Генрих II быстрым темпом отправился в Павию, традиционное место коронации итальянских правителей. Там в церкви Сан-Микеле 14 мая 1004 года его официально избрали на итальянский трон, а 15 мая 1004 года архиепископом Арнульфом Миланским с так называемой железной короной Лангобардов (внутренний обруч которой, согласно преданию, был выкован из гвоздя с креста распятого Иисуса Христа), он был коронован итальянским королем. Казалось, непрерывность немецкого господства в Италии восстановлена, но войско Ардуина еще не было окончательно разбито. После возвращения Генриха II в рейх Ардуин все еще чувствовал себя королем в Верхней Италии, вплоть до того даже, что в 1005 году позволил себе подписать королевские бумаги, и лишь спустя какое-то время после коронации Генриха II на императорский трон прекратил свое противостояние. Вечером в день коронации в Павии произошли серьезные волнения среди жителей города, направленные против короля. Возможно, беспорядки спровоцировали пьяные солдаты королевского войска. Но как бы там ни было, горожане взялись за оружие. Генриху II, находившемуся в королевском дворце, пришлось отдать приказ сжечь город, настолько опасной стала ситуация. Огонь распространился очень быстро по городу. Тем временем расквартированные вокруг Павии основные силы войска попытались пробиться к королю на помощь, для чего им требовалось преодолеть городскую стену. Занятие не столько сложное, сколько требующее времени. При штурме стены шурин короля Гизельберт получил смертельную рану. Несмотря на жесточайшее сопротивление горожан, войска наконец подавили восстание и в победном угаре разграбили уцелевшие от пожара дома. Король не захотел быть свидетелем разыгравшейся драмы и вернулся в монастырь Святого Петра. Сюда и пришли усмиренные граждане Павии просить о пощаде и клясться в преданности и подчинении. Чтобы заслужить прощение, им предстояло теперь восстановить не только сгоревший и разграбленный город, но и королевский дворец.
Вслед за этим в Понтелунго, находящемся в двенадцати километрах севернее Павии, король созвал хофтаг. Здесь он принял присягу на верность княжеского корпуса Ломбардии. После короткого визита в Милан король еще раз вернулся на короткое время в окрестности Понтелунго. Там вскоре он попрощался со своими итальянскими верноподданными. Троицу король праздновал 24 июня 1004 года в Грумо рядом с Лугано. Затем срочно вернулся назад в Германию. Его пребывание в Италии длилось чуть больше двух месяцев – продолжительность до смешного короткая, особенно если сравнить ее с тем, сколько время проводили там его предшественники. Приверженцы Генриха II в этой стране остались в глубоком замешательстве из-за столь быстрого отъезда монарха на родину. Прошло еще почти десять лет, прежде чем он вновь ступил на итальянскую землю. Все это время он мог рассчитывать на наличие в стране когорты верных людей, прежде всего выделяя среди них епископа Льва Верцелийского, являвшегося постоянным проводником немецких интересов в Италии и при этом, конечно, самым жестоким противником Ардуина.
Коронация Генриха II итальянским королем по традиции не обошлась без проблем. Уже начиная с короля Оттона I, короновавшегося на итальянский трон в 951 году, происходили казусы. Так, последний не посчитал необходимым устроить для итальянского народа сколь-нибудь серьезный праздник, очевидно, совершенно не интересуясь его (народа) чувствами. Во всяком случае, в исторических хрониках того времени не содержится информации о каком-то королевском празднике. Для Оттона II и его сына Оттона III коронация в Италии не представляла из себя ничего другого, кроме очередного шага к императорству и стремления возродить Римскую империю. Но никак не собственно управление страной. Чтобы не прерывать традицию, Генрих II должен был как можно быстрее стать императором, однако в течение 1004 года никаких стремлений к этому не выказал. Такое положение вещей, когда параллельно с ним фактически продолжал править еще один итальянский король, должно быть, непомерно тяготило Генриха II, но предпринимать какие-либо меры в связи с этим казалось ему либо неактуальным, либо он оценивал средства, которыми обладал, не слишком высоко. Лишь постепенно, очень медленно Генрих II подошел к осознанию установления полного господства в Италии для обретения императорской короны.
