2 марта, после неудачной попытки выбить басков из восточного барбакана, Монсегюр капитулировал. Похоже, что это решение было навязано катарам солдатами их собственного гарнизона, многие из которых не были еретиками и ценили свою жизнь больше, чем выживание своих хозяев. Об облегчении охватившем осаждающую армию можно судить по щедрым условиям, предоставленным гарнизону, который сопротивлялся в течение девяти месяцев. Ему позволялось уйти с миром, приняв легкое наказание от инквизиции, которое распространялось даже на тех, кто был причастен к резне в Авиньоне. Наказанию подлежали только те упрямцы, которые отказывались отречься от своих заблуждений. Сам замок должен был быть передан Церкви и королю, но его защитникам разрешалось оставаться там в течение пятнадцати дней, прежде чем он будет сдан и для выполнения этого любопытного условия им были предоставлены заложники. Причину этого трудно установить, хотя, возможно, оно имело какую-то религиозную цель, которую не раскрыли записи инквизиции, при всей их тщательности. Безусловно, последние дни Монсегюра обладают всем трагизмом и нереальностью заключительных сцен Гибели богов Рихарда Вагнера. Атмосфера нарастающего эмоционального накала подпитывалась постоянными службами и проповедями. Несколько человек объявили о своем формальном присоединение к секте. Другие принимали consolamentum группами по два-три человека в течение последних двух недель, хотя знали, что тем самым обрекают себя на верную смерть. 16 марта тех, кто отказался отречься от своих заблуждений (в их число входили и все новые совершенные), заковали в цепи и вывели из ворот замка отдав в руки осаждающих. Их умоляли отречься, но никто из них этого не сделал. На равнине под замком королевские войска соорудили огромный, обнесенный оградой, костер из дров. На нем в течение нескольких минут погибло более двухсот катаров. Среди них были дочь Раймунда де Перейля Эсклармонда и Бертран де Марти, последний епископ, возглавлявший общины катаров в Тулузене.

Гарнизону предстояло провести в замке еще одну ночь, а у Пьера-Роже де Мирпуа оставалось одно незавершенное дело. Двумя месяцами ранее, после падения восточного барбакана, он принял меры по сохранению сокровищ Монсегюра, "золота, серебра и большого количества денег", которые были доверены двум дьяконам из Тулузы. Они покинули замок ночью и были пропущены через осадные линии сочувствующими в осаждающей армии, местными ополченцами, которых Гуго д'Арси неразумно разместил в уязвимом месте блокады. Сокровища все еще были спрятаны в одной из пещер региона Сабартес. 16 марта, за день до окончательной капитуляции, Пьер-Роже спрятал в своих покоях трех или четырех еретиков. Ночью их тайно выпустили из замка, и они спустились вниз по отвесному склону скалы, чтобы позаботиться о сокровищах. О природе сокровищ и успехе этой затеи больше ничего не известно, кроме бесплодных домыслов романтиков. На следующее утро Пьер-Роже и остальные обитатели передали замок сенешалю, приняли епитимью и ушли.

