С апреля по октябрь 1438 г. проходили предварительные переговоры по вопросу о чистилище и состоянии праведников по смерти. Исидор прибыл уже к их концу. Результатов эти прения не принесли: греки остались при своем мнении, не приняв католического учения о чистилище, и папа стал оказывать на них грубое давление. Грекам сильно урезали выдаваемое содержание, а потом и вовсе перестали его платить: православные делегаты терпели крайнюю нужду. Многие собирались уже уехать, но император Иоанн VIII приказал никого из Феррары не выпускать. В такой обстановке, так и не дождавшись приезда кого-либо из европейских государей, были начаты официальные соборные заседания. Главным вопросом их стала проблема filioque. Однако, вновь общего мнения не было достигнуто, и опять греков стали принуждать к компромиссу, используя материальный фактор: деньги на проживание снова перестали выдавать.
С февраля 1439 г. заседания собора были перенесены во Флоренцию. Снова проблема filioque была центральной на прениях. От греческой стороны выступал святитель Марк Эфесский, ревностный защитник Православия и крупнейший богослов того времени. Поскольку он аргументированно подвергал критике католические догматические новшества, латиняне так и не смогли навязать грекам своего учения. Но и сами при этом остались при своем мнении, не приняв православного. Раздражению папы Евгения не было предела. Он предъявил грекам ультиматум: к Пасхе 1439 г. либо принять католическое учение, либо убираться к себе в Константинополь. Соборные заседания прекратились, но начались частные встречи папы с греческими делегатами. Используя то материальные ограничения, то, напротив, щедрые выплаты, католики склонили на свою сторону многих византийцев. В числе наиболее активных поборников соединения с Римом оказались и убежденные западники по своим принципам: митрополиты Исидор Русский и Виссарион Никейский, а также духовник императора Иоанна — Григорий (впоследствии униатский патриарх). На сторону готовящейся на латинской основе унии удалось склонить и престарелого патриарха Иосифа, который вскоре после якобы выраженного им согласия с латинским учением скончался при весьма загадочных обстоятельствах. После этого греков убедили принять и прочие католические догматические новшества, в том числе и учение о папском примате.
5 июля 1439 г. уния была подписана всеми греческими делегатами, за исключением одного лишь Марка Эфесского. Узнав об этом, папа Евгений с раздражением воскликнул: «Так мы ничего не сделали?» Вскоре после подписания унии непреклонный Марк бежал из Италии. Исидор же поставил красноречивую подпись под актом о соединении с Римом: «подписуюсь с любовью и одобрением». Спутник митрополита всея Руси — Авраамий Суздальский — был принужден к подписанию акта тюремным заточением и насилием. После подписания он, однако, бежал домой, в Россию, где поведал об увиденном и принес покаяние. Весьма показателен тот факт, что на следующий день после заключения унии во флорентийском кафедральном соборе была совершена торжественная месса. Однако, никто из греков, еще вчера подписавших акт о признании благодатности латинской мессы, не дерзнул причаститься опресноками при ее совершении.
Греки, кажется, очень скоро поняли, что дали увлечь себя в мероприятие, столь же постыдное, сколь и бесполезное для их гибнущего Отечества. В этом они смогут окончательно убедиться вскоре, в дни штурма Константинополя турками. А пока что многие греческие иерархи, подписавшие унию, высаживаются на родной берег со словами горького раскаяния: «Мы продали нашу веру, мы променяли Православие… Да отсечется рука, подписавшая беззаконное определение! Да исторгнется язык, изрекший согласие с латинянами?» И хотя Иоанн VIII ставит на патриаршую кафедру сначала Митрофана Кизического, а потом своего духовника Григория Мамму — ревностных униатов, — народ унии не приемлет. Ее проклинают повсюду. В итоге император Иоанн перед кончиной и сам отрекся от своего беззаконного детища и умер православным.
