К моменту поставления Исидора греки уже вовсю готовились к Ферраро-Флорентийскому собору, который должен быть рассмотреть вопрос об унии Константинополя с Римом. Такой ценой греки надеялись купить военную и финансовую помощь против наступавших турок. Уже было совершенно очевидно, что в скором времени Константинополь может быть захвачен турками. Империя угасала, ее история стремительно приближалась к своему трагическому финалу. Размеры Византии в I половине XV в. свелись к одному лишь Константинополю с его окрестностями да маленькому Морейскому деспотату на Пелопоннесском полуострове. Тем не менее, в Царьграде еще продолжал существовать император, и Первоиерархом православного мира по-прежнему считался Константинопольский патриарх. Но в некогда блестящей столице Империи Ромеев царила ужасающая нищета. Население Царьграда было во много раз меньшим, чем прежде. Целые кварталы города лежали в руинах, в том числе и Большой императорский дворец. Практически отсутствовало войско. Денег катастрофически не хватало на самое необходимое. Даже император ел на деревянной посуде. Все это были явные признаки агонии империи и приближающегося конца. В то же время турецкая мощь была несопоставима с силами угасающей Византии.
При этом распад Византии стимулировался бездуховностью ее населения. Уже не раз упоминалась коррупция, которая царила в Константинопольской патриархии и при дворе. Но самое страшное, что в преддверии гибели империи торговля уже шла не «по мелочам» — кафедрами, титулами и т. д., — а фундаментальными духовными ценностями. Запад в лице папства соглашался оказать помощь Константинополю только в обмен на уступки в вероучении и подчинение Православной Церкви власти Рима. Не раз уже Византия находилась на волосок от гибели, но по вере ее православного народа она всякий раз была спасаема чудесным образом и от персов, и от арабов, и от наших языческих предков — руссов. Однако, на это раз греки искали спасения не у Бога, а у латинского Запада. Но вероотступничество не могло принести спасения — Византия была обречена. И тем не менее, Константинополь еще строил иллюзии и надеялся на земную силу католического воинства.
В такой ситуации, когда готовилась уния, важно было, чтобы крупнейшая митрополия Константинопольского Патриархата — Русская — была вполне лояльна к этой антиправославной затее, а сами русские, от которых можно было ожидать неожиданности, максимально отстранены от участия в этой акции. Поэтому столь поспешно и бестактно, без всякого согласования с великим князем Московским, был поставлен на митрополию Исидор. Несмотря на продолжающееся стремление Литовских князей к отделению своих православных подданных от Московской кафедры, Исидору была подчинена вся Русская Церковь, включая и западно-русские епархии. Это вполне объяснимо, так как в деле подготовки унии важно было унифицировать контроль за Русью. Кроме того, можно было в таком деле рассчитывать и на поддержку польско-литовских государей, имевших в униональной затее и свой политический интерес.
Таким образом, в 1437 г. Иона возвратился на Русь, но не митрополитом, как ожидалось, а все тем же Рязанским епископом в свите нового Предстоятеля Русской Церкви. Впрочем, его утешили обещанием (надо заметить, тоже весьма бестактным), что по кончине Исидора он непременно будет поставлен на митрополию. Исидор был верным соратником патриарха Иосифа и императора Иоанна VIII Палеолога в деле созидания унии с латинянами. Патриотически настроенный грек (хотя, вероятно, болгарского происхождения), он с огромным энтузиазмом отнесся к плану обороны империи силами католического Запада. Вероятно, его прокатолический настрой не был исключительно следствием политического компромисса. Современники отзывались об Исидоре как о человеке обширнейших познаний, которые, впрочем, не соседствовали в нем с духовной глубиной. Как и его соратник в деле заключения унии — митрополит Никейский Виссарион, — Исидор выглядит, скорее, интеллектуалом ренессансного типа, чуждым православной духовности и, напротив, близким идеалам западно-европейского гуманизма в духе «Возрождения».
