Вода залила подвал церкви, уничтожила хранившийся там архив, затопила и богадельню: три старушки, спасаясь, забрались на печь, но утонули. Другие схоронились на чердаке, но их убогие пожитки были унесены водой. Кладбищенская церковь размыло до такой степени, что после наводнения служить в ней было нельзя.

Во время наводнения утонуло много людей, другие умерли впоследствии от простудных заболеваний, и потребовалось много мест для их погребения, а между тем на Смоленском кладбище уже и раньше чувствовалась нехватка площади. Император Александр I, побывав на кладбище и в церкви Смоленской иконы Божьей Матери, повелел присоединить к кладбищу пустопорожние земли. Он утешил пострадавших от наводнения старушек, приказал обеспечить их теплой одеждой и обувью и доставлять им пищу в течение трех месяцев.

В 1829 году разрушенную наводнением церковь во имя Смоленской иконы Божьей Матери разобрали и на ее месте воздвигли каменную — во имя Святой Троицы с двумя приделами: один во имя архистратига Михаила, другой — в честь мучеников Сергия и Вакха.

На Васильевском острове находились Российская академия наук, Академия художеств, Горный институт, ряд военно-учебных заведений, и Смоленское кладбище сложилось в основном как пантеон русской науки и культуры. Но еще в 1807 году причт кладбища получил от митрополита предписание — приготовить места для кавалеров Ордена святого Иоанна Иерусалимского. Сначала те были погребены на Каменном острове, но потом гробы с их останками по каким-то причинам перенесли на Смоленское кладбище, причем некоторые даже ночью. Однако в церковные книги об этом записано не было, а потому о них ничего и не известно.

Одной из самых известных на Смоленском кладбище является могила блаженной Ксении Петербургской. Происхождение Ксении Григорьевой (таковы ее настоящие имя и фамилия) неизвестны, а замужем она была за придворным певчим Андреем Федоровым, состоявшим в чине полковника. Оставшись в 26 лет вдовой, она все свое имущество раздала бедным, надела одежду мужа и 45 лет под его именем ходила по Санкт-Петербургу, нигде не имея постоянного жилища. Главным местопребыванием ее стала Петроградская сторона, в основном — приход святого апостола Матфея. Рассказывают, что особым уважением Ксения Петербургская пользовалась у извозчиков, которые наперебой предлагали услуги, едва завидев ее. Считалось, что кому хоть немного удастся подвезти ее, у того весь день будет удачным.

…24 декабря 1761 года блаженная Ксения, как всегда, ходила по Петербургской стороне и всем встречным говорила: «Пеките блины, пеките блины. Вся Россия будет печь блины». Этим, как говорят, она предсказывала смерть императрицы Елизаветы Петровны, умершей на другой день.

Год смерти самой Ксении Петербургской неизвестен, предположительно — на рубеже XVIII–XIX веков. С 1820-х годов на ее могилу хлынули толпы паломников и разобрали всю могильную насыпь. Сделали новую, но разобрали и ее, положили плиту — ее разбили и обломки унесли по домам. Ломая плиты и разбирая землю, посетители оставляли на могиле посильные денежные пожертвования, которыми пользовались нищие. Тогда могилу Ксении Петербургской обнесли оградой, к которой прикрепили кружку для пожертвований. На собранные деньги блаженной Ксении поставили памятник в виде часовни, а кружку оставили у памятника. Одно время половина собранной суммы поступала в пользу попечительства о бедных, а другая половина оставалась в церкви на неугасимую лампаду Ксении Петербургской.

На могиле ее впоследствии кто-то сделал надпись: «Кто меня знал, да помянет мою душу, для спасения своей души». На Смоленском кладбище нигде не служится столько панихид, сколько на могиле Ксении Петербургской. Рассказы о творимых ею чудесах распространялись не только по Санкт- Петербургу, но проникали и в другие города, привлекая на кладбище много посетителей.