Однако, в Риме пока что выражают свое удовлетворение. Роль Русского митрополита в деле заключения унии была столь велика, что папа выказал ему свое особенное расположение. Исидор перед отъездом на Русь получил кардинальскую шапку и титул «legatus de latere» — «легата от ребра апостольского». Его юрисдикции подчиняют не только Русь и Литву, но также Ливонию и Польскую Галицию. Вскоре Исидор двинулся в путь, неспешно направляясь в Россию. Повсюду он призывает православных причащаться вместе с католиками. Об этом же из Буда-Пешта он в 1440 г. отправляет окружное послание своей пастве. В Кракове митрополит был принят королем Польши и служил греческую литургию в римском костеле. Многократно сослужил он с католиками. Но поддержки католических властей Польши и Литвы, на которых Исидор возлагал большие надежды, он так и не встретил. Причиной этому было то, что король Польши Владислав III Ягеллон (сын Владислава II Ягайла) не признавал в то время ни папу Евгения IV, ни базельского антипапу Феликса V, а потому не воспринял и Флорентийской унии. В Литве же князем после смерти Сигизмунда стал брат Владислава Казимир Ягеллон (будущий король Польши Казимир IV), который боялся конкуренции за престол со стороны сына Сигизмундова, а потому не хотел вносить смуту в умы своих православных подданных поддержкой унии. Однако, многие православные удельные князья Литовской Руси, в том числе и Киевский князь Александр Владимирович, внук Ольгерда, приняли Исидора как своего законного митрополита. Трудно сказать, почему так произошло. Быть может, просто по своей безграмотности не поняли до конца смысла происшедшего.
Объехав большинство городов Галиции и Литовской Руси, в марте 1441 г. Исидор наконец прибыл в Москву. Здесь его ждал прием, совершенно другой, нежели в Европе. В Москве были вполне в курсе всех деяний Исидора на Флорентийском соборе. Бежавшие из Италии люди из свиты Исидора уже успели рассказать о его папизме и оказанном им активном давлении на других греков, склоненных к унии усилиями Русского митрополита. Наиболее веско, разумеется, прозвучало покаянное слово Авраамия Суздальского, живой жертвы Исидорова униатства. Москва имела время, чтобы оправиться от шока, вызванного осмыслением катастрофической ситуации, когда вдруг оказалось, что давшие Руси православную веру греки во главе с патриархом и императором оказались отступниками и еретиками. Причем, все усугублялось сознанием того, что православный русский народ остался сиротой, потеряв в лице своего митрополита-отступника духовного лидера. После всех ранее описанных безобразий, связанных с поставлением митрополитов в погрязшем в коррупции Царьграде, отступничество греков стало финальным аккордом, после которого ни о каком доверии к вчерашним учителям — грекам — на Руси говорить уже не приходилось. Русская Церковь начинала понимать, что вопреки своим желаниям и устремлением волею Божией она в тот момент оказалась единственной Поместной Церковью на земле, оставшейся верной Истине Православия. Православные русские люди вдруг поняли, что кроме них, великого Марка Эфесского и горстки афонских монахов во всем мире больше нет православных. Кроме их Святой Руси нет больше в мире Вселенской Церкви. Обнаружить подобный факт — значило абсолютно по-новому взглянуть на себя и весь окружающий мир.
Задача, которая встала перед русскими, была невероятно сложной: в самый короткий срок нужно было сориентироваться, как далее существовать самостоятельно, в кольце враждебных Православию соседей, без привычной оглядки на Константинополь. Кроме того, нелегко было сообразить, как разрешить скандальную ситуацию, которая складывалась с приездом в Москву Исидора. Во многом это удалось сделать благодаря мудрой и твердой позиции, которую занял молодой князь Василий Васильевич. Его в нашей исторической науке принято по традиции рисовать абсолютно серой и невыразительной личностью. С легкой руки Ключевского, не признававшего за потомками св. Димитрия Донского никаких достоинств, образ Василия Темного и его эпохи хрестоматийно рисовался по контрасту. Безликий князь, наломавший немало дров за время своего якобы бездарного княжения, с одной стороны. И с другой, — его окружение, которое неуклонно ведет Москву по пути возвышения и собирания Руси под скипетр этой «посредственности». Конечно, все это выглядит большой натяжкой. И история с Исидором показывает, сколь далек подобный взгляд от объективности. Тонкий ум и дипломатический талант Василия со всем блеском проявились в вопросе о низложении Исидора и достижении автокефалии Русской Церкви.
