Важно отметить, что после смерти в 1448 г. императора Иоанна VIII Палеолога, одного из творцов Флорентийской унии, на Руси была предпринята искренняя попытка возвратиться к прежнему порядку вещей. Здесь готовы были даже отказаться от автокефального образа бытия Русской Церкви, если бы только Константинополь порвал с унией. Об этом свидетельствует послание, направленное преемнику Иоанна — последнему Византийскому императору Константину XII, — где вновь повторяется, что Иона поставлен самостоятельно на митрополию лишь ради великой нужды, в условиях предательства Исидора. Однако, перед лицом гибели Константинополя его последний монарх вновь слепо уповал на помощь католического Запада, а потому также принял унию. Так что не Русь искала автокефалии ради самой идеи церковной независимости и каких-то националистических амбиций, но исторические обстоятельства принуждали нашу Церковь перейти к самостоятельному бытию ради блага Православия.
Этому способствовали и дальнейшие обстоятельства. 29 мая 1453 г. Константинополь пал под ударами турок Магомета II Фатиха. Империи Ромеев более не существовало. И это обстоятельство также весьма сильно повлияло на дальнейшее осмысление идеи независимости Русской Церкви. Патриархом в Царьграде-Стамбуле стал православный Геннадий Схоларий, и уния была ликвидирована. Однако, русские привыкли видеть в Константинополе не только свой церковный центр, но и центр всего православного мира — столицу империи, с которой в их глазах ассоциировалась симфония Церкви и государства в лице патриарха и императора. И это реально подтверждалось на Руси тем, что оба они поминались на первом месте в ектениях за богослужением во всех храмах Русской Церкви, на чем постоянно настаивали сами греки. Но если первоначально эта симфония была разрушена после Флорентийского собора через отпадение в унию как императора, так и патриарха, то теперь этой симфонии не было по причине исчезновения православной императорской власти. Патриарх Царьграда не мог быть теперь для Руси тем, чем он был ранее, ведь он уже пребывал не в симфонии с православным государем, а был зависим от турецкого султана-мусульманина. После столь болезненно пережитой Флорентийской унии факт зависимости патриарха от султана мешал вернуть былое доверие к грекам. Напротив, Русь — единственная на тот момент православная держава в мире, — почти уже сбросившая с себя иго монголо-татар, находящаяся в фазе огромного духовного подъема, впервые ощутила себя хранительницей того истинного, основанного на Православии, порядка вещей в его полноте, логика которого заставляла сделать вывод: теперь Русь Московская приняла на себя наследие Рима, Империи, Православного Царства. Таким образом, идея Третьего Рима уже начинала кристаллизоваться в сознании московитов. Однако, на этом взлете Русскую Церковь ожидали и большие испытания, сопряженные с немалыми потерями.
Наибольшей из них стал выход Литовской Руси из-под юрисдикции митрополита Ионы в 1458 г. Произошло разделение Русской Церкви на две независимые друг от друга митрополии. И более, вплоть до конца XVII столетия, воссоединиться им уже не было суждено. Св. Иона стал последним митрополитом, возглавлявшим единую Русскую Церковь, и последним из наших Первоиерархов, титуловавшихся «митрополитом Киевским и всея Руси». Разделение Русской Церкви случилось при следующих обстоятельствах. Произошло примирение Польско-Литовского государя Казимира с Римом. После смерти папы Евгения IV и отречения его противника — базельского антипапы Феликса V — новым папой стал Николай V, и схизма в католическом мире была преодолена. Казимир, примиряясь с Римом, должен был воспринять и все, достигнутое на Флорентийском соборе. Можно думать, что если сам Казимир и не сразу оценил Флорентийскую унию как возможное средство достижения религиозной унификации своих подданных на базе католицизма, то эмиссары Ватикана смогли ему доходчиво разъяснить заманчивые перспективы, которые создавало принятие унии в Польше и Литве. Действительно, уния обещала королю многое: православные русские и литвины, принимая унию, переставали в глазах государя-католика быть «пятой колонной» Московии и становились гарантированно лояльными по отношению к монарху. Кроме того, в перспективе можно было надеяться на полное слияние Польши и Литвы, до сих пор объединяемых лишь личной, династической унией, в унитарное государство, одно из самых больших в Европе. А там можно было бы чаять и разгрома с последующим присоединением опять-таки через унию и Московской Руси. Имперская перспектива кружила голову Казимиру. Папа Каллист III, ставший преемником Николая V, не переставал убеждать польского короля в необходимости поспособствовать введению унии в своей державе, рисуя гигантские выгоды от униональной затеи. В итоге в 1458 г. Казимир решается отторгнуть у св. Ионы все западные епархии и передать их униатскому митрополиту.
