочисленные реформы милиции в последнее время доведи ее почти до состояния пепелища.
Громогласно начался и втихомолку был скомкан эксперимент, расширявший права и самостоятельность следствия. Столь же быстро утих помпезный шум вокруг служб борьбы с организованной преступностью. Общественное мнение долго будоражилось планами создания рабочих отрядов и деления милиции на федеральную и муниципальную. Был, казалось бы, и верный шаг — создание МВД РСФСР. А к чему он привел? Новое ведомство собиралось полгода. Из союзных главков и с мест переводились специалисты, формировалась руководящая команда. И что же? Верховный Совет России сменил министра (вместо В. Трушина пришел В. Баранников). И все началось сызнова.
Бакатин за прошедшее с назначения время успел накопить маломальский опыт и, кажется, осознал всю опасность поспешной логики действующих милицейских структур. В последнее время он возражал против создания следственного комитета РСФСР, не без основания полагая, что это приведет пусть к временному, но параличу следствия.
"Уходу" Вадима Бакатина с поста министра внутренних дел Союза СССР предшествовала кампания критики в его адрес в партийных изданиях.
Из номера в номер еженедельник ЦК КПСС «Гласность» помещал материалы с прямым требованием отставки министра. Причем последнее письмо рабочих Вильнюсского завода радиоизмерительных приборов с вопросом: "Может ли быть в составе Президентского совета человек, чья деятельность не препятствует деструктивным силам в Прибалтике, а значит, и во всей стране?" — было адресовано Президенту.