Пока бояре яростно дерутся, грабя казну и захватывая самые доходные «кормления», где-то на кремлевских задворках подрастает всеми забытый и брошенный государь-отрок. До него боярам нет никакого дела, его воспитанием никто не занимается, его наследие никто не обороняет. А ведь совсем иначе обстояли дела, когда таким же малолетним Московский престол унаследовал Димитрий Иоаннович, будущий Донской. Тогда бояре все как один встали на защиту интересов Московской державы, оберегая своего малолетнего государя и продолжая политику его предков. Потому-то и князь в ту пору не мог не считаться с мнением боярской думы и поступать вразрез с убеждениями своих советников — всех сплачивало служение одному великому общему делу. Теперь же, к XVI в., все было иначе, ибо совершенно иным стал характер взаимоотношений государя-самодержца и его бояр. Уже Иоанн III в ответ на выражаемое против его мнения суждение боярина кричал: «Пошел вон, холоп! Ты мне более не надобен!». А при Василии III бояре и вовсе уже не дерзают перечить своему самодержцу, который сознает свое происхождение от автократоров Палеологов. Поэтому бояре, превратившиеся в холопов высшего ранга, подлинно по-рабски ненавидят своего господина и не радеют о его деле, собственности, хозяйстве — то есть о Русском государстве. Это страшные симптомы духовной деградации русского общества, которое переживает глубочайшую трагедию: царственный блеск православной монархии и величие Третьего Рима сочетаются в нем с серьезным духовным изъяном. Корень его — в деспотии, ставшей искаженным отражением подлинной православной монархии, призванной быть земной иконой Царствия Небесного. Именно этот византийский изъян унаследовал вместе с великолепной идеей Третьего Рима Иоанн III, и в еще большей степени его сын-полугрек Василий III. Именно в этом коренится причина того кровавого ужаса, в который православное царство выродится в правление их потомка и продолжателя — Иоанна IV Грозного.

В делах церковных царила не меньшая смута. Митрополит Даниил, привыкший потакать сильным мира сего, продолжал действовать в том же духе. Он оставался в силе, пока жива была Елена Глинская, которая не могла забыть услуги, оказанной ей угодливым митрополитом — благословения на прелюбодейный брак с Василием Иоанновичем. Но как только Елены не стало, и разгорелись распри между боярскими кланами, Даниил быстро запутался в легко меняющейся обстановке. Митрополит неверно рассчитал ход событий и примкнул к князю Ивану Бельскому. Однако Шуйские победили в этом противостоянии и отправили Бельского в заключение. Вместе с временщиком пал и недальновидный митрополит. Князь Иван Шуйский уже на шестой день после этого события возвел на митрополию игумена Троице-Сергиева монастыря Иоасафа (Скрипицына), бывшего воспреемником Иоанна IV от купели. Характерно, что Иоасаф явился первым русским митрополитом после разрыва с греками, который при восшествии на митрополичью кафедру не объявлял о своем отречении от Константинополя, как это обычно делали его предшественники. Возможно, это было связано с тем, что Иоасаф принадлежал к кругу нестяжателей, которые были склонны к восстановлению прерванных связей с греками. Впрочем, слова митрополита, сказанные при его поставлении, имели в виду не возврат к юрисдикционной зависимости от Константинополя, но лишь единство с ним в православном учении.

Иоасаф возглавлял Русскую Церковь в течение только трех лет. На протяжении всего этого времени в России продолжалось боярское правление, или правильнее сказать — смута. Боярские группировки по-прежнему враждовали. Основными по-прежнему были партии князей Шуйских и Бельского. Князь Иван Шуйский надеялся, что поставленный с его помощью митрополит Иоасаф будет ему за это весьма благодарен, а потому вполне послушен. Но Иоасаф, который вообще был человеком принципиальным и прямолинейным, сочувствовал Бельскому, так как считал его более достойным правителем. Митрополит Иоасаф в 1540 г. добился освобождения Бельского и привлечения его к участию в государственных делах.

Недовольные этим Шуйские организовали заговор. В ночь на 3 января 1542 г. они подняли в Кремле мятеж. Бельский был арестован и сослан на Белое озеро, где его вскоре умертвили. Митрополит Иоасаф, которого мятежники забросали камнями, скрылся на кремлевском Троицком подворье. Бунтовщики едва не убили его. Показательно, сколь быстро, благодаря усилиям Василия III и митрополита Даниила, упал на Руси авторитет митрополичьей власти. Первосвятителей уже запросто низлагают и побивают камнями, причем даже не законные самодержцы, а мятежные мужики, купленные на деньги временщиков Шуйских. Такое отношение к Предстоятелю Русской Церкви также весьма наглядно характеризует трагические перемены, происшедшие к середине XVI в. в духовном облике русского человека. Взятый под стражу Иоасаф вскоре был сослан в Кирилло-Белозерский монастырь. Потом, в 1547 г., по случаю венчания Иоанна Грозного на царство, его перевели в Троице-Сергиеву обитель, где он позднее, так же как и Максим Грек, пребывал под началом сердобольного старца Артемия и скончался в 1555 г.

После низложения Иоасафа встал вопрос о его преемнике, которого вновь выбирали при активном вмешательстве безраздельно властвовавших Шуйских. Русские епископы, уже навыкшие к молчанию и покорности за время правления двух предыдущих государей и период боярского господства, и на этот раз послушно следовали всем указаниям временщиков, возглавляемых князем Иваном Шуйским. Казалось, что в условиях боярской смуты еще более будет поколеблена церковная жизнь Руси. Однако, к счастью для Церкви и страны, этого не произошло, несмотря на все политические коллизии, так как новым митрополитом Московским и всея Руси стал такой яркий и выдающийся иерарх как архиепископ Новгородский Макарий, который возглавлял Русскую Церковь в 1542-1563 гг.

Св. Макарий родился около 1481-82 гг. Высказывалось предположение, что он происходил из среды белого духовенства, был женат, но вскоре овдовел, потеряв и жену и ребенка (однако это мнение сегодня оспаривается). Постриг он принял в Пафнутьевом Боровском монастыре. Так что налицо его близость к тому кругу, из которого вышел и преп. Иосиф Волоцкий. Затем Макарий становится архимандритом Лужецкого Ферапонтова монастыря под Можайском. Здесь, возможно, он и познакомился с Василием III. Однако, в угодничестве, подобном Даниилову, он никогда замечен не был. В то же время Макарий стал известен как строгий ревнитель общежительного устава в монашеской жизни, а также как один из наиболее широко образованных и умнейших людей своего времени, крупный духовный писатель. Даже не особо склонный к похвале в адрес русских преп. Максим Грек высоко отзывался об одном из его произведений.

В 1526 г. Макарий был хиротонисан во архиепископа Новгородского. Он прибыл на Новгородскую кафедру после того, как она в течение 17 лет оставалась праздной после низложения владыки Серапиона, недруга Иосифа Волоцкого. Поведение Серапиона было использовано новгородцами в оппозиционных по отношению к Москве целях, а потому государь не давал вольнолюбивому Новгороду нового архиерея, требуя полной покорности. Кроме того, Василий таким образом, вероятно, надеялся как можно больше поживиться за счет Новгородской кафедры, которую великие князья под политическим предлогом регулярно обирали. Макарий же, как справедливо полагал великий князь, мог быть вполне лояльным к Москве и одновременно снискать любовь своей новгородской паствы. Так в итоге и получилось.