Главным в гражданской войне был вопрос о рабстве. Мятежники-рабовладельцы стремились сохранить рабство как социальную систему, распространить его на всю территорию США и в будущем даже на страны Южной Америки. Правительство Линкольна в начале войны видело свою основную задачу в восстановлении Союза и в предотвращении распространения рабства на новые территории.
На 1-м этапе войны (1861—62) Север потерпел ряд тяжёлых поражений. Боевые действия главных сил в 1-й период развернулись на направлении Вашингтон — Ричмонд. В середине июля 1861 35-тыс. армия северян во главе с генералом И. Мак-Доуэллом вторглась в пределы штата Виргиния и достигла р. Бул-Ран, куда одновременно подошла 31-тыс. армия южан под командованием генерала Ли. В сражении при Манассасе (или Бул-Ран) 21 июля плохо вооружённые и обученные войска северян были разбиты и в беспорядке отошли на Вашингтон. Однако южане не использовали успех. Командование северян основное внимание направило на формирование большой армии и создание оборонительных сооружений. Был разработан новый стратегический план («Анаконда-план»), предусматривавший создание силами армии и флота кольца вокруг Южных штатов, которое предполагалось постепенно сжимать вплоть до окончательного подавления мятежников. Маркс и Энгельс подвергли идею этого плана суровой критике, охарактеризовав её как «...возрождение... так называемой “кордонной системы”, которая с таким большим упрямством и всегда так неудачно применялась в 1792—1797 гг. против французов» (Соч., 2 изд., т. 15, с. 505— 506). Они считали, что главный удар необходимо нанести по штату Джорджия. Захват Джорджии привёл бы к рассечению территории Конфедерации на две изолированные части, лишил бы Конфедерацию экономических ресурсов и поднял на борьбу 500 тыс. негров-рабов Джорджии (см. там же, с. 506—07).
В апреле 1862 100-тыс. армия северян под командованием бездарного генерала Дж. Мак-Клеллана вновь предприняла попытку овладеть Ричмондом, нанося удар от Форт-Монро, но на подступах к столице Южных штатов встретила хорошо подготовленную систему инженерных укреплений. В сражении 26 июня — 2 июля на р. Чикахомини (восточнее Ричмонда) с 80-тыс. армией южан северяне потерпели поражение и отступили к Вашингтону. В сентябре 1862 генерал Ли предпринял попытку овладеть Вашингтоном, но после первоначального успеха (т. н. 2-е сражение при Манассасе или Бул-Ран 30 августа) не смог добиться победы при Антьетаме (16—17 сентября) и был вынужден отойти за р. Потомак. Попытка северян перейти в новое наступление на Ричмонд также была неудачна: 11—13 декабря их Потомакская армия генерала Дж. Хукера потерпела поражение при Фредериксберге. В июне — ноябре 1862 командование южан предприняло несколько рейдов конницей Т. Джэксона и А. Стюарта для ударов по противнику с тыла, но ожидаемых результатов эти рейды не дали.
На З. и Ю. в долине Миссисипи военные действия носили частный характер. Войска северян под командованием генерала У. Гранта н Б. Батлера при поддержке эскадры адмирала Д. Фаррагута заняли Мемфис, Коринф и Новый Орлеан. Важное значение имела успешная блокада южных портов флотом северян, благодаря чему Конфедерация была лишена связи с Великобританией и Францией. Действия крейсеров южан («Алабама» и др.) нанесли существенный ущерб торговому флоту северян, но серьёзного влияния на ход войны не оказали.
Успехи мятежников отчасти объяснялись тем, что они были лучше подготовлены к войне. Но главная причина военных поражений северян заключалась в том, что буржуазия Севера боялась опереться на широкие народные массы в борьбе с рабовладельцами. Влиятельные буржуазные круги Севера продолжали поиски путей компромиссного решения конфликта. Это была и с военной и с политической точки зрения совершенно бесперспективная политика. К. Маркс, отмечая решительный характер требований народных масс Севера о переходе к революционным методам ведения войны, писал: «Если Линкольн не уступит (а он уступит), то произойдет революция» (там же, т. 30, с. 222). Маркс выражал твёрдую уверенность в том, что «...ведение войны по-революционному — еще впереди» (там же, т. 15, с. 542). Предвидение Маркса полностью оправдалось. Под давлением народных масс и военных неудач конгресс в 1862 осуществил ряд мер с целью перехода к революционным методам ведения войны. Был издан закон о конфискации имущества мятежников, введена смертная казнь за измену США. Особо важное значение имел закон о гомстедах (см. Гомстед-акт ), принятый 20 мая 1862, и вступившая в действие 1 января 1863 прокламация Линкольна об освобождении негров-рабов в мятежных штатах. Рабы освобождались без выкупа, но и без земли.
