Почему же св. Иона пошел в данном случае на такой жесткий шаг, самостоятельно определив себе преемника? Безусловно, это было связано с тем исключительно сложным моментом, который переживали в ту пору как Русская Церковь, так и Московское государство. Потребность в столь жестком решении диктовалась необходимостью сохранения той линии в церковной жизни, которая была намечена при св. Ионе. Святитель исходил из высших интересов Русской Церкви и православного государства. Ведь в это время, как никогда, велика была угроза насаждения Флорентийской унии и нового наступления католицизма на Восток. Разделение Русской Церкви создавало опасную тенденцию, которая могла иметь продолжение и привести к углублению раскола. Быть может, как духоносный старец, Иона предвидел и скорое появление на Руси ереси «жидовствующих», тем более, что еще не были до конца изжиты и остатки стригольнической ереси. Кроме того, очень сложной была и политическая ситуация на Руси. Вероятно, великий князь, посвященный в намерения Ионы, не скрыл от митрополита предчувствия своей скорой кончины, после которой он мог опасаться возникновения новой смуты, подобной ранее бывшему противостоянию с Юрием Звенигородским и Димитрием Шемякой. В то же время было очевидно, что окончательное крушение ордынского ига уже не за горами. Это грядущее событие, равно как и только что свершившееся под натиском турок падение Византии, заставляли ожидать решительных перемен в будущей жизни Московского государства. В таких условиях нужно было обеспечить максимальную стабильность как церковных, так и государственных дел в столь судьбоносный момент истории Руси. Отсюда и желание св. Ионы поставить на митрополию Предстоятеля, который гарантировал бы продолжение его собственной линии в церковной и государственно-политической жизни.
Поставление Феодосия на митрополию, произведенное опять-таки без ведома Константинопольского патриарха, закрепляло новый статус Русской Церкви как целиком ни от кого не зависимой. Однако подвластный туркам Константинополь, уже отрекшийся от унии и вернувшийся к этому времени в Православие, отказывался признать автокефалию Русской Церкви. Греки по-прежнему проявляли свое заносчивое нечувствие к реалиям церковной жизни Руси, что и обусловило резкое уменьшение контактов с ними на фоне и без того подорванного авторитета вчерашних униатов. Эта высокомерная и пагубная для интересов Вселенского Православия близорукость Константинопольских патриархов выразилась и в том, что они, отказавшись от унии, тем не менее, сохранили в силе церковное отлучение Русской Церкви, наложенное на нее униатскими патриархами. Патриарх Дионисий в 1469 г. продолжил эту неконструктивную линию, заявляя, что Московских митрополитов он не признает как поставленных без благословения Константинополя.
Однако неразумие этой политики Стамбульских патриархов было столь очевидно, что представители иных Восточных Церквей не считали необходимым следовать их курсу в отношении Руси, бесспорно ставшей отныне самым мощным оплотом Православия в мире. Одним из первых это понял Иерусалимский патриарх Иоаким, который в 1464 г. решил лично посетить Москву. И хотя поездка так и не состоялась, Иоаким впоследствии прислал Иоанну III грамоту, которой прощал и отменял церковное запрещение, наложенное на Русь Константинополем. Карташев полагал, что это было сделано не без молчаливого согласия Константинопольской Патриархии, которая без урона своему престижу все же стремилась хотя бы частично разорвать тот порочный круг, который образовался после разрыва отношений между Константинополем и Москвой. Не считаться с независимой Русской Церковью Восток просто не мог: Русь отныне заняла в православном мире совершенно исключительное место духовного лидера, реально восприняв на себя то служение, которое прежде несла погибшая Византия.