Монсегюр был не последним убежищем катаров, павшим перед католиками (Керибюс располагавшийся на вершине скалы в Фенуйедах продержался до 1255 года). Но его падение стало катастрофой для угасающей Церкви катаров, поскольку только непокорность Монсегюра позволила совершенным южного Лангедока служить своим общинам после того, как местная знать их покинула. После 1244 года катары постепенно перестали быть Церковью с последовательной доктриной и иерархией управления. Многие из ее лидеров умерли, а их общины превратились в изолированные, автономные ячейки. После 1246 года ни в Тулузене, ни в Альбижуа не было слышно о катарских епископах, а число совершенных неуклонно сокращалось. Во второй половине XIII века consolamentum применялся редко. Верующие еще оставались, но их убеждения, когда они представали перед инквизицией, были все более запутанными, а некоторые не слышали проповедей совершенных в течение многих лет до своего ареста. За подчинением Раймунда VII Церкви в 1243 году последовал период особенно сильных преследований, в ходе которых катары лишились тех покровителей из дворянства, которые у них еще оставались. К тому времени, когда Альфонс де Пуатье после смерти Раймунда в 1249 году завладел Лангедоком, мелкое дворянство смирилось с тем, что победа католической Церкви необратима. Среди толп, собравшихся в Тулузе и Муассаке, чтобы принести присягу верности французским комиссарам, было много тех, чьи предки поддерживали Церковь катаров в самые мрачные годы войны Симона де Монфора. Транкавель, дважды не сумев вернуть свое наследство силой, объявил о своем подчинении короне в апреле 1247 года в церкви Сан-Феликс в Безье. Людовик IX назначил ему пенсию в размере 600 ливров в год, а в следующем году он оказался среди соратников короля в Египте. Так же поступил и Оливье де Терм, который сражался рядом с Транкавелем при Каркассоне в 1240 году, но в 1248 году командовал арбалетчиками Людовика с храбростью, которую признали Жуанвиль и Иннокентий IV; он умер в 1275 году, оставив большую часть своего состояния Церкви. Эти резкие перемены преданности были симптомами более широкого движения к покорности и конформизму среди внуков бурного поколения южных дворян.

То меньшинство, которое держалось за свою веру, было вынуждено исповедовать ее в пещерах, лесах и кладовых. Более предприимчивые бежали в Каталонию, где инквизиция существовала лишь номинально, или в Италию, где она была неэффективна. Пьер Бовиль, один из заговорщиков Авиньоне, бежал в Ломбардию в 1245 году и встречал колонии изгнанных катаров везде, куда бы он ни отправился. В Кони колония еретиков из Тулузы проводила службы в кладовой лавки кожевника; бывший дьякон Тулузы возглавлял другую общину в Пьяченце, а его бывший епископ спокойно жил в Кремоне. Бовиль прожил тридцать лет среди этих эмигрантов, пока в 1277 году не вернулся в Тулузу навестить своего сына и не был немедленно арестован инквизицией. По крайней мере, он был избавлен от зрелища парализованной от уныния и упадка Церкви катаров, чему во многом способствовало бегство ее лидеров за границу. Верующий из Орьяка, который считал эмигрантов трусами и дезертирами, считал, что "как мы спасемся, если не сможем получить consolamentum от их рук?" "Неужели это будет продолжаться вечно, это преследование совершенных?" — спросил другой на собрании верующих в кладовой лавки в Сорезе, один из которых позже повторил это замечание инквизиторам.

Эта агония не могла продолжаться долго. Тулузская инквизиция более или менее завершила свою работу к смерти Альфонса де Пуатье в 1271 году, а в 1279 году она неофициально приостановила свою деятельность. Другие трибуналы, в Альби и Каркассоне, продолжали действовать, но далеко не все их жертвы были катарами. Некоторые из них были просто политическими противниками инквизиции, существование которой становилось самоцелью. Из двадцати пяти выдающихся горожан, арестованных в Альби в 1299 году, вряд ли более одного были катарами. Бернард Делисье, францисканский монах, чья длительная вражда с инквизицией стоила ему свободы в 1319 году, несомненно, был полностью ортодоксом. Истинные катары все еще встречались в южных горных районах Лангедока. Здесь странствующий совершенный Пьер Отье ускользал от инквизиторов с 1298 года, когда он прибыл из Италии, до 1309 года, когда его схватили возле Кастельнодари. Но ни один совершенный не попадал в руки инквизиции после Гийома Белибаста, который был сожжен инквизитором Памье в 1321 году. Он укрывался в Каталонии, но агент-провокатор заманил его в Тирвию, каталонское владение графа Фуа, где его ожидал инквизитор. Оказалось, что даже он придерживался каких-то невнятных и эксцентричных убеждений, которые свидетельствуют, даже лучше, чем обстоятельства его ареста, об упадке религии, последним мучеником которой он был. Инквизиторы же обратили свое внимание на другие проявления непокорности католической Церкви: на колдовство, вальденсов, евреев-отступников и спиритуалистов-францисканцев — эксцентричную периферию христианской жизни, которую Лангедок разделил со всеми другими частями Европы.