Приверженцем западной ориентации он зарекомендовал себя еще до того, как стал митрополитом всея Руси. В 1433 г. Исидор уже побывал на Базельском соборе католической церкви, где начал диалог об унии. Так что на влиятельнейшую кафедру Константинопольского Патриархата был поставлен убежденный приверженец союза с Западом, что, по мысли греков, не только гарантировало их от возможных протестов русских по поводу унии, но и вовлекало Русскую Церковь в самое активное участие в диалоге с латинянами. Быть может, наряду с этими соображениями имел место также и самый меркантильный расчет обнищавших «ромеев» — воспользоваться для осуществления своей дорогостоящей затеи деньгами Русской Церкви.
Реакция великого князя Василия Васильевича на появление Исидора в Москве, как и следовало ожидать, была отрицательной. Он даже думал о том, чтобы прогнать нового митрополита. Но решил не устраивать скандала: положение самого Василия в Москве было не вполне уверенным, так как дело Юрия Звенигородского готовы были продолжить сыновья мятежного князя. Едва лишь приехав в Москву, Исидор стал собираться в Феррару на предстоящий собор. Удержать втайне от великого князя цель своей поездки в Италию митрополит, конечно, не мог. Но, скорее всего, он сумел убедить Василия в том, что соединение с Римом возможно и без ущерба Православию. Выгоду же от объединения сил всего христианского мира для противостояния исламским странам Исидор мог обрисовать великому князю в весьма заманчивом виде. Это тоже могло сыграть свою роль, так как Русь вступила в решающую стадию борьбы за полное освобождение от татарской зависимости: Орда уже сто лет, как была исламизирована.
Исидор выехал в Феррару с огромной свитой в 100 человек, в составе которой был и Суздальский епископ Авраамий, и гигантским обозом: 200 коней везли имущество митрополита, подаренное Василием. Великий князь напутствовал митрополита: «Если уже ты непременно желаешь идти на Осьмый Собор, то принеси нам оттуда наше древнее Православие, которое мы приняли от предка нашего Владимира, а нового и чужого не приноси нам, — мы того не примем». Исидор обещался в том клятвой. Отбыл он в сентябре 1437 г. По дороге митрополит прибыл в Новгород. Здесь, как и по всей Руси, уже успел распространиться не без участия Исидора распущенный слух о том, что митрополит едет во «Фряжскую землю» обращать «латину» в Православие. Благодаря этой рекламе Исидору удалось даже то, чего не смогли добиться его предшественники: восторженные новгородцы отказались ради такого случая от борьбы с митрополитом за право «месячного суда» и вернули ему все былые привилегии. Помимо этого Исидор сумел изъять Псков из юрисдикции Новгордских владык и присоединил его к своей митрополичьей области: псковичи давно уже тяготились церковной зависимостью от своего торгового конкурента — Новгорода.
Однако, уже в соседней Ливонии Исидор повел себя так, что стало вполне ясно, чего в действительности следует ожидать от него в Ферраре. При встрече митрополита местными католиками и православными он первым делом прикладывался к латинскому кресту, а затем уже к православному, иногда посещал костелы, не заходя при этом в православные храмы. В августе 1438 г., миновав Германию, Исидор через год после выезда из Москвы прибыл в Феррару, где еще в апреле 1438 г. начался собор, впоследствии перенесенный во Флоренцию. Здесь уже находилась вся греческая делегация, которая дала папе Евгению IV убедить себя ехать в Феррару, а не в Базель. Там заседал другой собор Западной церкви, который находился в разрыве папой, и с которым ранее греки поддерживали связь. Базельский собор, назвавший себя «Вселенским», постановил, что собор стоит выше папы и имеет право низлагать последнего. Такая позиция могла бы дать больший шанс для подлинного богословского диалога с Западом о соединении Церквей. Кроме того, Базельский собор был поддержан большинством европейских монархов, в том числе и императором «Священной Римской империи Германской нации», что сулило более реальную помощь грекам. Евгений IV отлучил от Церкви всех участников Базельского собора, а те, в свою очередь, угрожали аналогичной мерой всем собравшимся на собор в Ферраре. Ни один европейский монарх не приехал в Феррару. Никто из них, кроме герцога Бургундского, не прислал сюда даже своих послов. Поражает политическая недальновидность всегда столь изощренно хитрых греков: при конфликтной ситуации, которая на тот момент сложилась в отношениях между папством и государями европейских стран, было очевидно, что никакой реальной помощи Константинополю ожидать не приходится, каковы бы ни были итоги Феррарского собора.