В Москве, вероятно, колебались: отправлять ли в Царьград великокняжеское послание или просто явочным порядком утвердить независимость Русской Церкви. И поначалу скорее всего верх взяло последнее мнение. Однако, можно думать, что эти колебания вскоре обнаружились вновь. Иначе не было бы необходимости в 1445 г. составлять новую редакцию послания. Быть может, это произошло после того, как в Москве узнали о том, что в 1443 году в Иерусалиме собрался Собор, на котором присутствовали три Восточных патриарха — Александрийский, Иерусалимский и Антиохийский, которые заявили о полном неприятии и осуждении Флорентийской унии. Тем не менее, в Константинополе по-прежнему сидел патриарх-униат. А вскоре Москве стало уже не до канонических терзаний. Разгорелась самая настоящая война, на сей раз гражданская. Вновь вспыхнула смута в связи с притязаниями сыновей Юрия Звенигородского — Василия Косого и Димитрия Шемяки — на великое княжение Московское. Великому князю Василию II, который в 1446 г. был свергнут, ослеплен и стал с этого времени именоваться «Темным», некогда было среди всей разыгравшейся на Руси драмы заниматься делами утверждения автокефалии Русской Церкви. В то же время, решение это уже окончательно оформилось в сознании русских. Об этом свидетельствует хотя бы тот факт, что Шемяка, на короткое время утвердившись на Москве, обращается за помощью к Рязанскому епископу Ионе, обещая ему в случае поддержки признать его митрополитом всея Руси. Так что смута в великокняжеском доме лишь отсрочила, но не сняла с повестки дня вопрос об установлении церковной независимости Руси от греков.
Едва лишь Василий вновь утвердился на великом княжении, как наконец давняя проблема была разрешена поставлением Ионы Рязанского на митрополию с титулом «Киевского и всея Руси». И хотя еще 17 лет тому назад Иона был избран кандидатом на митрополичью кафедру, прежде интронизации состоялось его повторное избрание. В этом видели особую необходимость, так как это второе избрание проходило при чрезвычайных обстоятельствах и по сути должно было стать началом автокефалии Русской Церкви. Для участия в этом предприятии в Москву прибыли 4 епископа: Ефрем Ростовский, Авраамий Суздальский, Варлаам Коломенский и Питирим Пермский. Евфимий Новгородский и Илия Тверской прислали свои грамоты с изъявлением согласия на поставление Ионы. Присутствовало немало представителей черного и белого духовенства. Рязанский епископ вновь единогласно был признан достойным митрополичьей кафедры. Надо отметить, что на Соборе еще не раз в речах выступавших звучали осторожные ссылки на аналогичные поставления митрополитов в Киеве без ведома греков, и даже отмечалось, что Иону уже благословил стать преемником Исидора Константинопольский патриарх 17 лет назад. 5 декабря 1448 г. состоялось торжественное поставление Ионы в митрополиты.
Московский Собор был собором, в котором приняли участие исключительно архиереи Северо-Восточной Руси, и вообще все дело низложения Исидора и поставления святителя Ионы было чисто московским предприятием. Это перед лицом Литвы ставило серьезное препятствие на пути сохранения единства Церкви, до сих пор столь оберегаемого Москвой. Однако, ради сохранения Истины Православия Русь Московская готова была пойти на такую жертву, как вполне реальное теперь новое разделение Русской Церкви. Вскоре это действительно случилось.
