Святитель Филипп стал отнюдь не единственной жертвой Иоанна Грозного среди духовенства. Во время карательных рейдов опричников погибло множество приходских священников, игуменов и монахов. Убиенных было столь много, что нередко Синодик опальных сообщает о них не поименно, а приводит лишь общее число погибших при совершении той или иной карательной акции. Особенно жестокому разгрому подвергся в январе-феврале 1570 г. Великий Новгород. Население древнего города, который не был разорен даже в страшные годы Батыева нашествия, теперь было почти наполовину истреблено своим же собственным государем. Террор в Новгороде был неслыханным по масштабу. При этом царь не только не пощадил новгородское духовенство, но начал расправу именно с него. Архиепископ Пимен, недавно оклеветавший и погубивший св. Филиппа, теперь должен был испить ту же чашу. Владыка был взят под стражу как изменник (безусловно, при всех своих отвратительных чертах он таковым не был) прямо на пиру, который архиепископ Новгородский давал в честь царя после литургии в Софийском соборе. Пимен по приказу царя был подвергнут публичному поруганию — его нарядили скоморохом и, посадив задом наперед на кобылу, отправили в Александрову Слободу. После расправы над архиепископом было казнено множество владычних бояр, дворян и слуг, обвиненных в заговоре. Были разграблены не только архиепископские казна и двор, но и сам Софийский собор, из которого опричники вывезли утварь, иконы и даже старинные медные врата (они доныне находятся в Троицком храме бывшей опричной столицы — Александровой Слободы).
Сообщения современников о зверствах, творимых опричниками во время новгородского погрома, леденят кровь. Палачи Грозного топили в водах Волхова даже женщин с грудными младенцами, а разъезжавшие в полыньях на лодках подручные добивали всплывавших топорами и рогатинами. Число казненных новгородских «изменников» исчислялось тысячами (по некоторым оценкам — около 40 тыс.). Опричники ограбили все новгородские монастыри. Несколько сот новгородских игуменов, соборных старцев, иноков и священников было поставлено на правеж. Священнослужителей ежедневно пытали, требуя от них выплаты астрономических сумм в опричную казну: архимандриты должны были внести по 2 тыс. рублей, игумены — по тысяче, простые приходские попы платили по 40 рублей с человека. Многие из клириков при правеже были забиты до смерти. В последние дни погрома Новгорода Иоанн расправился с купцами и простыми жителями. Опричники разгромили посад, уничтожив большую часть городских построек. Ценные товары с купеческих складов были конфискованы, а то, что было трудно увезти — сожжено. Напоследок Иоанн решил кардинально решить вопрос с бродяжничеством. Поскольку по причине морозной и голодной зимы в городе скопилось множество бедноты, царь велел выгнать за пределы Новгорода всех нищих. Большинство их погибло от голода и сильных морозов. Вероятно, имели место случаи каннибализма, так как затем царь обвинил оставшихся в живых бродяг в людоедстве и велел утопить их в водах Волхова.
Участь Новгорода разделили и другие города Новгородского края: Ладога, Ивангород, Орешек, Корела, а также села и деревни, монастыри и поместья северо-западного края. Никто не смел противиться безумной воле самодержца. Запуганное и затерроризированное духовенство после смерти св. Филиппа надолго замолчало и не решалось обличать Опричнину. В это страшное время свой голос в защиту невинно страждущего от своего царя народа могли возвысить лишь юродивые. Не случайно, именно эта эпоха — II половина XVI в. — дала небывалое доселе количество блаженных. Это время, когда подвизались свв. Василий Блаженный, Иоанн Большой Колпак, Николай Салос и множество иных Христа ради юродивых. Подвиг юродства становится единственным в условиях того времени способом уйти из не умещавшегося в православном сознании кровавого кошмара, в который превратил христианскую монархию царь Иоанн IV. Юродство было единственно возможной формой обличения опричного произвола. И царь Иоанн Грозный, сотнями истреблявший священников и монахов, не убоявшийся поднять руку даже на святого митрополита, не смел казнить юродивых, которые обвиняли его. Так, например, царь не решился тронуть псковского юродивого — святого Николая Салоса, обличившего Иоанна, когда государь намеревался учинить в Пскове такой же погром, как в Новгороде. Встречая царя, Николай предложил ему кусок сырого мяса. Когда Иоанн в ответ заметил ему, что идет Великий Пост, юродивый спросил его, можно ли в Пост пить кровь человеческую? После этого устрашенный царь не дерзнул учинить во Пскове такой же тотальный погром, как в Новгороде. Правда, несколько десятков псковичей все же было убито, а монастыри и храмы ограблены. Царь Иоанн собственноручно убил преподобного Корнилия, игумена Псково-Печерского монастыря и еще нескольких иноков этой обители, так как не мог простить им близости к князю Андрею Курбскому.