В Швабии для своего подопечного, несовершеннолетнего герцога Германа III Швабского, король уладил несколько неотложных дел и отправился затем в Страсбург, где 24 июня 1004 года с ним едва не произошел трагический случай. Лишь благодаря счастливой случайности король остался жив. Дом, где происходило заседание суда с участием короля, внезапно обрушился без каких-либо к тому причин и внешних признаков. Хотя обломки погребли под собой всех находившихся там людей, а их число было достаточно велико, погиб только один – так, во всяком случае, описывает эту трагедию Титмар, – остальным удалось выбраться наверх, хотя многие получили ранения.
На середину августа Генрих II вновь назначил сбор войска в Мерзебурге, намереваясь выступить в очередной поход против Болеслава Храброго. Однако успеха его военная операция из-за разыгравшейся страшной непогоды не имела: реки из-за непрекращающихся дождей вышли из берегов, сделав невозможными какие-либо попытки воевать: Король и так уже только путем уговоров мог заставить войско двигаться вперед. Но внезапно он повернул армию на юг и совершил острожный разведывательный марш в Чехию. Одновременно одно из баварских военных подразделений должно было вступить в Чехию с запада, но по какой-то причине задержалось. Король в захваченном Зааце с надеждой ждал подкрепление из Баварии, а в Праге вспыхнуло восстание против Болеслава Храброго. С огромным трудом Болеславу удалось спастись бегством в Польшу. Не встретив сопротивления, король вошел в Прагу и назначил Яромира, брата Болеслава Рыжего, новым князем Чехии. Болеслав Храбрый потерял княжество Чехия окончательно.
В середине сентября Генрих II, поддерживаемый новым князем Чехии, Яромиром, повернул свои силы в направлении Мисьненских земель. Ценой больших потерь удалось захватить крепость Бауцен. Оборону крепости и Мисьненских земель король поручил сыну Экгарда Мейсенского, Гериману. Таким образом, он возвысил отпрыска маркграфа до статуса, которым обладал отец. В конце концов король вернулся назад в Мерзебург. Здесь он наконец решился освободить из-под стражи маркграфа Генриха Швайнфуртского и вернуть ему фамильные владения во Франконии.
Осень и зиму король провел в Саксонии. Рождество 1004 года двор отпраздновал в резиденции Дорнбург на Заале. Две очень тяжелые человеческие потери понес двор в это время. 4 ноября 1004 года умер герцог Оттон Каринтский. Его наследником стал сын Конрад. В конце 1004 года или начале 1005-го умер епископ Метца Адальберт. Преемником епископ хотел видеть своего племянника, которого тоже звали Адальберт, но которому к тому времени исполнилось всего пять лет. Генрих II назначил опекуном мальчика своего шурина Дитриха Люксембургского. Однако вместо порученного ему дела Дитрих начал кампанию по выборам себя на пост епископа, не спросив даже согласия короля. Вполне вероятно, король не обрушил весь свой гнев на непутевого родственника только из уважения к родственным чувствам жены, доводившейся тому родной сестрой. Впрочем, с официальным назначением Дитриха на пост епископа Метца король тянул до 1006 года. Следует отметить – проведенные королем назначения среди родственников жены, без предварительной проверки их в деле, очень скоро дали негативные результаты.
Весной 1005 года король обратил взоры на Нидерланды. Титмар, как единственный летописец, сообщал: король в Нидерландах воспользовался флотом, дабы защитить Лютгард, сестру Кунигунды и вдову графа Арнульфа Голландского, от западных фризов. Двор окончательно обосновался в Аахене и Утрехте. В мае 1005 года Генрих II назначил своего брата Бруно руководителем придворной канцелярии, которой, впрочем, последний руководил всего один год. Через год, в мае 1006 года, Бруно стал епископом Аугсбурга.