Итак, Русская Церковь обрела свою независимость от греков с поставлением на митрополию св. Ионы. Этот великий святитель, причтенный к лику святых, возглавлял Русскую Церковь с традиционным титулом «митрополита Киевского и всея Руси» в 1448 — 1461 гг. Св. Иона был уроженцем погоста Одноушево, что вблизи Солигалича, — в далеком, медвежьем углу Костромской земли. Уже в молодости Иона стал монахом солигаличского Воскресенского монастыря. Перейдя отсюда в столичный Симонов монастырь, молодой монах выказал выдающиеся дарования, которые вскоре позволили ему выдвинуться. Природная одаренность сочеталась в этом человеке с подлинной духовной глубиной монаха-подвижника, каковым он оставался всю свою жизнь, даже уже будучи митрополитом. При св. Фотии Иона становится епископом Рязанским и Муромским. Здесь он немало потрудился над обращением в Православие мордвы, мещеры и некоторых других языческих племен, обитавших в пределах его обширной епархии. Став митрополитом всея Руси, Иона проявил себя деятельным приверженцем объединительной политики Московских князей, в единственно правильном курсе которой теперь уже никто на Руси не сомневался. Святитель был решительным сторонником великого князя Василия Васильевича. Правда, в период борьбы последнего с Димитрием Шемякой Иона невольно совершил одно деяние, направленное во вред великому князю: он привез Шемяке из подчиненного его юрисдикции Мурома детей Василия под свое архиерейское ручательство за их жизни, веря княжеской клятве Димитрия. Однако, видя злоупотребление своей доверчивостью, Иона отказался от сотрудничества с Шемякой, решительно встав на сторону низложенного Василия. Это обстоятельство много способствовало восстановлению власти ослепленного Шемякой Василия Темного на великокняжеском Московском престоле в 1447 г. Иона, в частности, много писал в союзные Шемяке Новгород и Вятку, призывая их жителей отказаться от поддержки узурпатора и признать великим князем Василия. Сам Василий Темный не вменял Ионе в вину его былую невольную ошибку, бывшую следствием политической неискушенности святителя. Поэтому с возвращением на престол Василий доводит до конца дело с поставлением Ионы в митрополиты. Весьма показательно, что сам Иона, видимо, очень остро переживал момент своего поставления, которое вынужденно совершилось в нарушение привычного порядка вещей, без ведома Константинополя. По своем избрании новый митрополит направил своей пастве окружное послание, в котором объяснял причину нарушения заведенного порядка — отступничество греков от Православия на Флорентийском соборе.
Изгнанный из Москвы и Твери Исидор не был признан митрополитом даже в Литве и Польше, так как там поначалу отвергли Флорентийский собор ради Базельского. Это дало возможность Василию Темному согласовать с Казимиром IV Ягеллоном, королем Польши и великим князем Литвы (1443-1492 гг.), вопрос о поставлении Ионы. Таким образом он был признаваем законным Предстоятелем единой Русской Церкви как в Великороссии, так и в землях Литовской Руси. Однако, поскольку Исидор в свое время с большой помпой проехался по этим областям, а народ церковный не слишком разбирался в таких тонкостях, как Флорентийская уния, Ионе пришлось утверждать свою юрисдикцию над Западной Русью с помощью особых разъяснительных посланий. Сохранились два из них, направленные к Киевскому князю Александру Владимировичу, внуку Ольгердову (тому самому, который столь щедро наделял Исидора всем, что принадлежало митрополитам в Киеве, и признавал его Первоиерархом) и ко «всем князьям и панам и боярам и наместникам и воеводам и всему купно литовско-галицкому людству».
Написал послание Иона и к Казимиру IV, причем именовал его своим «сыном», а себя — «богомольцем обоих великих князей» — Литовского и Московского. Здесь, наверное, как и в случае с отданными Шемяке детьми Василия, сказывалась некоторая политическая наивность и неискушенность Ионы, который будучи сам человеком слова и долга, так и не научился осторожности и по-прежнему принимал за чистую монету все щедрые обещания политиков. А основания к тому, чтобы увидеть двойную игру Казимира, имелись. Так, подтвердив в 1451 г. права Ионы, прибывшего в Вильну, на возглавление литовско-русских епархий, он, тем не менее, не передал в его юрисдикцию земли Галиции, входившие в состав Польши, где королем являлся сам же Казимир. Можно было увидеть в этом шаге короля намеренное стремление ослабить Православие в подвластных Польше землях Руси. В то же время в Литве, где Казимир не чувствовал себя слишком уверенно и должен был считаться с пожеланиями православного большинства населения, он вынужден был до поры скрывать свое намерение изъять православных литовских подданных из юрисдикции Московского святителя. Однако, как только в самое ближайшее время политическая конъюнктура изменилась, Казимир быстро реализовал свои планы. Это произошло всего лишь через 1 лет после того, как Иона возглавил Русскую Церковь.