По возвращении царя в Москву в столице также прошла серия новых казней. В том числе были зверски казнены казначей Никита Фуников и знаменитый дьяк Иван Висковатый. На соборе по указке царя русские епископы во главе с митрополитом Кириллом вновь столь же послушно, как и ранее в истории со святым Филиппом, постановили лишить сана врагов убиенного святителя — архиепископа Новгородского Пимена и епископа Рязанского Филофея. Пимен был сослан в Никольский Веневский монастырь, где через год скончался — сбылось пророчество св. Филиппа.
К учиненным царем погромам скоро добавилась еще одна беда. Пока русские войска воевали в Ливонии, на ослабевшую от войны и опричного террора страну решил напасть крымский хан Девлет-Гирей. Объявив джихад русским, хан в 1571 году вторгся в пределы Московского государства. Первоначально он не имел намерения идти на Москву, но перебежчики донесли ему, сколь разорена Русь своим собственным монархом, который уже и не живет в Белокаменной. Тогда Гирей пошел на Москву, уничтожая города и села, грабя, истребляя и пленяя их жителей. Характерно, что в эту войну как никогда много перебежчиков переметнулось к крымчакам от отчаяния, вызванного опричным террором. Позднее, в Смутное время, в сознании многих русских сработает сходный психологический комплекс, и они станут на сторону самозванцев и интервентов. Девлет-Гирей совершил обманный маневр и вышел в тыл русским. Иоанн пришел в состояние паники и покинул свое войско. Царь убежал в Ростов, надеясь оттуда в случае дальнейшей опасности идти на Вологду. Русское войско отступило в Москву, но татары преследовали его по пятам. 24 мая 1571 г. татары, грабившие окрестности столицы, подожгли московские окраины. В короткий срок огонь распространился на Земляной город, Китай-город и Кремль. Москва выгорела дотла. Пожар бушевал с такой силой, что татары даже не смогли овладеть Москвой и разграбить ее. Большая часть жителей города и воинов погибли в пожаре. На следующий день татары отступили от сожженной Москвы.
Набег Девлет-Гирея причинил Московскому государству огромные бедствия — его южная часть была почти полностью уничтожена: татары сожгли здесь 36 городов, истребили и увели в плен десятки тысяч жителей. Это было как будто предупреждение Иоанну свыше. Но царь не внял. Опять началось прежнее — поиски виновных (царь прежде всего обвинил воевод, забыв, что сам бросил войско и столицу на произвол судьбы) и расследование мнимых заговоров. Маниакально подозрительный царь готов был обвинить в измене даже своего наследника — царевича Иоанна. Вновь последовали изощренные казни множества людей. Россия в это время настолько ослабела от Ливонской войны, Опричнины, крымского разорения, голода и чумы, что Иоанн Грозный на переговорах с крымчаками готов был уступить им Астрахань (Гирей требовал при этом и Казань). Тем не менее, на фоне всех этих ужасающих бедствий царь вознамерился в третий раз жениться. После долгих и масштабных смотрин он избрал себе в супруги 16-летнюю Марфу Собакину, родственницу Малюты, который и указал на нее царю. Однако Марфа скончалась почти сразу после свадьбы.
В 1572 г. Девлет-Гирей, стремившийся вновь установить татарское иго над Россией, опять пошел войной на Московское государство. Однако в кровопролитном сражении близ подмосковного села Молоди татарское войско было разбито благодаря искусным действиям полководцев князей Воротынского и Хворостинина. Царь Иоанн и на этот раз отсиделся вдали от военных действий — в недавно разоренном им Новгороде. Невзирая на новые испытания, постигшие страну, Иоанн снова занят исключительно собой. Он решает еще раз жениться. Однако проблема заключается в том, что четвертый брак в соответствии с канонами Православной Церкви невозможен. Но абсолютно уверовавший в свою безнаказанность и вседозволенность Иоанн 1V этим нимало не смущается. Митрополит Кирилл, скончавшийся 8 февраля 1572 г., был избавлен от тяжелой необходимости выбирать между долгом архипастыря и страхом слуги перед царевым гневом. Однако возможно, что Иоанн успел завести с ним речь о четвертом браке и получить не тот ответ, которого ожидал. Быть может, именно этим объясняется то странное обстоятельство, что почившего митрополита похоронили не в Успенском соборе, рядом с гробами других Предстоятелей Русской Церкви, а отвели для его погребения скромный Новинский монастырь на окраине Москвы.