И все же надо отметить, что размолвка Москвы с Константинополем, последовавшая за указанными событиями, дорого обошлась всему православному миру. И заносчивость греков по отношению к русским, и подозрительность русских в отношении к своим вчерашним учителям, соблазнившимся унией, — все это чрезвычайно сузило поле русско-греческих церковно-культурных связей. И хотя в течение XVI века предпринимались некоторые попытки преодолеть эту нездоровую ситуацию, в целом достигнуть этого так и не удалось. А между тем, нормализация отношений между Московской митрополией и Константинопольским Патриархатом была жизненно необходима для всего православного мира. Москва, сильно оскудевшая в годы татарщины по части духовного просвещения, тем не менее, сохранила, а теперь и усиливала свой государственно-экономический потенциал. Именно он после падения Византии мог стать основой для сохранения общеправославного духовно-культурного наследия и школьной традиции, если бы их удалось привить на русской почве. К сожалению, этого не произошло. В результате и греки под жесточайшим османским игом стали стремительно деградировать в культурном плане, и Москва в XVI–XVII вв. не смогла наладить должным образом школьное дело и продвинуть вперед православную богословскую культуру.
После поставления Феодосия (Бывальцева) на митрополию на Руси была предпринята попытка обосновать новый порядок вещей, сложившийся в Русской Церкви в связи с переходом к самостоятельности. Суздальский священноинок Симеон написал так называемое «Слово об осьмом соборе», т. е. о Ферраро-Флорентийском соборе и заключенной на нем унии, в котором рассматривал церковную независимость Руси от греков именно как следствие отпадения последних от Православия. Русь предстает у Симеона в качестве единственной хранительницы истины Православия, что, надо сказать, на ту пору в общем-то соответствовало действительности. Ведь только стойкость русских в православной вере, а также отрезвляющий удар турок по Константинополю, привели к тому, что греки вернулись к Православию. В произведении Симеона уже оформляются те мысли, которые чуть позже выкристаллизуются в теорию Москвы — III Рима.
Митрополит Феодосий возглавлял Русскую Церковь недолго, с 1461 по 1464 гг. Еще до своего поставления на митрополию он был известен тем, что в 1455 г. находился в острейшем конфликте с св. Ионой. Дело было настолько серьезным, что Иона даже велел заковать Феодосия в железо и посадить в тюрьму. Причиной столь суровой реакции митрополита на действия Ростовского архиепископа было то, что однажды в навечерие Богоявления, которое совпало с воскресным днем, Феодосий своим указом разрешил свою ростовскую паству от поста: монахам позволил вкушать рыбу, яйца и молоко, а мирянам даже мясо. При этом и сам Феодосий нарушил пост. Иона так разгневался на него за это, что даже хотел лишить Феодосия кафедры. И только заступничество великой княгини, которая лично ходатайствовала перед Ионой, и раскаяние самого Феодосия смогли угасить гнев Первосвятителя. Однако в целом Феодосий был известен как подлинный подвижник монашеской жизни и ревнитель исправления нравов в своей епархии. Особое внимание он уделял соблюдению канонических установлений Церкви относительно брака.
Удивительно, но всего через каких-то пять лет после упомянутого инцидента Иона выбирает своим преемником на Московской митрополии того самого Феодосия, которого недавно наказывал. Это, конечно, говорит об истинно духовном понимании вещей, которое отличало св. Иону. Прещение, наложенное на Феодосия, было следствием того трепетного отношения к аскезе, которое в целом было свойственно для русского монашества того времени, и к которому по своему внутреннему строю принадлежал сам Иона. Это очень показательно для понимания того, каким Православная Русь видела архиерейское служение. Оно не мыслилось здесь, в отличие от Запада, как некое феодальное бытие за счет Церкви. Владыки, принадлежавшие к Московской Церкви, при всей своей значимости в русском обществе того времени никогда не были по своему внутреннему облику горделивыми «князьями церкви».
Св. Иона не мог оставить без внимания нарушение столь важного для духовного облика архиерея аскетического момента, каковым, по его мнению, было строгое соблюдение поста. Отсюда его резкая реакция на послабление, данное Феодосием его пастве. Но когда митрополит лучше узнал Ростовского епископа, он смог убедиться, сколь замечательна в духовном плане эта личность. Иона скорее всего понял, что даже в инциденте с Богоявленским сочельником проявилось человеколюбие Феодосия, а отнюдь не пренебрежение к посту. Иона очень высоко ценил Феодосия, хотя и смирил его для его же пользы железными оковами. В нем митрополит увидел очень чуткого к своей пастве архипастыря, а потому и избрал своим преемником.