Оставшиеся в строю офицеры решили идти в Шанхай. Уже поздно ночью корабль наткнулся на миноносец «Бодрый». На рассвете, когда стало ясно, что «Блестящий» не сможет идти самостоятельно — миноносец все больше и больше погружался носом в воду, — было решено его потопить и уцелевшим членам команды перейти на борт «Бодрого». Миноносцы сошлись борт с бортом. Сначала перенесли раненых, в том числе и мичмана Зубова, а потом ценные вещи, некоторые продукты. Боясь, что в свете наступающего дня их заметят с судов неприятеля, командир «Бодрого» решил ускорить потопление «Блестящего». Последними перешли на борт «Бодрого» трюмный старшина и механик, открыв на обреченном корабле кингстоны и иллюминаторы. «Бодрый» направился в Шанхай. Зубов после перевязки выполз на палубу и с болью в сердце наблюдал, как в лучах утреннего солнца миноносец, ставший ему родным за многие месяцы тяжелого морского похода, медленно погружался в морскую пучину.
Известный советский писатель-маринист А. С. Новиков-Прибой писал свою книгу «Цусима» на основании опросов участников Цусимского сражения. Сам автор находился в качестве матроса на броненосце «Орел». В многотомном произведении Новикова-Прибоя описываются сотни лиц — от бездарного командующего Второй Тихоокеанской эскадрой адмирала Рождественского, командиров большинства кораблей до сотен рядовых матросов. И среди этих сотен Новиков-Прибой упоминает мичмана Зубова. Так, в одном месте Новиков-Прибой называет его «непоседливым и стремительным юношей», в другом, описывая гибель командира «Блестящего», он говорит и о ранении Зубова. Значит, Зубов, в то время младший офицер небольшого миноносца, чем-то выделялся среди многочисленного состава эскадры.
…28 мая 1905 года, приняв команду с затонувшего судна, «Бодрый» пошел на Шанхай. В Китайском море он попал в шторм. Вскоре кончился уголь, и «Бодрый» оказался во власти моря. Паруса, сшитые из тентов и матросских коек, мало помогали, и судно оказалось в пассивном длительном дрейфе. Кончалась пресная вода, урезали порции продуктов. В офицерской кают-компании велись разговоры на гастрономические темы. Описывая поведение офицеров в этот момент, Новиков-Прибой пишет: «Довольно растравлять самих себя тем, чего у нас нет под руками! — взмолился наконец мичман Зубов, на ранах которого повязки не менялись со дня боя, — не было чистой марли».
В довершение всех бед беспомощный корабль оказался вне судовых трасс. Зубов и наиболее энергичные офицеры составляли планы похода к берегу на вельботе с целью привести спасательное судно.
Наконец, через много дней к «Бодрому» подошел английский торговый пароход «Квейлин» и отбуксировал его в порт Шанхай. В Шанхае экипаж «Бодрогс» был интернирован. Мичман Зубов, в числе других раненых, попал в больницу Красного Креста в Шанхае. Из свидетельства, выданного старшим врачом Артурской больницы Красного Креста в Шанхае Розановым, следовало, что Н. Н. Зубов осколками разорвавшегося снаряда на миноносце «Блестящий» был ранен:
«1) в мягкую часть левого предплечья,
2) одна рана в верхней трети бедра, другая в нижней — обе глубокие.
3) в волосяную часть головы в область височной кости.
Осколки удалены, кроме одного в верхней части левого бедра».
Осенью 1905 года Зубов вернулся в Россию. До апреля 1906 года он находился в отпуске «для излечения болезни, от ран происходящей». Чтобы задобрить офицеров, участвовавших в проигранной на суше и на море войне с Японией, царское правительство стало щедро раздавать медали и ордена. Мичман Зубов в 1906 и 1907 годах был «пожалован»: светло-бронзовой медалью с бантом в память русско-японской войны 1904–1905 гг., орденом св. Станислава 3-й степени с мечами и бантом, орденом св. Анны 4-й степени с надписью «за храбрость».
После отпуска он был назначен на линейный корабль «Слава» Балтийского флота, произведен в лейтенанты, но через год был списан со «Славы» по болезни.