Однако, Исидор, напуганный тем отношением, которое ему уже выказали на Руси после его Флорентийского триумфа, и к тому же весьма уже немолодой, в Литовские пределы ехать не дерзнул. Номинально он вплоть до самой своей смерти в 146 г. продолжал титуловаться «митрополитом всея Руси». Вместо него на Русь Литовскую решено было отправить викария, посвятив его также с возведением в митрополичье достоинство. Таковым был избран ближайший ученик и протодиакон Исидора — Григорий Болгарин. Он был рукоположен униатским Константинопольским патриархом «в изгнании» Григорием Маммой, который жил в Риме. Вероятно, униаты формально разделили Русь на две митрополии. Одна — Московская — номинально числилась за Исидором. Другая — «Киевская, Литовская и всей нижней России», как она официально именовалась, — за Григорием. Вся афера была окончательно утверждена преемником почившего в разгар реализации этой затеи Каллиста III — новым папой Пием II. Последний, имевший в миру имя Энео Сильвио Пикколомини, был весьма своеобразной личностью. Гуманист в ренессансном духе, он был знатоком и страстным почитателем античной литературы и философии, поэтом-эротоманом. Никаких подлинно христианских убеждений новый папа не проявлял. И то, что понтифик, маниакально приверженный языческой культуре, проявлял такое живейшее участие в деле насаждения Флорентийской унии в Западной Руси, лишний раз подтверждало подлинную сущность восточной политики католицизма — прибрать к рукам новые земли, новые народы, утвердить свою гегемонию над ними, лишь прикрываясь именем Христовым.
Интересы Рима вполне совпадали с интересами Кракова, и Казимир IV признал митрополитом над своими русскими подданными униата Григория Болгарина. В юрисдикцию последнего вошли 9 епархий: Брянская (Черниговская), Смоленская, Перемышльская, Туровская, Луцкая, Владимиро-Волынская, Полоцкая, Холмская и Галицкая.
Василий Темный пытался протестовать против этого шага Казимира. Великий князь Московский написал Польско-Литовскому государю: «Григория от Рима не принимай к себе на место общего нашего отца, митрополита Ионы, новизны не делай, старины нашей не нарушай. А старина наша — еще от прародителя нашего, великого князя Владимира, крестившего Русскую землю, и по этой старине взыскание и принятие митрополитов всегда зависело от великих князей русских, а не от князей литовских. Кто будет нам люб, тот и будет у нас митрополитом на всей Руси, а от Рима митрополиту у нас не быть: мне не надобен». Тон послания, надо отметить, довольно резок. Едва ли по этой причине оно могло содействовать урегулированию создавшейся ситуации. Помимо письма, к Казимиру были также направлены два весьма представительных посольства: одно — от великого князя Московского, другое — от митрополита Ионы. Всей литовско-русской пастве Иона направил окружное послание, в котором убеждал православных не принимать митрополита-униата и стоять за православную веру. Однако, эти меры не принесли почти никаких результатов. Лишь князья Киевские Симеон и Михаил Олельковичи, как ни странно, откликнулись посланием к Ионе, в котором заверяли его в своей верности, хотя их отец Александр (Олелько) Владимирович в свое время признавал митрополитом Исидора. Князь Юрий Семенович Ольшанский также ответил, что продолжает признавать митрополитом всея Руси Иону. Но особого значения это не имело: Казимир, связанный теперь папской буллой, не мог и не хотел отступать в задуманном предприятии с внедрением унии в Литовской Руси.
