Приближалась навигация 1940 года, и Сомова, как наиболее опытного гидролога-прогнозиста, послали в штаб морских операций Западного района Арктики. Северный морской путь был условно поделен на две части: западную и восточную. Штаб Запада осуществлял руководство плаваниями судов от Мурманска до 140-го восточного меридиана, а штаб Востока — от 140-го меридиана до Провидения.

На этот раз морскими операциями на Западе руководил М. И. Шевелев. Снова гидролог Сомов и синоптик Дрогайцев были главными консультантами на флагманском ледоколе «И. Сталин», а начальником штаба — Н. А. Еремеев. Положение научных консультантов в навигацию 1940 года значительно облегчалось тем, что на полярную станцию острова Диксон из Арктического института была послана оперативная группа из трех человек под руководством старшего гидролога И. Г. Овчинникова.

Здесь вместе с синоптиками бюро погоды они составляли регулярные пятидневные обзоры погоды, краткосрочные прогнозы ледовых условий, обрабатывали донесения с самолетов ледовой авиаразведки, полярных станций, отдельных судов и передавали все это по радио в штаб морских операций. Обязанности Сомова и Дрогайцева на борту ледокола, в отличие от прошлого года, заключались в квалифицированной интерпретации этих уже обобщенных данных для руководителей морскими операциями. Первые суда прошли с запада на остров Диксон вокруг мыса Желания. Проводка караванов судов в лето 1940 года через Карское море и море Лаптевых проходила с большими трудностями, но в результате все запланированные рейсы были выполнены.

Наиболее сложной по ледовым условиям была завершающая часть навигации в Енисейском заливе… Слишком краток благоприятный навигационный сезон для вывоза запланированного количества леса из порта Игарка. Поэтому суда-лесовозы ходят туда до поздней осени. Замерзание устьевой части Енисея и Енисейского залива происходит очень быстро, и суда могут попасть в ледовый плен. Вопрос о сроках окончания плавания здесь решается на основе прогноза.

Осенью начальник морских операций М. И. Шевелев созвал совместное совещание работников штаба, научно-оперативной группы Арктического института и бюро погоды на острове Диксон. Высадившись на станцию, Сомов встретил здесь своего друга и соратника по первому ледовому прогнозу еще в ЦЙПе И. Г. Овчинникова. Здесь же были уже опытные синоптики бюро погоды В. В. Фролов, А. Н. Петрова, гидролог полярной станции Диксон А. Г. Дралкин.

Вопрос перед специалистами был поставлен четкий;

— Когда ученые рекомендуют выводить последние суда из портов Игарка и Дудинка, то есть когда начнется устойчивое замерзание в устье Енисея и в Енисейском заливе?

Вспоминая об этом совещании на Диксоне, Сомов впоследствии писал:

«Обсуждение прогноза замерзания вызвало на полярной станции оживленные споры. Наши предварительные совещания продолжались иногда по многу часов подряд. На одном из таких затянувшихся совещаний все наконец согласились, что дату начала замерзания бухты Диксон и Енисейского залива можно приблизительно определить исходя из даты перехода через нуль средней суточной температуры воздуха на Диксоне…

Мнения разошлись. Назывались самые разные даты. Каждое мнение при этом обосновывалось убедительными доводами. Спорили долго и горячо. Конец спору положил вахтенный гидролог, заглянувший на совещание после очередных наблюдений. Прислушавшись, он попросил слова и, еле сдерживая смех, сказал:

— Напрасно вы, товарищи, горячитесь. Пока вы спорили, средняя температура воздуха уже перешла через нуль».

Спор разрешился сам собой. Он свидетельствует о том, как мало знали в то время специалисты о процессах в Арктике. Сомов и его коллеги после совещания сели на борт ледореза «Литке» и прошли на нем вверх по Енисею до Игарки, наблюдая процесс осеннего льдообразования своими глазами.

Вернувшись после окончания навигации в Ленинград, Сомов занялся диссертационными делами. Зиму 1940-41 года он провел за подготовкой к сдаче экзаменов кандидатского минимума. А на навигацию Н. А. Еремеев просил дирекцию Арктического института снова направить Сомова штабным гидрологом в штаб арктических морских операций Запада. Были разработаны, обсуждены и утверждены планы рейсов караванов судов.

