Толерантное отношение к религии было одним из принципов политики Чингисхана. Понятно, что это было одним из условий, при котором Чингис мог надеяться создать мировую империю. Основным законодательным сборником, которым руководствовались преемники Чингисхана была его «Книга запретов» или «Ясса», в которой предписывалось уважительное отношение ко всем религиям. И все ханы должны были клятвенно обещать исполнять эти предписания, в том числе — быть терпимыми ко всем религиям. Великий хан монголов Мункэ в ответ на предложение монаха-францисканца Рубруквиса принять католичество заявил: «Все люди обожают одного и того же Бога, и всякому свобода обожать Его как угодно. Благодеяния же Божии, равно на всех изливаемые, заставляют каждого из них думать, будто его вера лучше других». Чем не экуменист XIII века?

Отношение Батыя к Русской Православной Церкви естественным образом вытекало из этой устоявшейся монгольской традиции терпимости и даже покровительства к христианам. Конечно, Церковь и духовенство пострадали в Батыево нашествие точно так же, как и весь русский народ. Храмы и монастыри были разграблены и преданы огню. Множество священнослужителей перебито. Погиб или, как полагают, бежал в Грецию и митрополит грек Иосиф. Однако, как только монголы ушли, утвердив зависимость Руси от Золотой Орды, так сразу же утвердилось в русских землях основанное на Яссе Чингисхана покровительственное отношение монголов к Русской Церкви. Она осталась фактически единственным свободным установлением на покоренной Руси. Когда в 1246 г. по приказу ханов Гуюка и Батыя была произведена перепись населения с целью обложения его данью, все духовенство было освобождено от любых выплат монголам. Отношение к священнослужителям у монголов помимо идеологически обусловленной терпимости в то же время имело и некоторый оттенок суеверия. Православные священники воспринимались язычниками-монголами отчасти, как и свои собственные шаманы, которых, как считалось, лучше не обижать. Церковь была освобождена от выплаты дани, а церковный суд остался неприкосновенным. Это стало одной из причин значительного роста церковного землевладения — чем более земель переходило в собственность Церкви, тем большее число людей освобождалось от уплаты дани Орде.

Отношение монголов к Православной Церкви не изменилось и после того, как брат и третий по счету преемник Батыя — Берке — принял ислам. Вероятно, это было еще не глубокое обращение в магометанство, так как житие святого царевича Петра Ордынского свидетельствует, что для исцеления своего больного сына Берке, как типичный носитель языческой психологии, приглашает представителей различных религий, в том числе и Ростовского епископа Кирилла. При том же Берке, в 1262 г., в столице Орды — Сарае — была учреждена православная епископская кафедра. По мнению Карташева, едва ли инициатива открытия этой епархии в столь сложное время могла принадлежать Священноначалию Русской Церкви, тем более, что и в самой кафедре особой практической нужды не было. Возможно, что именно хан по соображениям престижа решил открыть у себя в Орде эту Сарайскую епископию. Вероятнее всего, что это была не совершенно новая епархия, а древняя Переяславская, центр которой после разгрома Переяславля Южного был перенесен в Сарай. Эта епархия в самом центре Золотой Орды должна была духовно окормлять русских пленных, рабов, прибывавших в Орду князей. Вероятно, выполняла она и некоторую дипломатическую функцию в отношениях между Ордой, Русью и Византией.

Хан Менгу-Тимур (1266-1281 гг.) положил начало еще одной традиции в отношениях между Ордой и Русской Церковью. Он впервые выдал первому после Батыева нашествия митрополиту Киевскому и всея Руси Кириллу II ярлык на управление Русской Церковью, подобно тому, как это делалось в отношении русских князей. Поскольку с самого начала монголы не посягали на права православного духовенства, появление ярлыков, по мнению Карташева, было мерой не учредительной, а охранительной, дабы избавить духовенство от посягательств ханских чиновников, злоупотреблявших своими полномочиями. Во всяком случае, характер ярлыков митрополичьих заметно отличался от характера княжеских ярлыков: монголы в дела управления Русской Церковью никогда не вмешивались.

В ханских ярлыках можно было встретить такие утверждения: «Кто будет хулить веру русскую, надругаться над нею, тот ничем не извинится, а умрет злою смертию». Ярлыки вменяли в обязанность русскому духовенству молиться за хана и его семью. Ярлык Менгу-Тимура объявляет: «Мы пожаловали попов и чернецов и всех богадельных людей, да правым сердцем молят за нас Бога, и за наше племя без печали, благословляют нас…». Столь же благожелательно отношение к Русской Церкви и хана Узбека, выраженное в его ярлыке митрополиту св. Петру. Несмотря на то, что Узбек и все последующие за ним ханы Золотой Орды уже были мусульманами, они считали необходимым продолжать следовать традиционной монгольской веротерпимости и не проявляли столь характерного для ислама религиозного фанатизма. Узбек, например, подобно многим другим ханам, был женат на христианке — дочери византийского императора Андроника Младшего Палеолога. Сестра же Узбека — Кончака — вышла замуж за Московского князя Юрия Данииловича и в крещении получила имя Агафия. Вообще же подобные случаи женитьбы русских князей на крещенных монгольских принцессах были не редки на Руси в XIII–XIV вв. Так, на дочери Менгу-Тимура, получившей в крещении имя Анна, был женат князь Ярославский и Смоленский св. Феодор Чермный.

Позже, в XIV столетии, Русские митрополиты также приезжают в Орду за ярлыками. Митрополит св. Феогност в 1343 г. получил ярлык от Джанибека, который, будучи мусульманином, оставался, однако, весьма благосклонным к Русской Церкви. Его отношение к православному духовенству традиционно для монголов: для исцеления своей жены Тайдулы он приглашал св. митрополита Алексия Московского. В 1357 г. св. Алексий приезжал за ярлыком к хану Бирдибеку. Последний же ярлык датирован 1379 г.: его выдал нареченному митрополиту Михаилу-Митяю хан Атюляк. После этого вскоре последовала знаменитая Куликовская битва, и отношения Руси с Ордой вошли в иную фазу. Власть монголо-татар на Руси стремительно ослабевала, и выказывание ханами расположения к Русской Церкви утратило всякий смысл. Кроме того, исчезли старые монгольские традиции, сменившиеся фанатичным исламизмом.

Характеризуя в целом «монгольский» период русской истории, необходимо отметить, что отношения между русскими князьями и татарскими ханами имели характер вассалитета. Причем, отнюдь не добровольного. Русские князья поневоле должны были стать вассалами татарского хана, которого на Руси стали именовать «царем». Иначе невозможно было сохранить свой удел и даже жизнь. Это означало также, что русские князья помимо уплаты «выхода в Орду» обязаны были поставлять ханам-чингизидам воинов. Известно, что в начале «Монгольского» периода русские ратники служили в монголо-татарской армии. В частности, это имело место в Персии, Китае. Этот вассалитет выражался и в том, что право на владение землей князья получали не по наследству, как ранее, а как дар, милость, оказанную ханом за лояльность и подтвержденную ярлыком. Первоначально все князья должны были ездить за ярлыком в Орду. Но примерно лет через 70 все уже ограничилось получением ярлыка одним лишь великим князем. Это означало вассальную зависимость великого князя и всех подчиненных ему князей от хана Золотой Орды.