Не только болезнь была причиной ухода Зубова со строевой службы — он тяготился флотской рутиной, бессмысленным времяпровождением и хотел иметь более конкретную специальность, расширить знания. К этому времени относится первая его работа — «Мысли о сигнализации в бою». Она была опубликована в военно-морском журнале в 1907 году. Но Зубов чувствовал, что знаний для теоретической работы у пего не хватает. В июне 1908 года он выдержал вступительный экзамен в Морскую академию на гидрографический факультет. Два года учебы в академии пролетели быстро. Здесь Зубов встретил выдающихся мореведов. Особенно привлекал его Юлий Михайлович Шокальский, читавший в академии три предмета: физическую географию, морскую метеорологию и океанографию. Лекции Шокальского были увлекательны и основывались на конкретных исследованиях. Здесь Зубов впервые услышал, что адмирал Макаров, погибший на крейсере «Петропавловск» при взрыве японской мины на рейде Порт-Артура, был не только выдающимся флотоводцем, но и исследователем Черного и Средиземного морей, Тихого океана, а также создателем первого в мире ледокола «Ермак», на котором совершил плавание в Северном Ледовитом океане. С тех пор имя С. О. Макарова для Зубова стало связываться с исследованиями Мирового океана и он стал изучать труды Макарова не только по тактике морских сражений, но и по мореведению. Вот почему после окончания Морской академии лейтенант Зубов стремится к исследованию океана.
Но добиться желаемого оказалось непросто. Как офицер флота он не имел возможности выбора. Его назначают, не спрашивая его желания, на разные корабли, но нигде он не может найти своего места. В 1910 и 1911 годах Зубов служит на разных кораблях. Он назначается на эскадренный миноносец «Исполнительный», вскоре его переводят на миноносец «Генерал Кондратенко», а через два месяца — штурманским офицером штаба отряда заградителей; после этого он короткое время командует миноносцем «Бурный», а затем переводится старшим штурманским офицером на крейсер «Паллада». И наконец в феврале 1912 года Зубов назначается старшим офицером посыльного судна «Бакан».
Это военно-транспортное судно каждую весну отправлялось с Кронштадтского рейда и в летние месяцы несло охранную службу у берегов Мурмана и Новой Земли. Зубов знал, что это судно в 1910 ив 1911 годах попутно обследовало северо-западные берега Новой Земли, его офицеры Д. Ф. Мантуров и Н. И. Евгенов производили опись берегов, уточняя карты побережья отдельных мест, выполняли океанографические работы в Баренцевом море. Об этом давно мечтал лейтенант Зубов. И вот, когда судно в лето 1912 года оказалось в Баренцевом море, Зубов произвел съемку и промер глубин в Чешской губе в районе устья реки Пеши, а затем губы Митюшихи у Новой Земли. Он пытался направить судно далее на север вдоль берегов Новой Земли, но льды не пустили его.
На «Бакане» Зубов понял, что такого рода работа ему более по душе, чем строевая служба на флоте. Здесь же он впервые столкнулся с морскими льдами и заинтересовался особенностями их образования и разрушения. После плавания в Баренцевом море в 1912 г. Зубов был произведен в старшие лейтенанты.
Состояние здоровья после ранения, неудовлетворенность флотской службой заставили Зубова в августе 1913 года подать прошение об увольнении со службы по болезни. Для увольнения нужно было пройти медицинскую комиссию. И вот заключение комиссии:
«Старший лейтенант Н. Н. Зубов, 28 лет от роду, среднего роста и хорошего телосложения, жалуется на участившиеся головные боли, вызывавшиеся за последние 8 месяцев плавания на посыльном судне „Бакан“ простым надеванием фуражки. Боли эти по временам сопровождаются рвотой и головокружением. Жалуется на некоторое ослабление памяти, легкую утомляемость при занятии, наклонность ко сну, крайнюю раздражительность и беспричинную вспыльчивость. Кроме того, свидетельствуемый отмечает тянущие боли в левой нижней конечности, преимущественна в бедре, при переменах погоды, а при некоторых положениях ноги — острую в ней боль. Судовой врач посыльного судна „Бакан“, несмотря на применение целого ряда доступных средств лечения, облегчения болей не добился».