С 1863 начался новый этап войны, который характеризовался важными изменениями во всём ходе политической жизни страны, в стратегии и тактике федеральной армии. В Северных штатах возросла политическая активность народных масс, был нанесён ряд серьёзных ударов по контрреволюционным силам. Федеральная армия пополнилась новыми рабочими полками. В армию Севера вступило около 190 тыс. негров, из которых 72% прибыли из Южных штатов. 250 тыс. негров служили в тыловых частях.
2-й этап войны (1863—65) начался в условиях, когда инициатива ещё находилась в руках южан. 2—4 мая 1863 войска северян снова потерпели поражение при Чанселлорсвилле. Однако затем наступил перелом.
В июне 1863 64-тыс. армия генерала Ли начала наступление в Виргинию, конница Стюарта была направлена в глубокий рейд. Навстречу южанам выступила 85-тыс. армия генерала Дж. Мида. 1—3 июля во встречном сражении при Геттисберге южане, лишённые поддержки конницы, потерпели тяжёлое поражение. Серьёзный успех был достигнут в бассейне р. Миссисипи, где армия Гранта овладела её верхнем течением, осадила и вынудила капитулировать крепость Виксберг (4 июля 1863). Вся линия Миссисипи оказалась в руках северян и территория Конфедерации была разрезана на 2 части. В достижении успехов решающую роль сыграли влившиеся в армию фермеры, рабочие и ремесленники, самоотверженно сражавшиеся и придававшие боевым действиям активный характер. Большую роль в борьбе с армией южан играли негры; они вели разведку, производили нападения на войска южан с тыла, служили проводниками. Правительство Конфедерации было вынуждено выделить 100 тыс. солдат для борьбы с восставшими рабами.
Боевые действия северян в 1864—65 носили решительный и манёвренный характер. Назначенный в марте 1864 главнокомандующий генерал Грант разработал новый стратегический план: 122-тыс. Потомакская армия генерала Мида должна была наступать с С. на Ю., разгромить главные силы армии генерала Ли и овладеть Ричмондом; 100-тыс. армия генерала У. Шермана имела задачу наступать с З. на В. против армии генерала Дж. Джонстона, прикрывавшей центральный район Конфедерации, и нанести удар по важнейшим экономическим центрам Юга; одновременно на Ричмонд должна была наступать с В. 36-тыс. армия генерала Батлера. Наступление началось в первых числах мая 1864. Армия Мида подошла к Ричмонду, но овладеть им не смогла. Опираясь на укрепленные позиции, противник оказывал ожесточённое сопротивление и одновременно пытался нанести удар на Вашингтон, но 19 сентября 1864 потерпел поражение при Уинчестере.
В гражданской войне на стороне Севера приняли участие рабочие различных национальностей, многие революционеры, эмигрировавшие в США из Европы (И. Вейдемейер, Г. П. Клюзере, Ф. Якоби и др.). В поддержку Севера активно выступили английские рабочие, которые оказали решительное сопротивление попыткам английского правительства вмешаться в гражданскую войну на стороне рабовладельцев. В ходе войны всё более сказывалось экономическое и военное превосходство Севера. Укрепились и международные позиции правительства Линкольна. Этому в значительной мере способствовала политика России. Россия была заинтересована в существовании единых Соединённых штатов, противостоящих Великобритании и Франции, которые в тот период были основными соперниками царской России. Прибытие в сентябре — октябре 1863 двух русских эскадр (в Нью-Йорк и в Сан-Франциско) было воспринято в США и в западноевропейских странах как дружественная демонстрация в отношении правительства Линкольна.