Свое название это кладбище, устроенное по указу Сената от 11 мая 1756 года, получило от деревни Волковой и Волкова поля. В старинных документах оно называлось «кладбищем Адмиралтейской стороны, по сю сторону деревни Волковой», «кладбищем Московской стороны, что у деревни Волковой» или просто «что в Волкове». Название деревни и кладбища идет от множества волков, которые «зимою бродили там целыми стаями — по 30 и более штук — и часто нападали на людей и запряженных лошадей».

Сама деревня Волково существовала задолго до основания Санкт-Петербурга и упоминалась в исторических документах еще с 1640-х годов — в Писцовых книгах Ижорской земли. Причем носила она и угро-финское название Суттила (или в другом произношении — Сютила), то есть Волково.

Учреждено оно было взамен закрытого Ямского кладбища, располагавшегося у Крестовоздвиженской (Предтеченской) церкви. Место для Волкова кладбища отвели на левом берегу Черной речки, в устье которой располагался Невский монастырь. Устроено оно было при Елизавете Петровне, так как прежнее Ямское кладбище находилось очень близко к городу, а так как императрица любила гулянье на Ямской в Семик и Прощеное воскресенье, ей совсем не нравилось близкое соседство кладбища. Ямское кладбище решено было закрыть, но до времени разрешили хоронить здесь лиц знатных.

Сначала для Волкова кладбища отвели место на 120 саженей в длину и ширину, и находилось оно против Расстанной улицы. Эту территорию предписано было огородить и устроить на ней деревянную часовню, а для наблюдения за постройками и заведования кладбищем назначить обер-офицера и двух унтер-офицеров, подчинив их ведению губернской канцелярии. К концу лета 1756 года кладбище было открыто для погребений, а к концу года на нем было похоронено уже 898 человек. На осушение кладбища, проведение на нем дорожек и другие благоустройства и тогда и много позже внимания не обращалось, так как точных правил на этот счет не было, да и средств тоже. Так что все «заведование» им ограничивалось лишь приемом покойников со свидетельствами от приходских священников и полиции, записью их в кладбищенскую книгу и наблюдением за рытьем и закрыванием могил. Даже в выборе мест для могил не было никаких правил: выбирали их родственники покойного, и потому могилы вырывались не рядами, по прямой линии, а без всякого порядка, так что впоследствии трудно было проводить дорожки, не повредив могилы.

К концу 1759 года на Волковом кладбище была построена первая церковь, освященная 3 декабря — во имя Спаса Нерукотворного Образа. Возвели ее на месте прежней, разобранной по ветхости и находившейся не на самом кладбище, а около него. О внешнем виде этой церкви, ее внутренней отделке и утвари известно очень мало: она была небольшой, деревянной, на каменном фундаменте, однопрестольная… и очень холодная. Служить в ней зимой было трудно: священники были одеты в овчинные тулупы и валенки, а руки грели в муфте или над жаровней.

Впоследствии на кладбище были назначены четверо рабочих из содержавшихся в богадельне наиболее крепких и здоровых солдат, для которых выстроили большую избу. Эти могильщики обязаны были по очереди ночью караулить и «часы городские слушая, или песочные имея, в колокол звонить». Другие обязанности в церкви исполняли пономари, которые в документах называются «указными сторожами». Они наблюдали за чистотой церкви, благовестили по благословению священника, приготовляли церковные облачения и т. д. Пока в церковь не был назначен староста, пономари также продавали свечи, собирали огарки, принимали погребальные документы, следили за рытьем могил, докладывая обо всем священнику. От губернской канцелярии причт не получал ничего, «довольствуясь мирским подаянием» за погребения.

А погребали на Волковом кладбище в основном людей бедных, которых, как правило, хоронили за ничтожную плату или вообще даром. Это были, в частности, солдаты с семьями и жители Ямской слободы, которые считали вправе пользоваться даровыми местами погребения, так как кладбище было устроено на их земле. Благоустройством его по-прежнему мало кто занимался, да и точных правил приведения его в порядок не существовало. Правительство требовало только одного — хоронить умерших по свидетельствам и записывать о том в кладбищенскую книгу.