Но планомерное спокойное течение жизни прервалось войной, развязанной фашистской Германией. Планы пришлось перестроить. Часть арктического флота была передана военному командованию. Остальная часть должна была обеспечить снабжение полярных станций и арктических портов. Ледокол «И. Сталин», на котором снова решено было базировать штаб морских операций, война застала в Мурманске. С первых же дней войны начались налеты фашистской авиации. Вражеские самолеты специально охотились за ледоколом «И. Сталин» и вторым ледоколом — «Ленин», но, к счастью, бомбы не попали в цель. В августе 1941 года ледоколы в сопровождении военного конвоя вышли из Кольского залива, далее при плохой видимости самостоятельно пошли на восток и 21 августа благополучно прибыли на Диксон. На флагманском ледоколе из штаба находился заместитель начальника морских операций А. И. Минеев. Остальные работники штаба, в их числе и Сомов, прилетели из Москвы на Диксон самолетом.

Штаб впервые обосновался на Диксоне. На Диксон пришли суда, благополучно вырвавшиеся из Архангельска. Проводка караванов и рейс отдельных судов прошли благополучно.

В октябре 1941 года арктическая навигация была завершена. Станции, порты были обеспечены двухлетним запасом продовольствия и топлива. Штаб морских операций на одном из ледоколов вернулся в Архангельск. Сюда начали прибывать советские и иностранные суда из Англии, груженные военными и продовольственными товарами. Устье Северной Двины и Белое море покрылись льдом. Необходимо было организовать проводку судов в Архангельск. Сам Архангельск стал большой перевалочной базой для фронта.

Начальник Главсевморпути И. Д. Папанин был назначен Уполномоченным Государственного комитета обороны по перевозкам на Севере. Н. А. Еремеев, являвшийся начальником его штаба, руководил проводкой транспортов через льды Белого моря. Естественно, что он просил военное командование прикомандировать некоторых работников штаба морских операций, в том числе М. М. Сомова. С ноября 1941 года Сомов был назначен в штаб Беломорской военной флотилии для гидрологического обслуживания беломорских ледовых операций.

Михаил Михайлович ничего не знал о судьбе отца. И только после войны, встретившись, они узнали, что жили некоторое время в Архангельске на соседних улицах. Профессор Михаил Павлович Сомов из Мурманска в начале войны был эвакуирован в Архангельск, а потом переехал работать в Нарьян-Мар.

Весной 1942 года, когда льды в Белом море растаяли, полярников откомандировали в распоряжение Главсевморпути для участия в проводке судов в Арктике. Тогда часть Арктического института была эвакуирована в Красноярск. Там обрабатывалась вся гидрометеорологическая и ледовая информация и разрабатывались ледовые прогнозы. В Красноярске находились жена и сын Сомова. Перед отправлением в штаб морских операций Западного района Сомов заехал в Красноярск, где снова включился в работу по подготовке арктической навигации. Вскоре из Красноярска он вылетел на самолете в Арктику. До развертывания морских операций на самолете летчика М. Н. Каминского он совершил несколько полетов на ледовую разведку на летающей лодке типа «МП-7». Кабина самолета была просторной, и Сомов вел ледовые наблюдения, расположив на столике рядом со штурманом бланковые карты и журналы для нанесения и записи ледовой обстановки. Штурман С. И. Богданов был опытным специалистом и симпатичным человеком. Они поладили между собой и работали дружно: Богданов вел счисление пути и сообщал Сомову местоположение самолета, Сомов наносил ледовую обстановку на карту. Потом они совместно развязывали маршрут полета и уже по карте составляли ледовое донесение для передачи по радио органам Службы льда и погоды.

«Наличие готовой карты, — вспоминает Сомов, — упрощало нам задачу составления донесения, и тем не менее эта работа, вместе с кодированием по цифровому коду, занимала у нас настолько много времени, что бывали случаи, когда мы просиживали за ней все время между двумя полетами и уходили вновь в воздух, не отдохнув ни одного часа».